Курсанты жили на аэродромах в палатках. Летали на самолётах По-2, УТ-2, И-16. До конца 1941 года школа выпустила первых лётчиков-сержантов. Среди них был и Борис, которого оставили в школе инструктором. Обучал его лётному мастерству инструктор П.А. Щербина, описавший подробно учёбу лётчиков в книге «С крыльев мельницы – в облака на крыльях самолёта» (2010 год, г. Люберцы).
Молодой инструктор Б.М. Афанасьев обучал курсантов полётам на новых самолётах Як-7 и Л а-5 и мечтал о боевых полётах в прифронтовом небе. Его мечта сбылась. С апреля 1943 года уже хорошо подготовленный к воздушным боям младший лейтенант Б.М. Афанасьев на фронтах Великой Отечественной войны.
Дальше из книги И.П. Кургузова «Звёзды над Прибалтикой».
«Как только Борис прибыл в полк, его лётное мастерство засверкало всеми гранями большого таланта. Превосходный пилот и боец имел недюжинную организаторскую способность. Вскоре это было замечено всеми, и молодёжь избрала его членом комсомольского бюро, которым руководил лейтенант А. Хиони. Его мужество и героизм хорошо известны не только в дивизии, но и в армии. На его счету десятки успешных боевых вылетов. Некоторые из них запомнились не только Борису, но и всем его товарищам по оружию.
6 октября 1943 года, будучи еще лейтенантом, Борис получил срочный боевой приказ: вместе с ведомым Д. Зубцовым провести разведку одного из главных участков обороны – Духовщины, где враг возвёл прочные инженерные сооружения для защиты своей живой силы и техники, а также сфотографировать аэродром Смоленск-Северный.
С удержанием Смоленска в своих руках фашисты имели большие надежды измотать наступающие советские войска, а потом нанести по ним сильный контрудар.
Изучив систему неприятельского зенитного огня, разработав план ведения разведки и условившись с ведомым о возможных вариантах полёта, Афанасьев поднял свой Л а-5 в синеватое рассветное небо. Слева, на востоке, разгорался парус молодой зари. Под крылом самолёта смутно проглядывались жёлтые островки осыпающихся рощ, синие ленты прудов, фиолетовые квадраты вспаханных полей. В ясном небе было тихо. И вдруг впереди и внизу себя Борис увидел, как вспучились сизые грибы дыма. Это горел Смоленск – город русской боевой славы. Его древнюю и вечно молодую культуру безжалостно терзали хищные лапы гитлеровцев. Афанасьев увидел под собой разрушенное сердце города – седой Кремль. От заклокотавшей в душе ненависти пилот заскрипел зубами. Поодаль дымился обугленный вокзал с развороченными около него рельсами и разлетевшимися словно обгоревшие спички шпалами.
Ещё перед вылетом Борис сказал ведомому:
– Когда будем над Смоленском, враг наверняка нам навстречу бросит самолёты. Видимо, не будут молчать и зенитки. Но я любой ценой должен сфотографировать аэродром. Ты прикрой меня.
Ведущий заметил, как внизу запрыгали острые огненные копья. Это начали действовать вражеские зенитки. Борис бросает свою машину влево, вправо, меняет высоту, чтобы не напороться на разрывы снарядов. К счастью, они проносились мимо нашей пары. Выходя из разворота, Афанасьев посмотрел вперёд и заметил, как на него, словно хищные акулы, несутся четыре ФВ-190. Он даёт команду Зубцову вступать в бой. «Фоккеры» приближаются с невероятной скоростью. Они, конечно, давно навели на цель разящие жерла пушек. Ещё мгновение, и они саданут по нашим «Лавочкиным».
Ведущий энергично взял на себя ручку управления и увидел, как под ним воздух прожгли калёные трассы снарядов.
– Молодцы, промазали! – насмешливо произнёс Афанасьев. – А сейчас держитесь!
Борис развернул машину на 180 градусов и увидел, как Зубцов, увертываясь от хлёстких вражеских очередей, метался в железном кольце немецкой четвёрки. Но вот фашисты прекратили пальбу: или боятся промазать, а значит, сразить своего напарника, или же они решили угнать самолёт Дмитрия к немцам.
«Лавочкин» Бориса несётся к вращающемуся колесу пятёрки. В этот миг машина Зубцова юрко ныряет вниз. Афанасьев в одну секунду поймал в перекрестье прицела ФВ-190 и угостил его увесистой порцией свинца. Самолёт противника пустил две чёрные борозды копоти и с рёвом пошёл вниз. Афанасьев сделал левый доворот и нацелился в другого фашиста.
– Ты пришёл сеять смерть, так получай её сам!
Он резанул по фашисту длинной очередью. «Фоккер» вспыхнул и рухнул на землю. Пара оставшихся в живых немецких лётчиков не рискнула продолжать бой и, несолоно хлебавши, ушла на свой аэродром.
В то утро многие жители Смоленска, задрав головы и распрямив спины, с замиранием следили за этим воздушным боем. Как они радовались, когда наши лётчики сбивали фашистские самолёты! Советские люди с гордостью провожали глазами наших отважных пилотов. И в их души вселялась непоколебимая вера в силу нашей армии, в скорую победу над врагом.
Фашистские зенитки, надрывая стальные глотки, багровели от ярости. Они выплёвывали в небо бесприцельный ливень снарядов. Но наши разведчики уже снизились до бреющего полёта и, плотно прижавшись к земле, подошли к вражескому аэродрому, на котором почему-то царила тишина. Очевидно, разрекламированная фашизмом «бриллиантовая молодёжь» почивала на мягких пуховых постелях, досматривая свои сны с глубокого похмелья.
Афанасьев сфотографировал аэродром и крякнул от досады:
– Жаль, что бомб нет, а то бы одни железки остались от самолётов.
Прижав машины к самой земле, разведчики вернулись на свой аэродром, где их поджидали техники, командиры и лётчики».
За лётное мастерство, успешные боевые вылеты и умение грамотно использовать радиосвязь в полётах старшему лейтенанту Афанасьеву был присвоен персональный радиопозывной «Афоня». Если на земле его иногда называли Борисом, то в воздухе он всегда был «Афоней». Он часто вылетал на разведку войск противника, удачно избегал встреч и боёв с немецкими истребителями, сопровождал самолёты представителей Ставки и командующих фронтами.
«Афоня» возглавлял ударные группы истребителей сопровождения бомбардировщиков и штурмовиков, а иногда вылетал на «свободную охоту». Его с удовольствием брали ведомым командир нашей 259-й дивизии Я.А. Курбатов и заместитель командира 21-го ИАП М.И. Предков. Во всех полётах он был гарантом безопасности и успешного выполнения боевого задания.
Количество сбитых «Афоней» самолётов противника постепенно увеличивалось. Пилотируемый «Афоней» самолёт никогда не делал «козла», приземлялся на три точки и касался земли только у посадочного знака. Он первым в полку освоил ночные полёты и удачно летал на разведку аэродромов с усиленной системой ПВО.
На моих занятиях по радиотехнике был внимательным и сосредоточенным. Любил сидеть задумчиво, упершись локтем в колено, а ладонью в подбородок. Его чёрные густые брови и пышная шевелюра, сбившаяся на правую сторону лба, подчёркивали серьёзность боевого офицера.
Результаты разведки этого лётчика всегда были полными и конкретными, привязаны точно к местности на карте и были ценными для планирования фронтовых операций. В одном из последних вылетов на разведку морских целей он обнаружил большой караван судов противника в районе Пиллау и навёл на него самолёты штурмовой авиации. Караван был уничтожен.