Отправляясь из Алжира в эти экспедиции, Арудж вызвал своего брата Хайр ад-Дина из Джиджеля и назначил его своим «заместителем» в Алжире. Получив сообщение о катастрофе, Хайр ад-Дин сообщил людям, что намерен предложить Алжир и его окрестности османскому султану. Только так, заверил он, можно обеспечить их безопасность от испанских нападений, которые систематически облегчались колебаниями и неуверенностью местных правителей. Селим принял предложение, назначил Хайр ад-Дина санджак-беем (правителем региона) и отправил ему 2000 регулярных солдат и 4000 османских волонтеров. Турецкая верховная власть, вероятнее всего, вызвала местное сопротивление, подавленное Хайр ад-Дином, так же как и ранее Аруджем.
К этому времени Хафсид — правитель Туниса — осознал, что происходит. Испанская угроза уменьшилась, но стало ясно, что она сменилась османской угрозой. Поэтому он обратился к правителю Тлемсена с предложением организовать единый фронт и попытаться подкупить союзников Хайр ад-Дина в стране кабилов, что к востоку от Алжира. Между тем последний в 1519 году успешно отразил испанскую атаку под командованием Уго де Монкада. Однако вскоре после этого силы кабилов, поддержанные Хафсидом, вынудили его уйти в Джиджель, оставив Алжир кабилам, а испанский гарнизон на Пеньоне. За следующие пять лет он существенно укрепил свои позиции на востоке, захватив у Хафсидов города Бон и Константина, вытеснил кабилов из Алжира и занял равнину Митиджа за городом. В 1529 году он захватил Пеньон. Используя труд пленных, он соединил остров с материком, сформировал гавань Алжира и построил фортификационные сооружения, благодаря которым город стал главной базой османского флота на западе. В следующем году император Карл V, ставший правителем Испании, принял контрмеру — отдал Мальту рыцарям ордена Святого Иоанна, которые были изгнаны с Родоса восемью годами ранее
[20].
В 1533 году репутация Хайр ад-Дина была такова, что новый султан Сулейман назначил его капудан-пашой. Это очень высокий пост, несший с собой также ранг наместника и подразумевавший общее руководство османскими морскими и иностранными делами. Первой его крупной операцией в этом качестве был захват Туниса в 1534 году. Хотя номинально она велась от имени претендента — Хафсида, после захвата последовало объявление о свержении династии. Хайр ад-Дин, частый гость улемов Туниса во время своего раннего пребывания там, был хорошо принят и без каких-либо трудностей занял многочисленные порты восточного побережья и город Кайруан в глубине территории. Эти районы оставались во владении турок, когда в следующем году испанцы сумели вытеснить их из города Туниса. Карл V восстановил на троне Хафсида как правителя государства-сателлита, надзирая за его действиями из крепости Галетты, которая была построена и снабжена гарнизоном специально для этой цели. Хайр ад-Дин бежал в Бон, где оставил часть своего флота. Оттуда он немедленно отправился в экспедицию, в ходе которой вывез более 4000 пленных с Минорки. С тех пор обязанности капудан-паши держали его вдали от Алжира. Его деятельность как создателя арсенала в Стамбуле и ведение им военных операций против испанцев относятся скорее к османской, чем к алжирской истории. Однако именно под его командованием алжирскому флоту, теперь ставшему западным дивизионом турецкого флота, в 1534 году был предоставлен город и порт Тулон в качестве зимних квартир. Так было реализовано соглашение между султаном Сулейманом и королем Франции Франциском I. В соответствии с этим соглашением турецкие военно-морские силы сотрудничали с французским флотом, совершая набеги на испанские владения в Италии и других местах. Хайр ад-Дин умер в 1547 году и был похоронен в усыпальнице, которая по его приказу была построена в Бешикташе на Босфоре. Его репутация была такова, что усыпальница стала местом паломничества. Ее в обязательном порядке посещали морские командиры перед уходом в море.
По словам испанского монаха Хаэдо, который не был поклонником мусульман, Хайр ад-Дин был человеком большой силы духа, смелым и всегда готовым идти на риск, великодушным, очень либеральным и жестоким только в войне и если ему не подчинялись. Его любили, боялись и слушались подчиненные и горько оплакивали его смерть.
Во время отсутствия Хайр ад-Дина в Алжире (когда он выполнял обязанности капудан-паши) там правил сначала его «заместитель» — Хасан-ага, вывезенный еще ребенком с Сардинии, а потом сын Хайр ад-Дина, которого звали тоже Хасан, назначенный правителем после смерти отца (1547–1551, 1555–1567). Когда должность занимал Хасан-ага с Сардинии (1536–1543), имело место нападение на Алжир флота Карла V (1541), возглавляемого им лично. Он привел 500 кораблей и 24.000 солдат. Нападение стало катастрофой для испанцев. Мусульманам помогла непогода, уничтожившая большую часть флота. Последовавшая вскоре после этого попытка свергнуть правителя Тлемсена из Зайанидов, который, воспользовавшись возможностью, отрекся от них, имела только временный успех. Позже успешная турецкая контратака против вторжения марокканского принца, желавшего получить выгоду от испано-турецкого конфликта и дошедшего до Мостаганема, в 1552 году установила в Тлемсене алжирское правление. В этот момент, однако, Хасан ибн Хайр ад-Дин был сменен на месте правителя Алжира адмиралом по имени Салих-Рейс. Вероятно, это произошло по требованию французских союзников султана, с которыми Хасан, в отличие от его отца, был не слишком расположен сотрудничать. Салих-Рейс, зарекомендовавший себя опытным командиром на суше и на море, сначала двинулся на юг и заставил жителей оазисов Уаргла и Туггурт платить дань, а потом вмешался в гражданские войны Марокко, где сменил Ваттасида Абу Хасуна на троне Феса (1554). В качестве части оплаты за свои услуги он получил Пеньон-де-Велес-де-ла-Гомера, который на десять лет стал передовой базой для набегов на испанское побережье и судоходство. Двигаясь на восток, Салих-Рейс снова завоевал Бужи, тем самым положив конец 45-летней испанской оккупации. После его внезапной смерти от чумы в следующем году Порта назначила правителем некого Мехмеда Текелерли. Однако алжирский гарнизон не пожелал его принять, и вскоре после прибытия из Константинополя он был убит в ходе восстания, после чего Портой был снова назначен Хасан ибн Хайр ад-Дин.
Вернувшись к должности, Хасан разгромил марокканские силы, которые снова осадили Тлемсен, и выступил на Фес, у которого турки в 1557 году были разбиты и отступили. Одновременно им угрожали испанцы из Орана. Последние в этот момент атаковали Мостаганем. Предприятие в 1558 году закончилось для них катастрофой и стало последней попыткой испанцев расширить сферу влияния за пределы Орана. В 1561 году планы Хасана продолжать операции на западе были прерваны заговором турецких солдат, которым не нравилось использование им местных войск, берберов и арабов. Его обвинили в попытке стать независимым. Хасан был отправлен в Константинополь в цепях, но сумел оправдаться и в следующем, 1562 году вернулся в Алжир. Он как раз готовился напасть на Оран, когда в 1565 году его призвали принять участие в осаде Мальты, после чего в 1567 году он стал командующим флотом Османской империи — капудан-пашой. Годом позже его сменил на посту наместника Алжира Али-паша (1568–1587), бывший житель Калабрии, захваченный в плен еще юношей и принявший ислам, когда был рабом на галерах. Сразу после его вступления в должность имело место восстание морисков в Гранаде. Представляется, что Али-паша собирался им помочь, но султан приказал ему напасть на Тунис. Испанцы все еще находились в Голетте, откуда руководили марионеточным правителем. В 1569 году, захватив город (но не Голетту), он водворил турецкого правителя. Двумя годами позже, в 1571 году, турецкие военно-морские силы потерпели сокрушительное поражение от испанцев при Лепанто. Али-паша, отличившийся в боях на турецкой стороне, был назначен капудан-пашой. Воодушевленные победой при Лепанто испанцы, которыми командовал Дон Хуан Австрийский, в 1573 году внезапной атакой захватили Тунис. Успех был мимолетным, поскольку уже в следующем, 1574 году Али-паша, организовав атаку из Алжира и Триполи (который был турецким с 1551 года), захватил не только Тунис, но также крепость в Голетте, где испанцы находились в 1534 году. Это стало концом затянувшейся испано-турецкой борьбы за господство в центральной и восточной части Магриба. У испанцев остался там лишь один плацдарм — город Оран. Пока Али-паша занимал должность капудан-паши, Алжиром управляли «заместители»: сначала Араб Ахмад, затем Рамадан (1574–1577), сын сардинского пастуха, захваченный еще в детстве. В 1576 году он завоевал Фес для Саадита Абд аль-Малика. После него был Хасан Венецианец, имевший венецианское происхождение, как показывает имя. Последний был пашой во время пленения Сервантеса, который описывал его гордость, жестокость и энергию. После восстания против него пашой стал Джафар, евнух венгерского происхождения, также захваченный в детстве. При нем Али-паша готовился лично возглавить экспедицию против султана Марокко из Саадитов, Ахмада аль-Мансура. Этому помешал отзыв в Константинополь по срочным делам. После смутного времени, ненадолго приведшего к власти Мами Арнута, Хасан Венецианец вернулся и правил с 1582 до 1588 года. После смерти Али-паши в 1587 году на должность капудан-паши был назначен Хасан Венецианец, который перестал быть наместником Алжира. Учитывая относительно стабильную ситуацию в османских регентствах — Алжире, Тунисе и Триполи, — впоследствии ими управляли бейлербеи. Каждый из них имел титул паши и назначался на три года с возможностью продления срока. Все три государства теперь имели организацию, которая определяла их характер на протяжении следующих двух веков.
