Демократическая партия, ослабленная расколом, проиграла выборы. Линкольн победил в 18 свободных штатах и набрал 180 голосов выборщиков, получив явное большинство, Брекинридж одержал победу в 11 штатах, где получил 72 голоса выборщиков. Белл победил в трех пограничных штатах, набрав 39 голосов выборщиков, Дуглас – только в одном штате, Миссури (в Нью-Джерси он получил половину голосов), набрав в целом 12 голосов выборщиков. При этом Линкольна поддержали 1865593 избирателя, Дугласа – 1382713, Брекинриджа – 848356, Белла – 592906.
Немало южан поклялись, что не останутся в Союзе с «президентом республиканцем и чернолюбом», и, как только стали известны результаты выборов, Законодательное собрание Южной Каролины созвало конвент штата. 20 декабря 1860 г. конвент официально разорвал отношения Южной Каролины с другими штатами, «составляющими Соединенные Штаты Америки». Примеру Южной Каролины последовали другие «хлопковые» штаты Глубокого Юга: 9 января 1861 г. из Союза вышел штат Миссисипи, 10 января – Флорида, 11 января – Алабама, 19 января – Джорджия, 26 января – Луизиана, 1 февраля – Техас. В феврале того же года в Монтгомери, штат Алабама, представители этих штатов провели конвент и приняли конституцию, весьма напоминавшую конституцию США. Этим документом провозглашались Конфедеративные Штаты Америки и признавались независимость и суверенитет каждого штата. Естественно, конституция КША одобряла «особый институт» рабства. На следующий день делегаты избрали временным президентом Конфедерации Джефферсона Дэвиса, а вице-президентом – Александра Г. Стивенса.
4 февраля 1861 г. в Вашингтоне под председательством Джона Тайлера, бывшего президента, состоялся закрытый Конвент мира с участием делегатов от северных, южных и приграничных штатов, сделавший попытку предотвратить разрыв, но достичь соглашения, устраивавшего обе стороны, не удалось. Еще одна неудачная попытка предотвратить раскол была предпринята 28 февраля, когда конгресс рассмотрел совместную резолюцию о внесении в конституцию поправки, гарантировавшей сохранение рабства в тех штатах, где оно уже существовало. Но против нее выступили 65 республиканцев во главе с Тадеушем Стивенсом, депутатом от Пенсильвании. Поправка все же была принята палатой представителей (133 голосами против 65) и сенатом (24 голосами против 12), но штаты ее не ратифицировали.
4 марта 1861 г. в своей инаугурационной речи президент Линкольн пытался заверить южан, что их права, особенно право на рабовладение, будут защищены: «У меня нет цели прямо или косвенно препятствовать институту рабства в тех штатах, где он существует». И он поддержал заявление президента Джексона о том, что Союз нерушим и что ни один штат не имел права отделяться от других. «Говоря буквально, – провозгласил он, – мы не можем разъединиться». Ни один штат, действуя самостоятельно, «не может законно выйти из Союза». Вслед за Джексоном он напомнил гражданам, что поклялся требовать соблюдения законов, а значит, сохранять «собственность и территории, принадлежащие правительству», во всех Соединенных Штатах. Решение президента снабдить припасами форт Самтер в Чарлстонской бухте привело к тому, что конфедераты под командованием генерала Пьера Г. Борегара атаковали форт, который 12 апреля сдался после обстрела, продолжавшегося целый день. Так началась Гражданская война в США.
Линкольн призвал на защиту Союза 75 тысяч добровольцев и назначил на 4 июля специальную сессию конгресса. В качестве главнокомандующего Линкольн считал, что имеет полномочия, когда сочтет это необходимым, увеличивать войска, отдавать распоряжения о приобретении вооружений и приостанавливать действие законов, гарантирующих личные права. Он также дал указания штатам увеличить численность милиции в соответствии с требованиями военного времени. Собрав конгресс, он объявил, что не намерен предпринимать ничего такого, чего бы они не могли принять в форме законов. К лету 1861 г. у Союза под ружьем было 186 тысяч человек. Джефферсон Дэвис также призвал южан на защиту родины, и в течение нескольких месяцев на его призыв откликнулись около 112 тысяч новобранцев.
После начала военного конфликта отделились верхние штаты Юга: 17 апреля – Вирджиния, 6 мая – Арканзас, 7 мая – Теннесси и 20 мая – Северная Каролина. Четыре других рабовладельческих штата, Делавэр, Мэриленд, Кентукки и Миссури, остались верны Союзу, хотя некоторые их районы сочувствовали Конфедерации. Верность Союзу сохранила и западная часть Вирджинии: 19 июня 1863 г. она отделилась от штата и была принята в Союз как Западная Вирджиния.
После отделения Вирджинии столица Конфедерации была перенесена из Атланты в Ричмонд, и войска конфедератов вскоре появились на берегу Потомака, откуда был виден Вашингтон. Войска Севера были поспешно переброшены в столицу Союза и размещены в палате представителей и сенате. 4 июля, когда началась специальная сессия конгресса, солдат разместили в других частях города.
Под руководством председателя бюджетного комитета Тадеуша Стивенса палата представителей за пять дней приняла законы, позволявшие министру финансов в течение 12 месяцев занять 250 миллионов долларов. 6 августа, ко времени окончания сессии, конгресс принял 66 законов, причем все они, за исключением четырех, имели отношение к войне. Чуть более чем за месяц, главным образом благодаря настойчивости лидеров и решимости конгрессменов справиться с тяжелым кризисом, был установлен настоящий законотворческий рекорд. В таком режиме конгресс работал несколько следующих лет.
Под давлением политиков и журналистов, уверенных, что столицу конфедератов в Ричмонде можно захватить внезапным ударом, Линкольн не прислушался к доводам командующего Уинфилда Скотта, утверждавшего, что войска, расквартированные в Вашингтоне, не могут идти в бой без дополнительной подготовки, и приказал генералу Ирвину Макдауэллу с 30-тысячной армией атаковать войска конфедератов под командованием генерала Борегара вблизи городка Манассас-Джанкшен на реке Булл-Ран, примерно в 55 километрах юго-западнее Вашингтона. Противники встретились 21 июля, и поначалу бой складывался в пользу федеральных войск. Но подошедшие из долины Шенандоа подкрепления конфедератов под командованием генерала Джозефа Джонстона вынудили армию Союза в панике бежать назад к Вашингтону. За свою стойкость в сражении при Булл-Ране генерал конфедератов Томас Джонатан Джексон был прозван Каменной Стеной. Теперь Линкольн осознал правоту генерала Скотта, настаивавшего на необходимости подготовки войск. Макдауэлла сменил генерал Джордж Б. Макклеллан, который выиграл несколько боев в Западной Вирджинии и после отставки генерала Скотта стал командующим федеральными войсками.
После того как американский военный корабль остановил британский пароход «Трент» и снял с него эмиссаров конфедератов Джеймса М. Мейсона и Джона Слайдела, направлявшихся в Англию, едва удалось избежать кризиса в отношениях с Великобританией. Госсекретарь Сьюард предотвратил его, приказав освободить задержанных. Он объявил, что американский корабль действовал неправильно, не доставив «Трент» и посланников в порт для принятия решения морским судом.
21 октября войска Союза потерпели нелепое поражение у Боллс-Блаффа вблизи Вашингтона. Недовольные радикальные республиканцы настаивали на более активном ведении войны и на отмене рабства. Под предводительством сенаторов Бенджамина Уэйда от Огайо, Закарии Чандлера от Мичигана и конгрессмена Тадеуша Стивенса они призвали к созданию Объединенного комитета по ведению войны, вероятно, в ответ на действия Линкольна, принявшего соответствующие полномочия. 9 декабря 1861 г. конгресс, собравшийся на регулярную сессию, одобрил создание Объединенного комитета конгресса по ведению войны, предоставив ему широкие полномочия по расследованию, вызову лиц для дачи показаний и истребованию документов, имеющих отношение к ходу войны. В комитет вошли три сенатора – Чандлер, Уэйд и Эндрю Джексон из Теннесси, представитель демократов, единственный сенатор США от отколовшегося штата, отказавшийся последовать примеру своих коллег-южан, и четыре конгрессмена – республиканцы Джордж У. Джулиан из Индианы, Дэниэл У. Гук от Массачусетса, Джон Ковоуд от Пенсильвании и Мозес Оделл, демократ из Нью-Йорка. Уэйд возглавил комитет, в котором преобладали радикальные республиканцы. Никто из членов комитета не обладал глубокими познаниями в военном деле, но все они питали к военным недоверие, если не презрение, и использовали любую возможность поставить в неловкое положение или унизить генералов Союза.