Кроме земледелия и скотоводства, которое было главным средством существования кочевников, неотъемлемыми частями экономики центральноазиатских государств были промышленность и торговля. Глазурованная плитка, ковры, шелковые ткани, металлические изделия и миниатюры в стиле Бехзада выделялись среди продукции ремесленников. Золото для обработки ввозилось из Ирана и России, серебро — из Китая через Фергану. С другой стороны, производственные техники в таких ремеслах, как изготовление фарфора и литье пушек, оставались на примитивном уровне. В целом творческая активность с течением времени снижалась. Разве что в Хиве в XIX веке можно было встретить некоторые достойные внимания изразцы в мечетях и медресе. Древнее искусство ковроткачества пережило XIX век и русские завоевания, хотя и адаптировалось к изменившейся моде. А центральноазиатская ирригационная техника, получившая название «ферганский метод», стала впоследствии моделью для использования на всей территории Советского Союза.
Старая и разветвленная торговля Центральной Азии велась в основном классом коммерсантов, которых назвали сартами, — иранцами и отчасти согдийцами по происхождению, но тюркизированными по речи, хотя, как правило, двуязычными. Бухара и Самарканд были главными торговыми центрами. Мерв тоже принимал определенное участие, да и Ташкент после 1790 года быстро приобрел коммерческую важность. В XVII и XVIII веках объем товаров, которыми центральноазиатские государства обменивались с другими странами, включая Россию, оставался весьма значительным. Как и в прежние времена, путь из Казани через Уфу и Башкирию был наиболее используемым. Также появился маршрут из Оренбурга или Астрахани через Мангышлак. Другими важными рынками сбыта были Иран и бассейн Тарима (куда товары попадали через Фергану). Небольшая торговля велась также с Индией, куда русские купцы тогда не имели прямого доступа, хотя русский посол в 1696 году был принят императором моголов Аурангзебом.
Этой торговлей северные степи и расположенная за ними Россия снабжались центральноазиатскими продуктами, такими как хлопковые и шелковые ткани, каракулевые шкурки, ковры, а иногда также драгоценные камни и оружие с драгоценными инкрустациями. Взамен Центральная Азия и страны, расположенные южнее, получали шерстяные ткани, сатин, шкуры и мех, серебро (которое также везли из Китая), охотничьих соколов и деревянные изделия. Металлические изделия, топоры и стрелковое оружие везли в основном для ханов и придворных. Часто производился обмен подарками. Возобновившаяся в XVIII веке чеканка золотых монет — впервые после монгольского периода — зависела от импорта золота из Европы через Оренбург. По крайней мере, так принято считать. Импорт из бассейна Тарима состоял из грузов, следовавших транзитом из Китая, а также Индии — чая, фарфора и серебра.
Тем не менее рос объем перевозок по новому морскому пути на Дальний Восток через Южную Африку, понизив важность древнего Шелкового пути через Центральную Азию. Поэтому ханствам не удалось значительно увеличить объем торговли в сравнении со средневековым уровнем, и их не затронул мировой экономический рост.
Бухарское ханство
В Бухаре, где находилась резиденция Шейбанидов, старая династия не исчезла полностью, продолжалась по женской линии. В 1599 году Баки Мухаммед, мать которого была принцессой из рода Шейбанидов, а отец Джани — принцем из правящей семьи Астрахани, завладел частью Трансоксианы, которая была его наследием от деда по материнской линии. Некоторые части, в частности Ташкент и город Туркестан, были захвачены казахами и на много лет остались за пределами городской мусульманской цивилизации. Династия, основанная Баки Мухаммедом, называется или Джанидами — по имени его отца, или Ашатрханидами — от татарского названия Астрахани. Джанидское правление долго существовало к югу от Оксуса, в районе Балха, где периодически жили наследники династии (далеко не всегда правители). Никаких долговременных территориальных завоеваний не было сделано на северных флангах за счет рвавшихся на юг казахов. Хорасан был навсегда потерян для Сефевидов после смерти Абдаллаха II в 1598 году. Хан Имам Кули (правил в 1611–1643 годах) воевал с казахами и вышел к эстуарию Сырдарьи. В 1612–1613 годах он временно оккупировал Ташкент, где устроил ужасную резню. Его преемником стал способный правитель Абд аль-Азиз (правил в 1645–1680 годах). В этот период в стране царили мир и стабильность. Индийская армия, отправленная падишахом империи Великих Моголов Шах-Джаханом, который мечтал о восстановлении правления Тимуридов в Центральной Азии, в 1645 году вторглась в Балх, но двумя годами позже ушла из-за сурового климата. После смерти Абд аль-Азиза восстание в долине Зеравшана положило начало стадии распада. Около 1710 года люди из Ферганской долины отделились и создали новое государство Коканд. Подробности политической истории этих лет еще предстоит узнать из неопубликованных и в основном пока неизученных манускриптов, хранящихся в библиотеках Центральной Азии. Но маловероятно, что они будут представлять большой интерес. Постоянные междоусобицы между ханами династии Джанидов (даты жизни и правления которых зачастую неизвестны) и ведущими узбекскими биями и кланами сделали невозможными внешние авантюры и ослабили влияние центрального правительства на провинции. Главы кланов обретали все больше независимости — совсем как деребеи в Османской империи в XVIII и начале XIX века. Несмотря на эти и другие трудности, о которых свидетельствовало обесценивание валюты в 1709 году, экономика, похоже, процветала. Сельское хозяйство выиграло от ирригационных работ, да и торговля оставалась оживленной. В Бухаре находился самый важный зерновой рынок Центральной Азии. У бухарских купцов были торговые поселения в бассейне Тарима и даже в глубинах Сибири, где они работали рука об руку с татарами.
В соседнем Иране режим Сефевидов был свергнут в 1722 году. Пролилось много крови, пока страна разваливалась на части и была снова насильственно объединена Надир-шахом. Все это время бухарский трон был занят очень слабым ханом Абулфейзом, правившим с 1711 до 1747 года. Он покорился Надир-шаху, который вошел в Бухару в 1740 году и остался на троне. Балх был утрачен еще в 1737 году. Многочисленные войны, внутренние беспорядки и голод этого периода стимулировали эмиграцию из Самарканда и Бухары, которая продолжалась много лет, в первую очередь в Фергану, но теперь стала массовой. В этот период и сразу после него при дворе Джанидов стали господствовать «мажордомы» (аталыки) из клана Мангытов, которые превзошли соперников из клана кенегес и постоянно усиливали свою власть. С 1747 года и далее реальная власть находилась в руках аталыка Мухаммеда Рахим-бия (умер в 1758 году) и его наследников. Но последний марионеточный хан из Джанидов был свергнут только в 1785 году. Таким образом, длительное правление потомков Чингисхана в Бухаре подошло к концу. Основатель новой династии Мангытов, которая существовала до 1920 года, — Шахмурад (правил с 1785 до 1800 года), который женился на принцессе из рода Чингизидов. Хотя Мухаммед Рахим в 1753 году принял титул хана, последующие мангытские правители использовали титул эмира.
Существовавшие ранее социальная структура и модель землевладения не претерпели изменений, когда к власти пришли мангыты, за исключением роста влияния религиозных сановников. Как уже говорилось, в Бухаре тогда было очень много людей, изучавших теологию.
