Событием, которое в ретроспективе представляется крайне важным, но в современной империи Моголов почти не привлекло внимания, стало первое появление английских купцов. В 1613 году они получили разрешение Джахангира основать свою первую «факторию» (торговое поселение) на западном побережье, в порту Сурат. С 1615 до 1618 года посол английского короля сэр Томас Роу жил при дворе Джахангира.
Опасность для мусульманских династий из-за отсутствия строго определенных правил перехода власти в исламском праве была наглядно продемонстрирована событиями последних лет Джахангира. У него было четыре сына: Хусрау, Парвех, Хуррам и Шахрияр. Самым способным из них был Хуррам, который в войне против Ахмаднагара добился некоторого успеха, за который получил титул Шах-Джахан. Императрица Нур Джахан, однако, желала сохранить свое политическое влияние и при преемнике своего супруга; хотя сначала она весьма благосклонно относилась к Хурраму, со временем стала смотреть на него как на слишком грозного соперника и перенесла свою благосклонность на ничего собой не представляющего Шахрияра. Хуррам взбунтовался. Началась гражданская война, продлившаяся несколько лет, без каких-либо действий по завоеванию Кандагара. Хуррам постоянно оказывался в проигрыше и в конце концов в 1625 году попросил прощения у отца и получил его. В октябре 1627 года Джахангир умер. Хуррама в это время в Декане не было. Он захватил трон с помощью брата Нур Джахан Асаф-хана, который по его приказу казнил Шахрияра и других возможных претендентов. О его восхождении на престол под именем Шах-Джахан было объявлено в Агре в феврале 1628 года.
Шах-Джахан, правивший в 1628–1658 годах, был более воинственным, чем Джахангир, и это пошло на пользу, поскольку империи в этот момент нужно было более активное военное лидерство. Положение моголов в Декане было настолько непрочным, что Шах-Джахан был вынужден в первые годы своего правления держать в этом секторе большинство своих войск. Ему, в отличие от его отца, удалось добиться успеха. Из пяти султанатов, образовавшихся на плато после краха Бахманийского султаната, самые маленькие, Берар и Бидар, были поглощены соседями, и осталось только три — Ахмаднагар, Биджапур и Голконда. Часть Ахмаднагара была аннексирована Акбаром. Шах-Джахан вторгся в Биджапур в 1632 году и аннексировал Ахмаднагар в 1633 году, после капитуляции исторической крепости Даулатабад. В 1636 году он заключил мир с Биджапуром и Голкондой, которые стали его вассальными государствами под верховной властью моголов.
Шах-Джахан, однако, запомнился не военными кампаниями, а блестящим, пышным двором и великолепными постройками. Прежде всего это Тадж-Махал, великолепный мавзолей, который он велел построить в Агре над могилой своей любимой жены Мумтаз-Махал, которая умерла в 1631 году. Что касается положения внутри страны, в империи уже появились симптомы заболеваний, которые ускорили ее последующий упадок. Рассказы европейских путешественников наглядно показывают, что императорская мания строительства оказалась слишком тяжкой ношей для страны, а вымогательства коррумпированных чиновников доводили людей до полной нищеты. У правительства тоже были проблемы. Отношение Шах-Джахана к мусульманам, хотя и вызванное глубокой личной верой в ислам, шло вразрез с правилом терпимости, которое еще со времен Акбара обеспечивало стабильность в государстве. Его приказ разрушить строящиеся индуистские храмы соответствовал строгому исламскому закону, но шел вразрез с интересами империи. В 1645–1647 годах он попытался реализовать стародавнюю мечту моголов добавить свою трансоксианскую родину к индийской империи. Но хотя регионы Балха и Бадахшана были завоеваны, от этого дорогостоящего предприятия пришлось отказаться, поскольку войска моголов, привыкшие к комфортному климату Индии, слишком тяжело переносили суровые условия жизни в Центральной Азии. Такая же дорогостоящая неудачная попытка вернуть Кандагар в кампаниях 1649–1652 годов снова показала относительную слабость армий моголов в сравнении с неиндийскими армиями, которые все чаще использовали европейское оружие и методы.
Тот факт, что империя, несмотря ни на что, осталась непоколебимой, объясняется не столько военными успехами Шах-Джахана, сколько прочным, надежным фундаментом, на который ее поставил Акбар.
Шах-Джахан желал, чтобы трон перешел к его сыну Дара Шукоху, обладавшему весьма либеральными взглядами и высоким интеллектом, но не имевшему военного опыта. К несчастью для императора, остальных сыновей никак нельзя было сбрасывать со счетов. Представлялось крайне маловероятным, что отцовское решение не вызовет возражений у Мурада, безрассудного юноши, тогда правившего Гуджаратом, у нерешительного Шуджи, правителя Бенгалии, а главное, у Аурангзеба, самого энергичного и опытного из четырех братьев. Мухйи ад-Дин Мухаммед Аурангзеб родился в 1618 году, с 1636 до 1644 года был наместником Декана, потом занимал другие высокие должности в Балхе и Кандагаре и в 1652 году вернулся на свой прежний пост в Декане. Он обладал большими воинскими талантами, развитым честолюбием и хитростью. Его частная жизнь была безупречной, и он имел нерушимое правило — всегда держать слово. Таким был человек, который не только одержал верх над своими братьями, но также унизил собственного отца. Он возглавлял успешную кампанию против Биджапура, который с 1636 года стал важной силой на юге Индии, когда началась гражданская война. Ее вызвала весть о серьезной болезни Шах-Джахана. Война между армиями братьев, которая шла с переменным успехом, завершилась победой Аурангзеба, заточившего своего выздоравливающего отца в форт Агры. В июле 1658 года он взошел на трон. Имя, принятое Аурангзебом при коронации в июне 1659 года, — Аламгир (Покоритель мира). Шах-Джахан оставался пленником в Агре до самой смерти в июне 1666 года.
В развитии империи Великих Моголов от времен Акбара и далее можно идентифицировать ряд общих тенденций. Политика терпимости, начатая Акбаром, являлась главным фактором, приведшим к внутренней стабильности, и его взаимопонимание с раджпутами существенно увеличило военную мощь империи. Хотя лишенный воинственности Джахангир больше не одерживал военных побед, стабильность империи поддерживалась во время его правления благодаря продолжающейся политике терпимости внутри страны и спокойным отношениям с соседями. При Шах-Джахане империя увеличилась территориально благодаря успешным войнам, но была ослаблена внутренне из-за чрезмерных государственных расходов и частичного отказа от политики терпимости.
В этом контексте будущее направление развития зависело в первую очередь от отношения к терпимости нового правителя — Аурангзеба (правил с 1658 до 1707 года). Поскольку он был не только рьяным мусульманином, но и проявлял крайний антагонизм к последователям всех других религий, последствия этого для многонациональной империи Моголов оказались тяжелыми. С узколобым упрямством Аурангзеб продолжал раздувать пламя, которому предстояло уничтожить и его, и всю империю. Он растаптывал чувства своих индуистских подданных в неблагоразумной попытке навязать исламский закон и силой заставить людей принять мусульманскую веру. Крупнейшие индуистские храмы на севере Индии были уничтожены по его приказу, что явилось невосполнимой потерей для индийского искусства. Издавались обременительные дискриминационные эдикты, имевшие целью распространить ислам путем экономического давления. После разрушения храма в Матхуре в 1669 году джатское население региона взбунтовалось, и это восстание было подавлено только после смерти Аурангзеба. Сикхи Пенджаба, приверженцы реформаторской религиозной секты, основанной Гуру Нанаком (1469–1539), также стали врагами режима моголов после того, как Аурангзеб в 1675 году казнил девятого гуру сикхов Тегха Бахадура. Его сын Гобинд Сингх, ставший следующим гуру, позже организовал сикхов в военное братство халсы (чистых), обязавшееся противостоять силам ислама. Воистину роковым решением Аурангзеба стало в 1769 году возвращение подушного налога — джизьи для всех немусульман, включая феодальную знать, в том числе раджпутских принцев, которые имели законное право на освобождение. Одновременно он создал могольскую администрацию в Джодхпуре, столице раджпутского государства Марвар. Кланы раджпутов, ранее бывшие самыми надежными вассалами империи, за немногими исключениями, восстали против Аурангзеба. Моголам пришлось напрячь все силы, чтобы оказать сопротивление раджпутам в войне 1680–1681 годов, начавшейся после долгой череды других широкомасштабных военных операций, таких как кампания против Ассама в 1661–1663 годах, которую провел Мир Джумла, уроженец Исфахана, назначенный Аурангзебом правителем Бенгалии; захват Читтагонга в 1666 году; а также кампании против мятежных афганских племен на северо-западной границе в 1667–1675 годах. Во время раджпутской войны сын Аурангзеба Акбар перешел на сторону повстанцев. Замысловатая военная хитрость, задуманная его отцом, разрушила планы Акбара; но ему удалось спастись и найти убежище у правителя Маратхи Шамбуджи на Декане. Аурангзеб тотчас собрал войска и выступил на Декан, где остался до конца жизни.
