После Масуди в арабских материалах начался пробел, растянувшийся на два столетия. Из рассказа Идриси (около 1154 года) ясно, что ислам завоевал участки побережья Бербера, но не зандж, за исключением народа острова Анджаба. Он пишет о языческих практиках зандж. Только при Ибн Саиде (умер в 1274 году) ислам стал культом правящего класса в прибрежных городах зоны зандж (билад аз-зандж — страна занджей). Зона Софала еще оставалась языческой. Ибн Саид пишет о столице занджей, где поклоняются идолам. Ибн Баттута свидетельствует, что остров Килва был мусульманским в 1329 году, а Ибн Тагрибирди — что остров Ламу был мусульманским в 1383 году.
Самыми важными мусульманскими городами-государствами были Могадишо, Барава, Ламу, Пате, Малинди, Момбаса и Килва. Они поддерживали торговые отношения с Аравией, портами Персидского залива, Индией, Цейлоном и Китаем. Как Савакин на Красном море и Зейла на Аденском заливе, многие из них располагались на маленьких прибрежных островах, предположительно для удобства обороны. Мусульманские жители Савахила — «береговой страны» — были заняты торговлей и соперничеством между портами и не продвигались вглубь территории. Их взгляд всегда был обращен к океану. Представляется, что они не помышляли о распространении ислама среди банту внутренних территорий страны, чья религиозно-социальная структура, основанная на семейных группах, не благоприятствовала восприятию монотеистической легалистической всеобщей религии. Но элементы банту были приняты в береговом мусульманском сообществе, с его отличительной, преимущественно исламской цивилизацией ширази. Термин «ширази» взят из местных легенд. Есть свидетельства, что среди иммигрантов были не только оманские и йеменские арабы, но также иранцы, которые, должно быть, прибыли через Фарс и его столицу Шираз. В надписи из Могадишо говорится о смерти ширази из Нишапура в 1269 году. Эта цивилизация, вероятно, развилась на побережье Банадира и оттуда распространилась в южном направлении посредством миграций семейств или мелких групп. Современные знания получены в основном из материальных остатков. Руины мечетей и дворцов, датированных XIII–XV веками, особенно на Килве и в Геди, недалеко от Малинди, демонстрируют уникальный архитектурный стиль, источники которого в настоящий момент установить невозможно. Язык суахили, в своей основе — банту с множеством арабских заимствованных слов, начал в этот период развиваться в разговорной, но не в письменной форме. Мусульманские города-государства оставались независимыми от внешнего доминирования, и друг от друга тоже. Истории династий некоторых из них описаны в местных хрониках. О других — например Геди — ничего не известно. В XIV веке Могадишо пришел в упадок, Пате стал сильнее, а Килва считалась самым богатым и могущественным государством. Мусульманские поселения Софалы были зависимыми от него территориями. Золото в это время получали от внутренней империи, монархи которой имели королевские титулы. В португальских документах государство называется Мономотапа. Проблемы хронологических рамок и происхождения этой империи пока не решены. Недавние исследования показали, что она возвысилась после IX века, а правили в ней банту, а не хамиты. Удивительные здания с прекрасной каменной кладкой в Зимбабве и других местах, вероятнее всего, являются ее памятниками.
Цивилизация ширази исчезла после периода португальского господства. В 1598 году Васко да Гама с четырьмя кораблями подошел к берегу у Мозамбика, тогда небольшого мусульманского поселения, и, пройдя мимо Килвы, достиг Момбасы и Малинди. Он установил дружеские отношения с султаном Малинди и получил лоцмана, который довел его корабли до Каликута (Кожикоде) в Индии. Возможно, это был Ахмад ибн Маджид, знаменитый арабский моряк, лоцман, географ и писатель, чьи работы сохранились. С 1505 года и далее при вице-короле Франсишку де Алмейда и его преемниках португальцы требовали дань от мусульманских торговцев, и многие из них соглашались. Килва была занята в 1505 году, но в 1509 году гарнизон оттуда убрали, и город пришел в упадок. Момбаса, хотя и сгорела в 1505 году, приобрела коммерческую значимость и стала центром мусульманской оппозиции, а Малинди стала союзницей Португалии. Португальцы, главные интересы которых были в других местах, осуществляли лишь слабый и ненадежный контроль, и они многим обязаны помощи Малинди и других дружественных государств. Их главные форты и таможни располагались в Малинди, Момбасе (где они в 1528 году подавили восстание) и Мозамбике, а также на островах Занзибар и Пемба. Хотя они строили церкви за городскими стенами, но, в общем, не пытались обратить в свою веру «мавров» и почти не оказали на них культурного влияния. Не стремясь к разрушению мусульманских городов, они нарушили баланс жизни на побережье и положили начало экономической регрессии. Их деятельность существенно снизила мусульманское судоходство из Индии и Южной Аравии. Передвижения племен галла и банту ньика на север и рейдерских банд банту на юге также способствовали процессу. Из-за упадка торговли, которая была единственной функцией городов, а также растущей ненадежности города пришли в упадок, а некоторые из них, к примеру Геди, были покинуты. Одним из утраченных ресурсов оказалась старая торговля золотом. Имея в виду получение золота, португальцы в 1505 году овладели мусульманскими поселениями в Софале, а в 1507 году — в Мозамбике. Позже они поселились в дельте Замбези и вдоль реки. Они остановили вывоз текстиля и бус с Килвы, которые раньше мусульманские торговцы обменивали на золото. Поток золота иссяк. Возможно, истощились залежи, но, вероятнее всего, ему в немалой степени мешали внутренние проблемы государства Мономотапа и систематические вторжения племен. Сделанная португальскими миссионерами попытка в 1561 году обратить Мономотапу провалилась, и государство прекратило свое существование в начале XVII века. На Африканском роге влияние португальцев было небольшим — или его не было вовсе, хотя Барава — в то время республика, которой руководили двенадцать религиозных лидеров, — платила им дань. Португальские — и другие европейские — суда стали выбирать более южный путь в Индию, избегая этого побережья. Ранее (в XIII–XV веках) Могадишо был процветающим государством под властью местной династии Фахр ад-Дина, построившего уцелевшую мечеть. Один из его преемников описан Ибн Баттутой как «бербер», говорящий на местном языке, но немного знающий арабский. В XVI–XVII веках, при другой династии, город подвергся натиску Сомали и утратил свое значение.
Слабость португальцев стала очевидной, когда турецкий корсар из Йемена Мирали-бей стал осуществлять набеги, получая помощь от Могадишо, Ламу и других городов. Момбаса оказалась в его руках в 1588 году, и ее шейх объявил о верности османскому султану. Впоследствии турки были захвачены португальцами, а Момбаса была разграблена набегами банту химба, которые уже разорили Килву. Они двигались на север, очевидно, из долины Замбези и были известны своим каннибализмом. Затем они напали на Малинди, но потерпели поражение от местного племени сегеджу, и о них больше не слышали. После этого португальцы отдали Момбасу султану Малинди и построили укрепленный замок, форт Иисус, господствующий над городом. Позже они отправили сына султана Хасана, Юсуфа, на Гоа, где его воспитали как христианина, дав ему имя Дон Джеронимо. В 1630 году его возвели на трон. Годом позже он восстал и вернулся в ислам. Восстание было подавлено лишь после долгой борьбы. Сам Юсуф, избежавший плена, умер в 1637 году.
