Арестованный в апреле 1939 года по обвинению в заговоре Ежов был расстрелян. Его участь разделили десятки высших и средних руководителей НКВД.
В 1939–1940 годах было реабилитировано и освобождено из мест заключения 837 тысяч человек. Постановление, однако, не означало наступление «эры милосердия». Не стоит думать, указывалось в нём, что очистка СССР от шпионов, вредителей, террористов, диверсантов окончена, она будет продолжаться при помощи более совершенных и надёжных методов. Следственные действия в отношении арестованных при Ежове людей шли своим чередом, приговоры приводились в исполнение. Москвин был расстрелян 2 февраля 1940 года.
Строчки правительственного постановления о врагах народа, которые «производили массовые и необоснованные аресты», Димитров воспринял как шанс. Следовало поторопиться, и уже через несколько дней после назначения Берии наркомом Коларов, Дамянов и Марек официально обратились от имени Загранбюро БКП к генсеку Коминтерна с письмом. В нём говорилось, что в результате предыдущего ходатайства удалось вызволить из неволи 20 человек, о судьбе же остальных ничего не известно. К письму был приложен обновлённый список арестованных — 131 фамилия.
Димитров немедленно направил ходатайство новому наркому, в котором написал: «Посылая Вам письмо и список, приложенный т. Коларовым и членами Заграничного бюро ЦК КП Болгарии, со своей стороны очень прошу ускорить расследование указанных дел и заинтересоваться о ранее представленных списках. Убеждён, что в ряде случаев после соответствующей проверки выяснится, что честные болгарские коммунисты стали жертвой интриг врагов народа».
Борьба за освобождение Фердинанда Козовского (Петрова), обвинённого в работе на болгарскую разведку, продолжалась почти год. Настойчивость Димитрова натолкнулась на неуступчивость начальника Главного управления госбезопасности НКВД В. Н. Меркулова. Козовского освободили только после повторного обращения к Берии, в котором Димитров заявил совершенно определённо: «Все сведения, которые получены о его связях, о его жизни и работе в Москве, о его поведении как добровольца в Испании и пр., приводят меня к твёрдому убеждению, что показания, изобличающие этого человека в шпионаже, никак не могут отвечать действительности. Надо полагать, что в данном случае мы имеем дело со злостной клеветой или с какой-то мистификацией. Очень прошу Вас помочь, чтобы дело Петрова скорее было рассмотрено, при соответствующем выяснении всех обстоятельств, что позволило бы — я глубоко уверен в этом — установить правду и освободить честного коммуниста от позорящего обвинения в шпионаже»
.
Димитров ходатайствовал не только за своих соотечественников. Происходило это в тех случаях, когда за репрессированных ручался тот, кому Димитров доверял. Но, судя по сохранившимся в архивохранилищах документам, находилось немного охотников ставить свою свободу и жизнь в залог за свободу другого, даже если этот другой был близким товарищем.
Несколько раз вступался за арестованных Вильгельм Пик. Представив 25 апреля 1938 года Димитрову список и характеристики пятнадцати немецких политэмигрантов, Пик заявил, что ЦК КПГ твёрдо убеждён в их невиновности. Очевидно, Димитров не получил ответа от замнаркома НКВД М. П. Фриновского, потому что в мае 1939 года Пик обратился к Мануильскому с просьбой ходатайствовать о его встрече с Берией в связи с тем же списком — и снова безрезультатно. Однако Пик продолжал борьбу за освобождение арестованных политэмигрантов и 19 ноября 1940 года вновь прислал ходатайство Димитрову. Из поименованных в его списке людей за несколько лет были освобождены трое
.
Йоганн Коплениг также пытался вызволить из тюрьмы австрийского коммуниста Франца Квиттнера — учёного-физика, приглашённого на работу в Москву. Прокурор СССР М. Панкратьев ответил на просьбу
Димитрова о пересмотре дела коротким сообщением: Квиттнер на допросе «виновным себя признал и показал, что он занимался шпионажем против СССР», за что и был расстрелян.
Сохранились также письма Димитрова в защиту итальянского профсоюзного активиста Фуэнтоса, работавшего в Новороссийском порту. Основываясь на просьбе Пальмиро Тольятти и других итальянских товарищей, Димитров обращался в прокуратуру СССР с соответствующими запросами. Фуэнтоса удалось освободить только через три года
.
Краткая элегическая запись Димитрова за 1 января 1939 года «Дома — одни» обозначила прелюдию к полугодовой череде его болезней, врачебных консультаций и лечебных процедур. Дали о себе знать психологические перегрузки в связи с событиями в СССР и на международной арене. В марте консилиум сделал заключение: серьёзные функциональные нарушения нервной системы и обмена веществ, крайнее переутомление, отягощённое последствиями гриппа. Плюс диабет: первые инъекции инсулина вызвали сильную головную боль и рвоту. «Весь день пролежал!», — записывает Димитров в дневнике 14 марта.
Из-за болезни ему даже пришлось пропустить несколько заседаний XVIII съезда ВКП(б), когда шли прения по докладам. Исполком Коминтерна представлял на съезде Мануильский — глава делегации ВКП(б) в ИККИ, а Димитров был приглашён в качестве гостя. В отчётном докладе ЦК Сталин сделал традиционный обзор международного и внутреннего положения СССР. Он указал на обострение международной обстановки, крушение послевоенной системы мирных договоров и напрямую заявил, что новая империалистическая война уже началась. Исходя из этого, задачи партии в области внешней политики таковы: проводить и впредь политику мира и укрепления деловых связей со всеми странами; соблюдать осторожность и не давать провокаторам войны втянуть страну в конфликт; всемерно укреплять мощь армии и флота; крепить международные связи с трудящимися всех стран. Очерченные Сталиным задачи ВКП(б) означали также общую ориентировку политики Коминтерна на предстоящий период.
Подробно вопросы международного коммунистического и рабочего движения были освещены в отчёте Мануильского. Он привёл данные о существенном росте рядов компартий за последние пять лет: в капиталистических странах почти 2 миллиона коммунистов, и каждый ведёт за собой от 15 до 20 человек. Значительное место оратор уделил борьбе за единство действий рабочего класса, успехам антифашистских народных фронтов и национальных фронтов. В победном рапорте, к сожалению, не нашлось места для реальной картины, отражающей судьбу нового курса Коминтерна.
Поражение народных фронтов во Франции и Испании вызвало в Советском Союзе и за границей слухи о том, что Димитрову грозит опала. Тот факт, что в изданном под патронажем и при прямом участии Сталина «Кратком курсе истории ВКП(б)» не упоминалось ни о VII конгрессе Коминтерна, ни об опыте народных фронтов, Димитрову показался не случайным. Насторожило и другое: раньше газеты регулярно печатали материалы в связи с очередной годовщиной начала Лейпцигского процесса, а 23 сентября 1938 года (пять лет — круглая дата!) не было ни одной публикации.
Чуткий царедворец Мануильский, уловивший дуновение ветра перемен, при обсуждении в ИККИ статьи Куусинена к 20-летию Коминтерна высказался против возвышенных оценок курса VII конгресса и заслуг Димитрова. Однако вскоре сам Дмитрий Захарович попал под критический залп. «„Сталин — это мир! Сталин — это коммунизм! Сталин — наша победа!“, — возмущённо цитировал Иосиф Виссарионович Димитрову подготовленный Маунильским проект призывов ИККИ к 1 Мая. — Мануильский подхалим. Он был троцкистом!..» И посоветовал Димитрову «крепко держать его в руках».
