Вскоре после 13.00 авианосец «Йорктаун» был атакован 3 «Джуди». 2 самоубийцы промахнулись, но бомба третьего попала в сигнальный мостик авианосца, пробила палубу и взорвалась. 3 человека были убиты и 18 ранены.
Быстроходные авианосцы сумели избежать серьезных повреждений во время атаки 18 марта, а 19 марта они отправили самолеты, чтобы атаковать обнаруженные накануне японские корабли. Пилоты сообщили, что попадания получили 16 японских кораблей, в том числе суперлинкор «Ямато», линкоры-авианосцы «Исэ» и «Хьюга», авианосцы «Амаги», «Кацураги» и «Рюхо». Эскадренные авианосцы получили по 1 бомбовому попадания, а легкий авианосец «Рюхо» получил 4 попадания 500-фн бомбами. Он был тяжело поврежден, но остался на плаву. Потери экипажа «Рюхо» составили 20 человек убитыми и 30 ранеными.
Удар по японским кораблям ослабили истребители, взлетевшие с соседних аэродромов. А вскоре Оперативное Соединение 58 получило ответный удар, причем во многом по собственной оплошности.
На сей раз мишенью для японцев стала Оперативная Группа 58.2. Подкравшийся незамеченным японский самолет спикировал на «Уосп» и сбросил бомбу. Она пробила полетную и ангарную палубы, взорвав по пути стоящий в ангаре самолет, и сама взорвалась в камбузе. Пожары вспыхнули сразу на 5 палубах. Несмотря на бензин, который лился на палубу, питая огонь, и 6 разорванных водяных магистралей, аварийно-спасательная партия «Уоспа» потушила пожары за 15 минут. В 8.00, уже через 50 минут после попадания, «Уосп» начал принимать самолеты. Его внутренние отсеки были разворочены, 102 человека погибли или умирали от тяжелых ран, а еще 269 получили менее серьезные ранения. И все-таки «Уосп» остался в строю.
Почти в тот же момент, когда получил попадание «Уосп», другой японский самолет незаметно подкрался к «Франклину». Следуя на малой высоте, он сбросил 2 бомбы на «Биг Бен». Первая взорвалась в носовой части ангара, обрушив вниз платформу переднего элеватора. Взрыв перебил всех моряков, которые находились поблизости, и вызвал пожар, который быстро охватил вооруженные и заправленные самолеты. Вторая бомба тоже взорвалась в ангаре, однако перед этим она успела вызвать пожар среди самолетов, поднятых на полетную палубу. Ее взрыв привел к тому, что пламя распространилось по всему ангару. В 7.09, через минуту после попадания первой бомбы, «Франклин» потряс первый из 5-часовой серии взрывов. Рвались бомбы и ракеты, подвешенные к самолетам, огонь вызвал детонацию боеприпасов, поднятых к орудиям. Эти взрывы и беспорядочные очереди из раскалившихся пулеметов на охваченных огнем самолетах вынуждали моряков пожарной партии то и дело бросаться плашмя на палубу. Спринклерная система носового погреба работала нормально, но кормовой погреб так и не удалось затопить. В суматохе об этом даже не вспомнили. Можно лишь радоваться, что он не взорвался. Все радиостанции корабля были разбиты, внутрикорабельная связь отказала. Пока «Франклин» корчился в агонии, контр-адмиралы Дэвисон и Боган, который находился на борту в качестве наблюдателя, перешли на эсминец, а затем на авианосец «Хэнкок».
Капитан 1 ранга Лесли Э. Герес теперь предпринимал отчаянные усилия, чтобы спасти свой корабль. Авианосец все еще делал 16 узлов и имел крен на правый борт всего 3?. Его машины и рулевое управление остались невредимы. Пожары в носовой части полетной палубы были потушены, и примерно в 9.30 к авианосцу подошел легкий крейсер «Санта Фе», чтобы снять раненых и не занятых борьбой за живучесть.
Но в это время из котельных и машинных отделений сообщили, что люди теряют сознание на своих постах от густого дыма и жары. После этого пришлось эвакуировать всю машинную команду. Регуляторы турбин были установлены так, чтобы корабль сохранил скорость 8 узлов. Но в 9.45 отказало рулевое управление, а через 15 минут «Франклин» остановился. Крен на правый борт медленно увеличивался, и корабль начало разворачивать в этом направлении, поэтому «Санта Фе» не мог больше оставаться у борта авианосца. Как только «Франклин» занял устойчивое положение, крейсер снова подошел к его правому борту и, подрабатывая машинами, постарался удержать авианосец на месте. Все раненые, летный состав, буквально все, кто не был нужен для борьбы с пожарами, были переведены на борт крейсера. Когда в 12.25 «Санта Фе» отошел от «Франклина», у него на борту находились 833 человека команды авианосца. Пока крейсер стоял у борта авианосца, его орудия, катапульта и надстройки были слегка помяты. Один из эсминцев, шедший в кильватер «Франклину», подобрал из воды нескольких человек и спас группу моряков, которую огонь отрезал на корме авианосца.
Воздушный патруль и зенитный огонь с других кораблей защитили «Франклин», пока он боролся с огнем. В 12.54 один «Джуди» сбросил бомбу на корабль, однако она взорвалась в 200 ярдах от цели. Хотя потерявший ход «Франклин» находился всего в 55 милях от берегов Японии, вражеские самолеты так и не смогли добить его.
Когда отошел «Санта Фе», подошел тяжелый крейсер «Питтсбург» и завел буксирный трос на «Франклин». «Питтсбург» повел поврежденный авианосец на юг. Взрывы продолжали сотрясать «Франклин», но пожары были взяты под контроль, и крен остановился на 13?. Весь день и всю ночь эсминцы подходили к борту авианосца, чтобы помочь тушить то и дело вспыхивающие на корме пожары.
Машинная команда и аварийная партия вернулись в одно из котельных отделений, и к раннему утру 20 марта они сумели зажечь 3 из 8 котлов авианосца. «Франклин» сумел развить «скорость» 2 узла, что позволило «Питтсбургу» увеличить скорость буксировки до 6 узлов. Но буксировка оставалась сложной из-за сильного крена авианосца. Контрзатопление оказалось чересчур успешным, и в 14.00 корабль резко перевалился на левый борт, да так и остановился с креном 10? на противоположный борт.
20 марта в 9.32 было восстановлено управление кораблем с мостика, хотя на «Франклине» не осталось ни одного исправного компаса. Через полчаса заработали 4 котла, и винты сделали первые обороты. Авианосец уже мог дать 6 узлов, хотя все еще шел на буксире. К полудню «Франклин» уже мог развить 14 узлов, а еще через полчаса «Питтсбург» отдал буксир. «Франклин» самостоятельно пошел прочь от берегов Японии. Ночью 20/21 марта он развил скорость 18 узлов. В течение следующего дня скорость несколько раз падала из-за проблем со снабжением котлов пресной водой. Вдобавок к топливу примешалась морская вода. К части орудий стали расчеты, на мостике был установлен переносной радар. Для связи использовали обычный радиоприемник на батареях и переносной передатчик «уоки-токи».
В течение ночи 21/22 марта «Франклин» уже двигался со средней скоростью 19 узлов. Временами в кормовой части огонь еще вырывался наружу, так как топливная система корабля дала течь. Но каждый раз пламя быстро тушили. 22 марта к 7.00 крен уменьшился до 6?. «Франклин» и 3 эсминца, шедшие впереди Оперативной группы 58.2, направились на Улити. Из всего экипажа на авианосце работало около 400 человек. В это время на борту находились еще человек 200, однако они пока не могли приступить к исполнению своих обязанностей. Днем 24 марта «Франклин», за которым двигались «Энтерпрайз» и «Уосп», вошел в лагуну Улити. В 14.14 был брошен якорь.
Капитан 1 ранга Герес и его отважный экипаж спасли корабль. Он получил самые тяжелые повреждения среди всех авианосцев, которые все-таки уцелели. На «Франклине» погибли 832 человека, еще 270 были ранены. Среди уцелевших был корабельный капеллан капитан-лейтенант Джозеф О’Каллахан, который не только отдал последнюю дань погибшим, но и умело руководил пожарной партией, подвергаясь большому риску. За свои действия он был награжден Медалью почета конгресса.