Одно из государств манде — Мали — образовалось в месте слияния верхнего Нигера и Санкарани. Его правители из династии Кейта использовали титул манса. Правитель Сон Джата перевел столицу в Ниани, дальше вверх по Санкарани. Благодаря серии военных кампаний 1250–1255 годов он покорил много мелких государств и построил самую сильную мусульманскую империю в истории Западного Судана. Империя Мали достигла зенита своего могущества в середине XIV века под властью правителя Гонго Муса (искаженное Канку Муса), который покорил Тимбукту (торговый город, основанный берберами в 1077 году) и Сонгай (на Нигере, к востоку от Тимбукту). Он совершил паломничество в Мекку в 1324–1325 годах и привез магрибских и египетских улемов в Ниани. Некоторые другие мансы делали то же самое. Они поддерживали безопасность на торговых путях и стимулировали развитие торговли, привнося элементы средиземноморской мусульманской цивилизации. Эти события, описанные Ибн Баттутой, который посетил Мали в 1352–1353 годах, повлияли только на государственную иерархию и не оставили отпечатка на суданской культуре
[29]. Ибн Баттута дал понять, что ислам едва ли знали за пределами правящей группы. Империя Мали впоследствии пришла в упадок, и некоторые мелкие мусульманские государства, такие как Сонгай, снова вернули себе независимость. Власти Мали бросали вызов языческие племена мосси из района Верхней Вольты, создавшие сильную и развитую государственную структуру, а также берберы (туареги), отвоевавшие Тимбукту. В конце концов государство Мали было уничтожено войсками Сонгая.
Племя Сонгай со столицей в Гао сбросило иго Мали и достигло величия при правителе Ши Али Бере (1464/65—1492) из династии Сонни. При нем были завоеваны Тимбукту и Дженне. Хроники Тимбукту описывают его как жестокого тирана и также мусульманина, невежественного в исламе. В 1493 году трон узурпировал Мухаммед Тур, основатель сонгайской династии Аския. Он основал свою власть на исламе, а не на суданских символах власти, проявлял благосклонность к улемам, ввез магрибских шейхов и даже сделал попытку навязать шариат. В 1497 году он совершил паломничество в Мекку и был «утвержден в должности» правителя Такрура (это название обычно используется в арабских трудах для обозначения всего Западного Судана). При главенстве Сонгая процветала торговля, и Дженне стал особенно важным торговым центром. В это время начались первые контакты с португальцами, которые предположительно произносили Дженне как «Гвинея» и дали это название Западной Африке в целом. Мухаммед Тур не добился успеха, пытаясь навязать ислам военными и прочими средствами среди мосси (против которых он вел джихад), бамбара (языческий народ, говорящий на языке группы манде) и фульбе (фулани). Этот кочевой скотоводческий народ тогда обитал между регионами Фута-Торо на Сенегале и Масина на Нигере и в основном оставался языческим. Более того, ислам почти исчез среди мандинго из бывшей империи Мали, а всеобщие языческие культы, наоборот, распространились очень широко.
Империя Сонгай была ослаблена периодически возобновляющейся фракционной борьбой между преемниками Мухаммеда Тура. В 1591 году марокканский султан Ахмад аль-Мансур аль-Дахаби, заявив свои права на владение некоторыми соляными копями в Сахаре и мечтая о богатствах Сонгая, послал наземные войска численностью 3000 человек, в основном испанских мусульман под командованием Джудар-паши. Хотя за время марша их численность сократилась втрое, наличие стрелкового оружия позволило им легко справиться с армией Сонгая. Они захватили Гао и Дженне и устроили свою штаб-квартиру в Тимбукту. Марокканские паши контролировали сравнительно небольшой участок вдоль северной излучины Нигера. Они не получали подкрепления из дома и стали относительно независимыми. Их деспотическое правление завершилось около 1600 года. После этого в Тимбукту наступил упадок под властью туарегов, но Дженне сохранил некоторую коммерческую значимость.
Почти два века после марокканского вторжения не возникало никаких туземных мусульманских государств. Ислам оставался религией торговых городов, торговцев народов дьюла и сонинке, важная роль которых признавалась и поддерживалась лидерами языческих государств и племен. Даже сегодня в некоторых суданских регионах слова «торговец» и «мусульманин» считаются синонимами. Прежние территории Мали и Сонгая распались на сотни языческих деревень-государств. В стране манде язычники бамбара основали ряд важных государств в Сенегале в районе Сегу и Карта, а языческие государства мосси продолжали господствовать в регионе Верхней Вольты.
Кочевники фульбе распространились на восток от Фута-Торо через Масину и регионы, где говорили на языке хауса, до Адамавы (на севере современного Камеруна) и на юг до Фута-Джаллон (на северо-востоке современной Гвинеи). Во многих местах они оседали среди земледельческих народов, становясь местными аристократами, и иногда начинали говорить на местных языках. Так произошло среди народов Такрура, в Масине и Сонгае. Ислам, таким образом, распространился на фульбе, и у них появился класс улемов, которых здесь называли тородбе (единственное число — тородо). На так называемых «красных» фульбе, которые занимались скотоводством и в некоторых местах (к примеру, среди народов Такрура и Фута-Джаллон) составляли правящий класс, мало повлиял ислам. Они в основном остались язычниками.
Вековое существование исламских государств не принесло базовых культурных перемен ни Западному, ни Центральному Судану. Ислам, как уже говорилось, был главным образом классовым культом, и отношение большинства местных мусульман никоим образом не было исключительным. Хронисты часто упоминают правителей, которые, исповедуя ислам, не отказались от вековых языческих обычаев. Терпимость, выказываемая такими мусульманскими правителями, вполне может быть связана с глубоким уважением к духовным силам, признаваемым и контролируемым языческими обрядами и ритуалами. В то же время языческие правители, даже если они считались «божественными царями» или лидерами культов, призывающих дождь, с удовольствием включали мусульман в свои свиты, не только как полезных экономических советников, но также как носителей дополнительной духовной силы.
Как реакция против сложившейся согласованности между исламом и языческими культами во второй половине XVIII века возникло новое исламское движение — легалистическое, эксклюзивистское и воинственное. Его лидерами стали улемы, в первую очередь улемы Такрура, которые, судя по всему, почерпнули свои идеи из правовых книг, таких как мухтасар Халиля ибн Исхака (умер в 1365 году), краткого изложения маликитской школы. Представляется маловероятным влияние на них внешних факторов, потому что они начали появляться еще до ваххабитского движения и раньше, чем орден Тиджания приобрел важность. Приняв на себя также военное лидерство, они вели священную войну — джихад — и против терпимых мусульман, и против язычников и создали самые строгие исламские государства на всем Суданском поясе от Сенегала до Нила.
В Западном Судане первый джихад начался в 1725 году в Фута-Джаллоне под руководством тородо по имени Ибрагим Муса (умер в 1751 году), который натравливал переселившихся фульбе против местных жителей и языческих правителей. После длительной борьбы и периодических компромиссов с язычниками джихад был успешно завершен его сподвижником Ибрагимом Сори (умер в 1784 году), который стал военным лидером и политико-религиозным правителем фульбе (альмами; араб. аль-имам). Язычники в итоге были обращены, порабощены или изгнаны. В Фута-Торо другой клирик, Сулейман Бал, возглавил джихад против правителей Токолора-Такрура и довел его до успешного завершения, после чего умер (в 1776 году), а его помощник Абд альКадир (умер в 1806 году) стал первым альмами. Интересной чертой этих двух государств является обычай избирать правителей конклавами участников джихада и их потомками, которые стали новой аристократией. Считалось, что власть избранного правителя даруется Богом, и она освящалась церемонией enturbanment — надевания тюрбана. Он был обязан перед Богом править согласно божественным законам. Такой фундамент власти был совершенно новым для Судана. В Фута-Джаллон некоторое время после смерти Ибрагима Сори управление передавалось каждые два года поочередно его наследникам и потомкам Ибрагима Мусы. С 1837 до 1872 года, однако, был только один правитель, очень способный альмами Омар. Он произвел обширные завоевания и подавил восстание фанатиков, которое возглавил марабут (мурабит, то есть шейх дервишей). Их называли hubbus (от клича hubbub Rasulillah, любовь к пророку Бога). Государства Фута-Торо и Фута-Джаллон существовали до французского завоевания в 1881 и 1896 годах соответственно. Самое важное из этих воинственных движений, а именно восстание Османа дан Фодио, начавшееся в 1804 году, имело место в Центральном Судане и будет рассмотрено далее. Вдохновленный успехом Османа дан Фодио, теолог шейх Хамад Бари (умер в 1818 году) в 1810 году начал революцию в Масине и создал исламское государство, настолько близкое к идеалу, насколько можно было реализовать идеи на практике. На его компактной территории исполнительная власть навязала строгий шариат. Государство Масина существовало до 1862 года.