Осажденные воспользовались этим отдыхом, чтобы перевязать свои раны и приготовиться к новой битве. Около часа пополудни приступ возобновился, но с осторожностью, показавшей, как турки научились опасаться мужества христиан. Аркебузиры, расставленные на всех возвышениях и в траншеях, стреляли издали в остатки защитников, которые, не имея более ни пороху, ни свинца, падали беззащитные. Тогда капитан Ланфредуччи, уже раненный, бросился на стену к стороне замка и зажег костер, который возвестил гроссмейстеру взятие форта. В эту самую минуту турки бросились в цитадель. Шестьсот трупов на укреплениях и внутри форта оставались единственными препятствиями. Как будто возвращаясь из гроба, чтобы сразиться еще раз, несколько рыцарей, окровавленных, бледных и истощенных, поднимаются до половины между грудами трупов, ползут, потрясая изломанные мечи свои, и поражены ятаганами победителей. Бальи Эгарас схватил алебарду, бросился на турков и пал навсегда. У полковника Маса была переломлена нога, но он приказал отнести себя на стену и, действуя еще с невероятной силой двуручным мечом, отбивался до последнего мгновения. Несколько человек под начальством одного рыцаря оградили себя развалинами, их убили до последнего. Мустафа-Паша обещал по четыре золотые монеты за каждого живого рыцаря. Жертвы завистливой судьбы, некоторые из них не нашли смерти, которой искали всюду, и о них-то должно пожалеть всего более: они погибли в невыразимых муках. Сохранили только девятерых, которых приковали к гребным скамьям на галере паши. Пять мальтийских солдат спрятались между скалами, ночью бросились в воду и благополучно приплыли в замок Св. Ангела.
Осада продолжалась двадцать пять дней, в форте погибло 1200 христиан, потеря турков простиралась до 4000 человек с лишком, они сделали восемнадцать тысяч выстрелов из пушек. Драгут, смертельно раненный, уже готов был сомкнуть глаза навеки, когда ему донесли о взятии Сент-Эльма. При этом известии он на минуту ожил, выказал еще тень радости и скончался. Так умер один из дерзостнейших пиратов, когда-либо пенивших воды Средиземного моря. Алуч-Али, калабрийский ренегат, наследовал ему в управлении Триполи. Мужеством, ловкостью и деятельностью он сделался достойным преемником Драгута и вскоре явился владыкой Алжира и великим адмиралом турецкой империи.
После смерти Драгута осада Мальты потеряла бы свой интерес в истории морских разбойников, если бы неожиданное прибытие Гассана-Паши, сына Хеир-Эддина, не придало ей новой важности. Мы увидим далее, как была кончена эта знаменитая война алжирцами.
Мустафа вступил в Сент-Эльм предшествуемый большим знаменем мусульманским, которое развевалось тогда только при вечнопамятных событиях. Но когда увидел ничтожность своего завоевания, когда увидел трупы христиан, покрывавшие развалины, то он постиг трудности, еще предстоявшие ему, и воскликнул: «Чего не должны мы ожидать от матери, дитя которой останавливало нас так долго!» Неверные обесчестили свое торжество ужаснейшим бесчеловечием, и Мустафа приказал предать в своем присутствии пытке пленных рыцарей. Одних убивали тупыми стрелами, другим, повешенным за ноги, распарывали живот, вырывали внутренности и отрубали руки. Даже мертвые не были пощажены: им отрубали головы, а на туловищах делали на спине широкие разрезы в виде креста, потом со скрещенными руками привязывали их к шестам и бросали в море в надежде, что волнение отнесет к прибрежью города эти грозные свидетельства страшной мести. Овладев фортом, турки водрузили на нем свое большое знамя, повсюду расставили свои значки и занялись очисткой внутренности укреплений. Один из старых товарищей Хеир-Эддина-Барберуссы, Эль-Хаджи-Максут, назначенный комендантом, с торжеством был введен в новую должность, и между тем как Пиали-Паша вводил флот в залив Мирза-Мушиет и салютовал императорскому знамени, Сирок-Реис на галиоте вез султану весть о победе.
Не в силах будучи победить горесть при виде мусульманских знамен на стенах Сент-Эльма, гроссмейстер оставил замок Св. Ангела и поселился в доме, где глаза его не были более поражаемы этим ненавистным зрелищем. Потом он собрал рыцарей, говорил им ободрительные речи, и обнадеживая, что помощь, обещанная доном Гарсией Толедским, вскоре вознаградит все потери, понесенные ими. Произведши несколько рыцарей в высшие звания, он занялся устройством строжайшей дисциплины и предписал беречь съестные припасы, показывался народу, ободрял его, утешал, осушал слезы жен, мужья которых умерли при защите форта, и приказал праздновать день Иоанна Крестителя как в мирное время.
Вскоре изуродованные тела рыцарей, брошенные в море, были прибиты к подошве стен замка. При этом зрелище все были объяты ужасом, но Жан де-ла-Валетт, сошедши сам на берег, наблюдал за тем, чтобы останки этих героев были приняты с почтением и похоронены со всеми воинскими почестями, после чего, обратясь к толпе, дал ей понять, что такова будет участь всех, которые дадут взять себя в плен турками. 29 июня подкрепление, состоявшее из 600 человек, в числе которых находилось 47 рыцарей, счастливо вышло на остров Мальту и 5 июля, в темную ночь, проникло в крепость. Это подкрепление, так долго ожидаемое и беспрестанно требуемое гроссмейстером, придало еще более веса словам его. Между тем турки деятельно подступали к городу и скоро пушки их загремели со всех сторон против стен. Одна батарея, поставленная на высотах Св. Маргариты и Бормолы, громила южную стену, другая, на полуострове Спасителя – северную, третья, на востоке, разрушала один из боков форта Св. Михаила, а четвертая с форта Сент-Эльма поражала кронверки Св. Михаила. Со своей стороны, Жан де-ла-Валетт не щадил ничего для приведения в оборонительное положение всех угрожаемых пунктов. 8 июля Гассан-Паша король алжирский, явился перед Мальтою с 28 кораблями. С ним было 2500 солдат, которые сами величали себя непобедимыми Алжира воинственного: это был цвет храбрецов между пиратами. При виде форта Сент-Эльма они не побоялись сказать, что если бы участвовали в осаде его, то кончили бы ее гораздо скорее.
Уже со всех сторон открывались бреши, и некоторые были так широки, что через них мог проезжать всадник. Казалось, что единственное затруднение осаждающих состояло в выборе. В самом деле, они колебались, где произвести главный приступ, когда голос Гассана-Паши решил все сомнения. В совете, в котором главные предводители рассуждали о средствах к нападению, алжирский король посоветовал напасть прежде всего на полуостров Св. Михаила с двух крайних выступов вдруг, чтобы произвести в умах защитников его недоумение и разделить силы их. Раз овладев полуостровом Св. Михаила, они становились обладателями порта и шли от успеха к успеху. Мнение Гассана превозмогло. Мустафа-Паша объявил, что предоставляет алжирскому королю всю честь и все хлопоты штурма и что он может выбрать во всей армии самых воинственных людей, чтобы соединить со своими солдатами. Все в лагере приготовлялось для этой двойной и страшной атаки. Так как оконечность полуострова Св. Михаила доступна только с моря, то собрали множество судов разной величины вдоль прибрежья Сент-Эльма, и артиллерия, поставленная здесь, беспрестанно обстреливала угловое укрепление кронверка и бон (цепь, защищающая вход в гавань, порта, но успех был незначителен, потому что ядра били сверху вниз. Угадав намерения неприятеля, Жан де-ла-Валетт принял самые благоразумные и сильные меры. Тридцать тысяч гранат, смоляные круги, столь гибельные при штурмах, камни, мечи, пики были расположены на всех валах в пунктах атаки. Храбрые защитники Сент-Эльма, уцелевшие после осады, были возвращены теперь в опасности, которые научились презирать. Рыцари и солдаты спали в полном вооружении на стенах, готовые каждую минуту к битве.