После голода началась эпидемия чумы (1785). Говорят, что она унесла жизни двух пятых мусульманского населения. В 1786 году французский консул доложил, что паша теперь правит только мятежными подданными, пустыми землями и грудами камней. Та небольшая торговля, которая уцелела, почти вся велась с Ливорно и находилась в руках иудеев, которые наладили связи со своими собратьями по вере в тосканском порту. Ситуация ухудшилась острой неприязнью двух младших братьев, Ахмада и Юсуфа, к старшему, Хасану, энергичному и компетентному человеку, считавшемуся наследником. Самым агрессивным из двух был Юсуф, и именно ему его отец — паша — вроде бы отдавал предпочтение, а его терпимый старший брат называл «красивым безрассудным юнцом». Каждый брат имел вооруженных сторонников, и поэтому все ждали грядущей катастрофы. Особенно сильно тревожилась их мать, супруга паши. Она чрезвычайно обрадовалась, когда в один прекрасный день к ней пришел Юсуф и сказал ей, что хочет помириться со старшим братом в ее присутствии. Пригласив к себе старшего сына, без оружия, она стала свидетельницей ужасной сцены. Юсуф, заманивший брата в ловушку, одного, без сопровождения, выстрелил в него, а потом велел своей страже добить раненого принца. Это было в 1790 году. Паша, нерешительность которого еще больше усугубилась из-за удара, перенесенного им три года назад, сделал только одно — перевел Юсуфа правителем в Мисурату. Там его непокорность лишь усилилась, и годом позже он осадил Триполи. В этих обстоятельствах жители города отправили просьбу о помощи султану в Константинополь.
Эта просьба оказалась весьма кстати для султана, который как раз желал продемонстрировать свою власть. Для смещения Караманли он выбрал грузинского ренегата Али аль-Джазаири. Он служил капудан-рейсом в Алжире, был уволен и поселился в Константинополе вместе с братом, вице-адмиралом турецкого флота. С разрешения султана и при помощи брата Али аль-Джазаири взялся собрать силы, занять регентство, восстановить порядок и платить ежегодную дань Порте. В июле 1793 года он подошел к Триполи с небольшим вооруженным флотом под османским флагом и послал на берег чиновника с отрядом из четырехсот человек и фирманом, в котором было объявлено о смещении Али Караманли и назначении на его место Али аль-Джазаири. В заключение было сказано, что в случае сопротивления в Триполи прибудет сам капудан-паша с крупными силами. Али Караманли хотел сопротивляться, но не получил поддержки и бежал в направлении Туниса, прихватив с собой старшего сына Ахмада и небольшой эскорт. Али аль-Джазаири — местное население называло его Али Бургуль — решил обосноваться в замке. Ахмад, убедившись, что отец в безопасности, вернулся и вместе с братом Юсуфом сделал попытку отвоевать город. Попытка не удалась, и они последовали за пашой в Тунис. А новый правитель установил режим террора. Он не только тиранил народ Триполи, но захватил тунисское судно в гавани Триполи, послал отряд, чтобы занять Джербу, и угрожал напасть на морские порты восточного побережья Туниса. Это встревожило бея Туниса и подвигло его на действия. В ноябре 1794 года тунисские силы заняли Джербу и двинулись на Триполи. С ними были Ахмад и Юсуф. Осознав, что его положение безнадежно, узурпатор, убив пленных и заложников, бежал, не забыв взять с собой всю добычу, которую смог. Али-паша, восстановленный на троне, отрекся в пользу старшего сына, ставшего его преемником как Ахмад II (1795). Обратившись к Порте за формальным утверждением, Ахмад подчеркнул плохое управление Али Бургуля и сложившуюся в Триполи традицию правления династии Караманли, где власть переходит от отца к сыну. А пока он предался всяческим удовольствиям, особо злоупотребляя спиртными напитками. В итоге через шесть месяцев Юсуф объявил о смещении пьяницы и стал главой государства сам, получив одобрение народа и отца, прежнего паши. Смещенному Ахмаду предложили пост бея в Киренаике, который он принял. Но по пути его корабль попал в шторм и был отнесен на Мальту. Там Ахмад передумал и убыл в Тунис.
Весьма примечательно, что Юсуф Караманли (1795–1834), который убил старшего брата, выступил против отца и сместил с трона своего другого старшего брата, оказался дельным правителем, произведшим благоприятное впечатление на хорошо информированных европейских наблюдателей. «Справедливый, миролюбивый и либеральный принц», — говорил о нем голландский консул в Триполи. Испанец Бадия-и-Леблих считал, что новый правитель «привлекательный человек, не лишенный силы духа. Он хорошо говорит по-итальянски, любит показуху и роскошь, ведет себя учтиво и с достоинством, обладает приятными манерами. После десяти с половиной лет правления народ им доволен».
Под управлением Юсуфа регентство вернуло значительную часть своего былого процветания. Это произошло в основном из-за Наполеоновских войн, давших последний шанс старому каперству. Юсуф наживался, постоянно поддерживая Бонапарта. С другой стороны, он вступил в конфликт с Соединенными Штатами, с которыми находился в состоянии войны с 1801 до 1805 года. Во время попытки американской блокады триполийцы захватили фрегат «Филадельфия» со всем экипажем численностью триста человек. Когда европейские войны завершились, решения европейских держав, направленные против североафриканского каперства, а также обстоятельства, приведшие к повсеместному исчезновению небольших прибрежных городов-государств, создали совершенно новую ситуацию. Природные ресурсы Триполи были более ограниченными, чем у соседей. Французское вторжение в Алжир стало последним ударом. В 1834 году Юсуф отрекся в пользу своего сына Али II. Преемственность была оспорена, что дало туркам повод для интервенции, которую они считали — безусловно обоснованно — единственным способом предотвратить европейскую оккупацию и сохранить свою верховную власть. В 1835 году турецкий флот депортировал всех оставшихся Караманли и возобновил прямой турецкий контроль. На три четверти века Триполи, а с ним и Феццан и Киренаика стали турецкими провинциями, претерпев частичную модернизацию и разделив судьбу остальной части Османской империи.
Самым знаменательным событием этого периода стало создание в Киренаике ордена или братства Сануситов. Это было результатом деятельности сейида Мухаммеда ибн Али ас-Сануси, который прибыл из Мазуна, некогда столицы восточного бейлика Алжира, и провел двадцать лет за изучением религиозных трудов в Аравии. В 1843 году он создал завию, или обитель, в эль-Байде, в нескольких милях от руин Кирены в восточной части Киренаики. Из этого центра братство вело миссионерскую деятельность в Центральной Африке, внутренних регионах Триполитании, в Египте и т. д. Результатом стало появление целой сети обителей, где проповедовали простой, пожалуй, даже пуританский ислам. Бедуины получали более глубокие знания о религии, и у них формировалось чувство единства в рамках ордена. Его деятельность — продвижение справедливости, мира, торговли, образование. Дабы освободиться от тлетворного влияния прибрежных регионов, Великий Сануси — так называли основателя ордена — перевел свою штаб-квартиру в оазис Джагбуб, расположенный на границе с Египтом. В 1895 году она была переведена его сыном, Мухаммедом аль-Махди, в еще более удаленный южный оазис Куфра. В исламском мире такие перемещения, как правило, приобретают политическую важность, тем более когда главенство в ордене, как в данном случае, становится наследственным в семье основателя. Поэтому турецкие власти относились к Сануситам с большой подозрительностью, хотя поддерживали и симпатизировали им в сопротивлении постоянной французской инфильтрации из Чада и с плато Тибести на юге.
