В Болонье существовало два главных студенческих клуба, состоявших из разных землячеств: итальянцев и неитальянцев. Каждый клуб избирал своего председателя-ректора. Для последнего существовал возрастной ценз: не моложе двадцати четырех лет. Профессора приносили ему клятву в послушании и должны были под страхом штрафа соблюдать предписания студентов, своих работодателей, касавшиеся ведения занятий. С другой стороны, преподаватели образовали свой «профсоюз», который назывался коллегией, то есть артелью. Все профессора были уроженцами Болоньи и не принимали в свои ряды чужаков. Преподаватели делились на «читающих» (титулованных) и «не читающих», то есть не выступающих с лекциями. Прочие университеты, возникшие в XII веке в Европе, взяли эту систему за образец, но универсальной она не стала. К примеру, в Париже профессора сразу захватили бразды правления. Ректора там выбирали сначала прокураторы четырех «наций» и делегаты от преподавателей, а потом одни только преподаватели. Это было неудивительно: в большинстве своем парижские школяры были еще слишком юны, чтобы их неокрепшие голоса веско звучали в общем хоре, и уж тем более им нельзя было доверить переговоры с властями, зачастую проходившие очень сложно. Зато в Шотландии, в Глазго и Абердине, ректоров вплоть до XIX века избирали исключительно студенты.
В Оксфорде глава университета с 1201 года назывался канцлером, а преподаватели образовали свою корпорацию в 1231 году.
«Мандат» ректору выдавали на непродолжительный срок изначально на месяц-полтора. Папский легат во Франции Симон де Брион (1210–1285), впоследствии избранный папой (1281) под именем Мартина IV, понял, что столь частая смена руководства ни к чему хорошему не приводит, и предложил увеличить срок полномочий ректора до трех месяцев. Это правило соблюдалось три года, а затем срок был еще увеличен: в Париже он составлял шесть месяцев, в Шотландии — три года.
В Сорбонне главным факультетом был богословский, однако ректора университету поставлял исключительно факультет искусств (в провинции такого правила не придерживались). Докторам эта должность не светила — ректора избирали из числа бакалавров или лиценциатов. К ректору обращались «монсеньёр» и называли его в разговоре и на письме «Votre Amplitude» («ваша величина»). Университет выплачивал ему пенсию, его парадный костюм был богатым и благородным. Каждые три месяца ректор возглавлял шествие по Парижу во главе четырех факультетов. Все отправлялись в указанную им церковь, и там доктор богословия, облаченный в меха, читал проповедь в присутствии ректора. Ни в одной другой церкви проповеди в это время читать не могли. На боку у ректора висел кошелек; в нем всегда находились 50 экю, которые монсеньёр был обязан отдать королю Франции, если встретится с ним на правом берегу Сены, а король должен был отсчитать ему такую же сумму, если забредет на левый берег. Рассказывают, что Генрих IV и некоторые другие короли нарочно подстерегали университетскую процессию, чтобы получить эти деньги, и ее участники всегда с трепетом вступали на мост. Для короля 50 экю были пустяком, но для университета — значительной суммой.
Ректора избирали преподаватели, но когда 16 декабря 1485 года их выбор пал на фламандского монаха Иоганна Стандонка, студенты взбунтовались. Стандонк был тогда профессором Сорбонны, но прославился как основатель Коллегии Монтегю, печально известной суровым уставом. Новый ректор намеревался применить свои методы воспитания и к студентам, чем резко настроил их против себя.
В германских университетах ректора величали «монархом», хотя он, разумеется, подчинялся королю или императору. Если ректор принадлежал к благородному сословию, обращаться к нему полагалось со словами «ваше сиятельство» (Erlaucht) или «ваша светлость» (Durchlaucht).
В эпоху соборных школ ректор собора становился директором школы, как, например, в соборе Парижской Богоматери. Такие ректоры (канцлеры) сохранились в нескольких университетах, выросших из соборных школ: в Болонье, Монпелье, Вене и Оксфорде. Долгое время канцлер являлся представителем епископа. Он председательствовал на экзаменах, присуждал ученые степени, выдавал дипломы и исполнял роль судьи при рассмотрении дел, находящихся в церковной юрисдикции. Он всегда считался чиновником, чуждым университету, и вступал с ним в конфликт. Особенно часто это происходило в первые годы существования Парижского университета. Впоследствии его роль сошла на нет, сохранившись лишь в английских университетах.
В XIII веке, когда в Париже на холме Святой Женевьевы школы росли как грибы, ректор церкви Святой Женевьевы стал соперником ректора собора Богоматери в вопросе надзора за обучением и присвоением ученых степеней. Тогда в 1245 году факультет вольных искусств избрал собственного ректора, и в дальнейшем ректором Парижского университета всегда становился представитель этого факультета.
В германских университетах были и ректор, и канцлер. Последний имел ученую степень и иногда был профессором; он подчинялся епископу и папе; первое время его назначали, но потом стали избирать. Если канцлер, в задачу которого входил церковный надзор за университетом, слишком активно вмешивался в управление, его отношения с ректором могли быть довольно напряженными.
В России для высшего управления университетом императрица Елизавета Петровна назначила двух кураторов, а для учебных и хозяйственных распоряжений — канцелярию во главе с директором. Первыми кураторами Московского университета стали И. И. Шувалов и Л. Л. Блюментрост (правда, последний скончался прежде открытия университета), первым директором — А. М. Аргамаков (до 1757 года).
В Германии выборы ректора были многоступенчатыми и довольно сложными. На общем собрании университета избирали «управляющий комитет» из профессоров, которые, бросив жребий, назначали троих выборщиков. Те, поклявшись действовать по совести и сообразно разуму, должны были принять решение прежде, чем сгорит восковая свечка длиной в указательный палец; чересчур медлительных могли лишить жалованья на полгода.
В Лейпциге каждая «нация» избирала своего выборщика; четверо выборщиков избирали семерых избирателей — по двое от трех «наций» и еще одного от четвертой; они, в свою очередь, выбирали по одному представителю от каждой «нации» и, сверх того, еще одного человека от той «нации», которая на предыдущем этапе выборов была представлена только одним избирателем; наконец, эти пятеро избирали ректора.
Церемония вступления в должность проходила в церкви. После приветственной речи в честь новоизбранного ректора его предшественник возлагал ему на голову шляпу, вручал серебряный «скипетр» и устав университета, и новый ректор приносил присягу на Евангелии.
В окружение ректора, помимо нескольких проректоров, входили нотариусы, синдики (для ведения судебных дел и деловых сношений), казначеи, коллекторы (для заведования доходами), конвенторы (надзиравшие за школьными общежитиями), квесторы («завхозы» в германских университетах) и др. Во главе каждого факультета стоял декан.
На защите диссертаций присутствовали цензоры; в Сорбонне по завершении экзамена они принимали решение тайным голосованием.
В Киево-Могилянской коллегии начальствующими лицами были ректор, префект (инспектор и эконом) и суперинтендант (надзиратель за благочинием воспитанников).