Хотя Тромп не участвовал в крупных сражениях, когда командовал «Гельдерландом», если не считать боя с 5 крупными дюнкеркскими корсарами весной 1627 года, он привлек внимание адмиралтейства. В начале 1629 года только что назначенный лейтенант-адмиралом Голландии Пит Хейн попросил Тромпа стать капитаном его флагманского корабля «De Groene Draek».
[5] Хейн писал, что у него достаточно храбрых капитанов, однако в Тромпе он видит задатки великого флотоводца. К несчастью, сотрудничество этих двух великих людей оказалось не слишком долгим. Во время их первого сражения с 10 крупными корсарскими кораблями у Данджнесса 17 июня 1629 года Хейн был смертельно ранен. Тромп продолжал бой, не спуская адмиральского флага. Голландцы победили после тяжелого сражения, шедшего весь день. Позднее Тромп доставил тело Хейна в Роттердам и получил в награду от совета провинции Голландия золотую цепь.
На следующий год Тромп продолжал действия против дюнкеркских пиратов, добившись значительного успеха. Однажды он захватил губернатора Дюнкерка и доставил его в Роттердам в качестве пленника. За этот подвиг он получил еще одну золотую цепь и другие награды, на сей раз от адмиралтейства.
Когда его новый главнокомандующий вице-адмирал Лифхеббер сошел на берег, чтобы следить за строительством флагманского корабля, Тромп временно стал командиром крейсерской эскадры. 16 марта 1630 года штатгальтер Фридрих-Генрих присвоил ему звание старшего капитана. Это означало, что Тромп получает постоянное звание капитана, не считая должности командира корабля. Вдобавок он получил титул капитан-командора и золотую медаль от Генеральных Штатов. Теперь он принадлежал к группе из 60 капитанов, которые имели постоянные должности, и его доля в призовых деньгах, полученных от продажи захваченных судов, резко возросла.
Характерной для Тромпа чертой было то, что он делил свои успехи с подчиненными. Не раз он требовал и получал вознаграждение для команды своего корабля. За свою всегда дружескую манеру разговора, ровный характер и блестящие командирские качества Тромп получил прозвище «Bestevaer», что в буквальном переводе означает «Дедушка» или «Старик». Однако на флоте это слово означало «лучший из командиров». После Тромпа лишь де Рейтер заслужил его.
В конце 1631 года произошел инцидент, который серьезно огорчил Тромпа. Его знаменитый «De Groene Draek» разбился в 2 милях к западу от Флиссингена из-за ошибки лоцмана. Но через 6 месяцев Тромп получил новейший корабль «Prince Hendrik».
Следующий год принес Тромпу массу разочарований, и по многим причинам. Нехватка кораблей вызвала перепалку между адмиралтействами и Генеральными Штатами относительно использования единственной эскадры, оставшейся в отечественных водах. Роттердамское адмиралтейство желало помочь своим купцам, прикрывая конвои торговых судов. Генеральные Штаты, напротив, подчеркивали важность защиты от корсаров, а также необходимость перехватывать подкрепления и оружие, отправленные из Испании вражеской армии во Фландрии. Чтобы решить обе задачи, флот почти постоянно находился в море. Экипажи не получали отдыха, а корабли — ремонта. И венчала всё проблема выбора нового командующего флотом. Традиция требовала, чтобы на эту должность был назначен дворянин, невзирая на его способности. В случае с Питом Хейном штатгальтер Фридрих-Генрих сумел поломать глупое правило, но после неожиданной смерти Хейна традиция снова взяла верх. Командующим флотом был назначен достопочтенный Филипс ван Дорп, с которым Тромп не желал даже разговаривать.
Когда в ноябре 1633 года скончалась жена Тромпа, оставив ему троих маленьких сыновей, он сделал свой выбор. 30 мая 1634 года Тромп увольняется со службы. Это было свидетельством некомпетентности ван Дорпа и говорило о полном разложении в руководстве страны, так как ни флот, ни правительство не попытались убедить Тромпа остаться.
Маартен Харпертсзон нашел очень спокойную работу дьякона и посвятил себя воспитанию сыновей. Он нашел свое счастье, женившись 12 сентября 1634 года на Эльтген ван Аркенбоут. Однако через 15 месяцев совет провинции Голландия попросил его вернуться на флот в должности вице-адмирала. Летом прошлого года известный дюнкеркский корсар Жак Колер сумел прорвать голландскую блокаду с флотом из 14 прекрасных кораблей и 6 фрегатов и начал истреблять рыбацкие суда вместе с их слабым сопровождением. Досталось и крейсерским эскадрам голландского флота. Наконец совет провинции признал, что флоту требуется профессиональный командующий. Тем не менее, Тромп отклонил предложение, помня о своих спорах с ван Дорпом и отказе Роттердамского адмиралтейства возместить ему расходы, которые он лично понес при оснащении своего корабля. Кроме того, памятны были и проблемы с набором экипажа. Даже вмешательство Фридриха-Генриха не смогло переубедить Тромпа. С ядовитой вежливостью Тромп объяснил, что не хочет оскорбить командующего флотом, выведя корабли в море, тогда как «джентльмены» — ван Дорп и Лифхеббер — останутся на берегу. Оба адмирала проглотили оскорбление молча.
Тем временем состояние флота ухудшалось, корабли приходили в негодность. Сложная организация из 5 адмиралтейств, вечные споры между ними, советами провинций, Генеральными Штатами, штатгальтером, а также нежелание тратить деньги на флот привели к катастрофе. В 1636 году блокада фландрского побережья не велась, и противник спокойно действовал в Северном море. Генеральные Штаты попытались выправить положение, создав директораты, независимые от адмиралтейств, чтобы они ведали материальной частью флота. Тромп стал главой Роттердамского директората. Но даже эта чрезвычайная мера ничего не дала из-за раздиравшего Нидерланды сепаратизма. Только перед лицом неминуемого поражения республика начинала действовать. Впрочем, как показывает история, в таких случаях она действовала решительно и энергично.
27 октября 1637 года лейтенант-адмирал ван Дорп покинул свой пост. Это был великий день для молодой нации, так как теперь совет провинции Голландия мог с полным основанием просить Тромпа принять командование флотом. На сей раз он согласился, но при этом выдвинул ряд условий. Он потребовал для себя большей власти, чем имели раньше командующие флотом. Так как Тромп помнил, что тот же самый совет, который сейчас его упрашивал возглавить флот, этот самый флот и довел до состояния полного упадка, то потребовал предоставить ему большое число хороших кораблей с полностью укомплектованными экипажами. Совет неохотно согласился выполнить его требования. Условия назначения Тромпа, подписанные штатгальтером, еще больше укрепляли его позиции в борьбе против адмиралтейств и советов провинций. Через 2 дня его вице-адмиралом был назначен Витте Корнелисзон де Витт. Он был на год моложе и прославился своей отвагой, грубостью и тяжелым характером.
Тромп начал с восстановления прекращенной было блокады Дюнкерка, корня всех зол на Северном море. Одновременно он прилагал усилия, чтобы улучшить общее положение флота. Приняв на себе командование блокадной эскадрой, он совершал походы в Ла-Манш, атакуя вражеские суда. На карту были нанесены песчаные банки и отмели, проводились учения экипажей. Все это происходило не только в сезон судоходства, но и в период зимних штормов. За короткое время он восстановил дисциплину, профессиональные навыки и взаимодействие своих подчиненных. Появились сознание собственной силы и уверенность. Этот боевой дух подкреплялся налаженным снабжением с берега. Флот обязан этим тому же Тромпу, который использовал свои редкие заходы домой, чтобы убедить власти оказывать ему необходимую поддержку. Несмотря на сопротивление городских властей Амстердама, искавших только собственной выгоды, и не слишком теплые отношения с де Виттом, имевшим независимый и ревнивый характер, Тромп сумел твердо взять флот в свои руки. Близкие отношения со штатгальтером Фридрихом-Генрихом оказались очень полезны при решении особенно сложных проблем. Вместе они сохранили обычай общего сбора флотов всех провинций перед началом кампании. Они также сумели добиться того, что Тромпу было разрешено занимать свой пост не один год, а столько, сколько потребуется. Однако они не сумели убедить амстердамских богачей прекратить позорное (по нынешним меркам) дело — продавать корабли своему врагу — Испании.
