Границы, установленные османской и узбекской экспансии этими событиями в начале XVI века, оказались исторически долговечными. Если не считать временных неурядиц, западная граница Ирана сохранилась в неизменном виде до конца сефевидского периода, проходя по линии, установленной битвой при Чалдыране и османским завоеванием Месопотамии в 1534 году. С незначительными изменениями она такова и сегодня. Северо-восточные пределы иранского влияния, установленные неудачными усилиями Бабура в Трансоксиане, по большей части тоже остались стабильными. Пояс, протянувшийся вдоль и к югу от Амударьи на запад к Каспийскому морю, с тех пор стал границей между государствами, а также между религиозными общинами. Трансоксиана и большинство восточных земель, где говорили на персидском языке (теперь они включены в состав Афганистана и Таджикистана), остались в основном суннитскими, а Иран стал почти полностью шиитским. Хотя распространение персидской культуры в Центральную Азию в последующий период не остановилось, сектантский раскол существенно замедлил прогресс. В Трансоксиане, как и в Индии, литературное выражение на персидском языке развивалось более или менее независимо, в направлении, определенном исконным суннитским влиянием. Несмотря на эмиграцию иранских поэтов и художников, взаимные контакты с культурой Иранского плато относительно редки. В то время как великие персидские классики сохранили свое влияние и популярность в этих странах, современные литературные продукты Ирана, даже если они не имели теологического характера, перестали изучаться и использоваться как образцы. Эта ситуация не только лишила обе стороны возможных плодов культурного обмена, но несомненно, лежала в основе выраженного регресса персидского языка в Трансоксиане (за исключением гор Таджикистана). В этот период тюркский — «суннитский» — язык стал обычным инструментом выражения по всей Центральной Азии. Эта языковая перемена, вместе с ослаблением культурных связей с Ираном, привела к постепенному падению с высокого уровня, достигнутого под влиянием общего культурного развития, преобладавшего в эпоху Средневековья.
Таким образом, события начала XVI века привели к разрыву древних связей Трансоксианы с югом и одновременно втянули страну в беспорядки на южном фланге. Однако ей больше не угрожали атаки с северо-востока, которые в XV веке вызывали большую тревогу, особенно когда ойраты, которые не были мусульманами, проникли почти до Амударьи. Поскольку суннитский ислам постепенно распространялся дальше на восток, в Семиречье и бассейн Тарима, больше не было необходимости в священных войнах против жителей этих регионов.
Северо-восточные границы ислама до того, как около 960 года его начали повсеместно принимать тюрки, находились в районе Самарканда, Ферганской долины и гор Афганистана. За обращением тюрков Трансоксианы не последовала дальнейшая экспансия, пока за свою религию держались монголы и каракитаи. Тюрки-мусульмане в 960—1220 гг. стремились только в сторону Ирана и Ближнего Востока. Мысль о расширении своей территории и распространении своей религии в восточную часть Центральной Азии, вероятно, не приходила им в голову. Только в XIV веке, когда монголы Чагатайской орды перешли в ислам и Тимур позиционировал себя как его защитника, причем лишенного рыцарских качеств, доктрина Корана стала проникать в бассейн Тарима и остальную часть Могулистана. Некоторые местные правители приняли роль защитников ислама от восточных соседей. В следующих веках обширные территории восточной части Центральной Азии были, таким образом, завоеваны, и даже в Китае начало расти число мусульман, известных как дунгане. Единственная прочная преграда исламу появилась, когда племена из Монголии в конце XVI века стали склоняться к ламаистскому буддизму. До этого барьера народы и племена, говорившие на тюркских языках, почти без исключения собрались под знамена Корана.
Общая ситуация в начале XVI века, таким образом, может быть охарактеризована следующим образом: в Иране и Малой Азии империи османов и Сефевидов заменили прежнее множество нестабильных мелких государств. В Индии тоже вскоре предстояло возникнуть империи Великих Моголов там, где до этого были лишь разнородные мелкие государства. После этого число сильных мусульманских правительств увеличилось до трех. Народы и государства Центральной Азии теперь столкнулись с преградами, оказавшимися непреодолимыми для любой южной экспансии. Только на востоке, в направлении Могулистана, Монголии и Китая, не было крупного, имеющего прочную основу государства, в результате чего перемены на границе и сдвиги власти, пусть имеющие местное значение, в эти десятилетия случались часто. Тем временем на западе появился грозный противник — ни Чингисхан, ни Тимур не предвидели ничего подобного, — способный противостоять государствам Центральной Азии, а именно Россия. В это время царь Иван Грозный сделал первую попытку вступить в переговоры с Ираном Сефевидов против османской Турции и также против Бухары. Не имеющие из-за сильных соседей возможности внешней экспансии, государства Центральной Азии не имели не только достаточных сил для построения империи, но и внутренних ресурсов для культурных достижений. Поэтому будущие века стали временем застоя и упадка.
Закат Центральной Азии
Разгром и смерть Мухаммеда Шейбани в 1510 году и последующий ход событий показали, что Иранское плато больше не завоюют тюрки Центральной Азии, как это нередко бывало в предыдущих веках. Еще долго рейдеры из Трансоксианы и Хорезма упорно беспокоили иранские провинции Хорасан и Мазендеран, примерно так же, как крымские татары в этот период совершали набеги на Литву и Польшу. Тем не менее Сефевиды (тоже тюрки по происхождению) держались и превратили Иран в сильное и независимое государство с особым характером. В прошлом государства, образовавшиеся в Центральной Азии, никогда не достигали более чем местного значения, если не могли расшириться в Иран или в сердце мусульманского мира. Карьеры сельджуков и хорезмийев, монгольских ильханов и Тимура образуют летопись центральноазиатских ударов, направленных к центрам мусульманской цивилизации. В XVI веке Шейбаниды, несмотря на значительную силу, не смогли вырваться из Центральной Азии. Поэтому они вели изолированное существование «на полях» высокой политики и мировой истории. Центральная Азия, войдя в современность, опустилась до уровня удаленной мусульманской провинции. И ее последующая история может быть изложена очень кратко.
Успешная борьба против интервенции Сефевидов в Центральную Азию в 1510–1512 годах положила начало дестабилизации. После 1512 года Хорезм оказался в руках военачальника из Шейбанидов по имени Ильбарс, который организовал территорию как аванпост суннитов против шиитов и базу постоянных набегов на соседние иранские провинции. Он и его потомки решительно отбивали все попытки покорить их владения в XVI и XVII веках, включая вторжения буддистов-калмыков в 1613 и 1632 годах. Хорезм все чаще стали называть именем столицы региона, Хивы, и, в конце концов, название вышло из употребления. Хивинское ханство сохраняло независимость в течение трех с половиной веков.
Сибирское ханство на северо-западе тоже сохраняло независимость. После долгой борьбы в 1563–1569 годах ханов вытеснил соперник из боковой линии, которого звали Кучум. В 1579 году он вступил в конфликт с русскими, наступавшими из-за Урала, а в 1581 году был разбит и изгнан со своей территории. Хотя Кучум вернулся и в 1584 году одержал верх над предводителем казаков Ермаком, который, спасаясь от преследования, утонул, он не сумел остановить приток русских. Русское поселение было основано в 1586 году в Тюмени и в 1587 году в Тобольске. После разгрома на реке Обь в 1598 году Кучуму пришлось укрыться у ногайских татар, и в 1600 году он был убит. Его сын Ишим долго сопротивлялся, объединившись с калмыками, но ничего не смог сделать. Покорение Сибирского ханства открыло путь для распространения правления русских не только до Тихого океана, но и в Центральную Азию. Более того, торговля между Восточной Европой и Восточной Азией в последующие десятилетия стала проходить по русской территории, и этот переход на сибирский путь существенно снизил экономическую важность Трансоксианы.