Конфликт шел с переменным успехом. Симон Боливар, сражавшийся под командованием Миранды, бежал в Новую Гранаду, собрал добровольческие силы и в 1813 году вторгся в Венесуэлу. Он выиграл ряд сражений, но Венесуэльская республика нуждалась в поддержке со стороны, а ее армии не хватало финансов и оружия. Бежав на Ямайку, Боливар снова вернулся в Венесуэлу, но его вылазка, предпринятая в 1816 году с Гаити (там французское колониальное правление закончилось в 1803–1804 гг.), не получила помощи и окончилась ничем. Еще одна отправленная им военная экспедиция была разбита в 1818 году.
Испанцам, в свою очередь, почти не приходилось рассчитывать на метрополию. Борцы за независимость между тем готовы были преодолевать огромные расстояния, чтобы добиться военного преимущества. Латиноамериканские войны за независимость происходили на гораздо более обширной территории (от Мексики до Чили), чем Война за независимость Америки. Кроме того, здесь не было своего Континентального конгресса или Континентальной армии, которые могли бы обеспечить хоть какую-то военную и политическую согласованность. Так что любые попытки рассказать обо всех событиях этих десятилетий рискуют превратиться в запутанное перечисление поворотов военной фортуны. На восточном побережье Мексики планировать военные операции было особенно трудно из-за крупных горных цепей. Армию преследовали болезни – вездесущая желтая лихорадка. Как и в Войне за независимость Америки, революционные силы не могли по умолчанию рассчитывать на успех, и, по сути, проявляли себя в бою ничуть не лучше, чем их противники. Обеим сторонам приходилось приспосабливаться к условиям борьбы на огромной территории, где было трудно закрепить достигнутые успехи или наладить бесперебойную материально-техническую поддержку. В свете этих проблем особое значение приобретали местные и региональные факторы. Результатом, как и в Мексике, стала раздробленность повстанческого движения. Впрочем, то же самое происходило с испанской армией: отдельные подразделения боролись против повстанцев при минимальном контроле из центра, а их командиры пытались создать опорные центры на местах. Потребность в снабжении существенно подрывала популярность обеих воюющих сторон, поскольку обе армии добывали припасы путем экспроприации и мародерства, что наносило большой ущерб мирным жителям.
Роялисты страдали от частых изменений испанской политики. Это не только оттолкнуло тех, кто поддерживал короля в Латинской Америке, но и вылилось в гражданскую войну в самой Испании в 1823 году. Важную роль в поражении роялистов сыграли военные таланты и командные навыки руководителей повстанцев, которым постепенно удалось полностью измотать разрозненные силы роялистов. Особенно отличились Хосе де Сан-Мартин, который действовал в Чили в 1817–1818 годах, и Симон Боливар, упорно боровшийся в северной части Южной Америки и в Андах в 1813–1825 годах.
Решающее значение имела международная политика. Борьбу за независимость в странах Латинской Америки правильнее было бы рассматривать не как неудачу одной европейской державы, но как один из аспектов изменения баланса власти на Западе, а именно существенного расширения сферы британского влияния. Британию давно интересовала возможность наладить торговлю с Латинской Америкой, и она поддерживала ее стремление стать независимой от Испании. Британские добровольцы, дипломатическая и военно-морская поддержка многое изменили. В частности, благодаря Британии удалось предотвратить французскую интервенцию (французы выступали на стороне Испании). Получив независимость, латиноамериканские государства, еще недавно отстраненные от прямой торговли с Британией, установили с ней тесные торговые отношения и стали главными получателями британских инвестиций.
Дополнительную сложность латиноамериканским войнам за независимость придавал этнический вопрос. Повстанческое движение пользовалось активной поддержкой метисов, но креолы, боявшиеся расовой войны, воспринимали их как угрозу, поэтому креольская знать Кубы, Мексики и Перу встала на сторону Испании. Благодаря этому роялисты могли использовать против повстанцев местное ополчение. Боливар, в свою очередь, казнил выдающихся предводителей метисов, якобы за то, что они призывали к расовой войне, но на самом деле, скорее всего, он хотел сохранить контроль над повстанческой борьбой.
Роялисты многократно добивались успехов, не в последнюю очередь благодаря легким кавалерийским подразделениям. Новое поколение активных офицеров-роялистов из Испании, успевших приобрести полезный опыт во время войны с французами, прибыло в Латинскую Америку в середине 1810-х годов и помогло разработать новые методы борьбы с повстанцами. В регионе Папантла, недалеко от Веракруса в Мексике, который восстал в 1812 году, к 1818 году все города были отвоеваны сторонниками короны. Правда, это не положило конец мятежу. Он перерос в партизанскую войну, причем гарнизоны роялистов в городах оказались не способны контролировать сельские районы. Летом 1820 года новый командующий роялистами Хосе Ринкон решил резко сменить тактику. Раньше в сезон дождей военные действия на время прекращались, что давало повстанцам возможность восстановить силы, но на сей раз Ринкон не планировал отдыха. Он двинулся к повстанческой цитадели Койускуйва, построил вокруг нее несколько фортов и продолжал кампанию, в результате чего мятежники понесли большой урон. Однако и роялисты сильно страдали от болезней. В том же году стороны договорились о перемирии.
Несмотря на успехи роялистов, особенно в Венесуэле в 1806, 1812, 1816 и 1818 годах, в Боливии в 1811 и 1815 годах, в Чили в 1814 году и в Мексике в 1815 году, положить конец сопротивлению оказалось крайне трудно. Повстанцы отступали в изолированные районы и оттуда продолжали борьбу. Роялистам не удалось разработать эффективную стратегию примирения, а активно проводимые ими репрессии оказались контрпродуктивными. Такие меры были предприняты в Венесуэле, где насильственно выселили гражданских лиц в лагеря, и на Кубе в 1890-х годах. В Латинской Америке решающее значение имела непреклонность революционных командиров, не заинтересованных в примирении, и их упорство перед лицом бедствий. В конце концов в 1824 году роялисты потерпели поражение в Перу, оплоте роялизма, а решающий удар им нанесла битва при Аякучо 9 декабря. Антонио Хосе де Сукре с 5780 солдатами одержал победу над вице-королем Хосе де ла Серна и его 9300 солдатами, отразив первые атаки, а затем задействовав резервы пехоты и кавалерии, чтобы прорвать и окружить часть сил противника. Роялисты потеряли множество старших офицеров, включая захваченного в плен вице-короля, и остались без руководства.
Иначе обстояло дело в Мексике, где для восстания, начавшегося в 1810 году, были неблагополучными 1811–1812 и 1815 годы, и партизанская война почти закончилась к 1820 году. Однако успехи роялистов оказались сведены на нет либеральной конституционной революцией в Испании в 1820 году (точно так же действия Британии в Северной Америке оказались подорваны перестановками в правительстве в 1782 г.). Эта революция, крайне нежелательная, с точки зрения креольских консерваторов и мексиканских властей, привела к провозглашению независимости. В 1821 году генерал Агустин де Итурбиде договорился с повстанцами о принятии декларации независимости на условиях, устраивавших обе стороны. Испания, боровшаяся с серьезными трудностями в других областях, вынужденно согласилась с этим.
