3 английских эсминца бросились в атаку на невидимую подводную лодку. Они начали сбрасывать глубинные бомбы. Первая же серия серьезно повредила субмарину, а вторая выбросила ее на поверхность. Когда поврежденная лодка появилась на поверхности, ее встретил шквал снарядов с эсминцев. Едва немецкие моряки успели покинуть свой корабль, как U-39 быстро затонула. Эсминцы подобрали 43 человека ее экипажа. Это была первая немецкая подводная лодка, потопленная во Второй Мировой войне.
Примерно в это же время 3 истребителя-бомбардировщика «Скуа» с «Арк Ройяла» заметили на поверхности другую подводную лодку. Она пыталась потопить брошенное экипажем торговое судно, которое ранее вызывало помощь. Когда самолеты приблизились, лодка погрузилась. «Скуа» сбросили бомбы на место погружения субмарины. Однако бомбы взорвались раньше, чем низколетящие самолеты успели выйти из опасной зоны. 2 «Скуа» получили серьезные повреждения и были вынуждены сесть на воду. Третий самолет около 20 минут кружил над покинутым торговым судном, пока подводная лодка снова не показалась на поверхности. Тогда «Скуа» обстрелял ее из пулеметов, но вскоре был вынужден прекратить бой, так как у него кончался бензин. Когда самолет улетел, U-30 подобрала 4 человека экипажей сбитых «Скуа» и снова погрузилась. 6 «Суордфишей» «Арк Ройяла» прилетели как раз вовремя, чтобы проследить, как она добивает торпедой транспорт. Самолеты сбросили бомбы на подводную лодку, но безрезультатно.
Казалось бы, что с потоплением одной из 2 обнаруженных подводных лодок противолодочный поиск больших авианосцев увенчался успехом. Но через 3 дня все переменилось. 17 сентября авианосец «Корейджес», вышедший в свой второй противолодочный поход, находился в 350 милях от мыса Лендз Энд. В 18.00 авианосец был замечен подводной лодкой U-29. В этот момент 2 из 4 эсминцев сопровождения отделились, чтобы помочь торговому судну. Только через 2 часа подводная лодка сумела выйти в атаку, и то лишь потому, что авианосец развернулся против ветра, чтобы принять самолет. U-29 выпустила в него 3 торпеды, 2 из них попали в цель. Через 15 минут «Корейджес» затонул, унеся с собой 519 офицеров и матросов из 1260 человек экипажа. «Корейджес» стал первым авианосцем, потопленным в этой войне, который погиб всего через 2 недели после начала военных действий.
После гибели «Корейджеса» «Арк Ройял» и «Гермес» прекратили противолодочное патрулирование. Было решено, что большие авианосцы слишком уязвимы, чтобы рисковать ими в такой охоте.
Следующий поход «Арк Ройял» совершил в Северное море, к берегам Норвегии. Вместе с 2 линейными крейсерами и группой эсминцев он должен был прикрыть возвращение поврежденной подводной лодки, которая не могла погружаться. Утром 26 сентября патрульный «Суордфиш» заметил 3 больших немецких летающих лодки. «Арк Ройял» немедленно поднял 9 истребителей «Скуа». Ни один из английских кораблей не имел радара, и прошло некоторое время, прежде чем истребители сумели обнаружить самолеты противника. Когда показались истребители, летающие лодки немедленно повернули назад, сопровождаемые ливнем пуль. Одна из них была вынуждена снизиться, а затем сесть на воду. Ее экипаж замахал белыми комбинезонами в знак капитуляции. Позднее английский эсминец подобрал всех 4 человек. Это был первый немецкий самолет, сбитый в ходе войны.
Но теперь противник знал координаты английского соединения, и вскоре с аэродромов взлетели 9 Не-111 и 4 Ju-88, чтобы атаковать английские корабли. Бомбардировщик Ju-88 имел скорость 270 миль/час и мог нести 4000 фунтов бомб. Атака «Арк Ройяла» стала боевым дебютом этого самолета.
Немецкие самолеты были замечены, когда подходили на высоте 6000 футов. На этом театре военных действий теперь будет часто повторяться такая странная картина: чтобы отбить воздушную атаку, английский авианосец опускает все самолеты, включая истребители, в ангар. С них сливают топливо, чтобы уменьшить опасность пожаров. Лишь зенитные орудия авианосца и кораблей сопровождения обеспечивали защиту от вражеских бомбардировщиков. Было более чем сомнительно, что «Скуа» сумеют остановить Не-111, который имел скорость на 30 миль/час больше. Про Ju-88 говорить вообще не приходилось.
Десятки зенитных орудий открыли огонь по приближающимся бомбардировщикам. Строй немецких самолетов рассыпался. По английским донесениям, они поспешно сбросили бомбы и ушли, так и не атаковав корабли. Исключением был один Ju-88, который все-таки спикировал на «Арк Ройял» и сбросил бомбу с высоты 1200 футов. Большой авианосец резко накренился, разворачиваясь на полном ходу, чтобы уклониться от бомбы.
Она взорвалась в 30 ярдах от борта авианосца, не причинив никаких повреждений, за исключением нескольких разбитых тарелок и других хрупких предметов. Затем бомбардировщик совершил еще один заход и обстрелял авианосец из пулеметов. Все орудия, какие могли стрелять, обрушились на Ju-88, и он тоже улетел прочь.
Немецкие источники утверждают, что самолеты атаковали несколько кораблей (одна бомба попала в линейный крейсер «Худ», но не взорвалась и повреждений не нанесла). Ju-88, атаковавший «Арк Ройял», пилотировал капрал Адольф Франке, бывший авиаинженер. Тучи вынудили его прервать первый заход на цель, но во время второго пике он сбросил две 1000-фн бомбы. Вернувшись за базу, Франке сообщил, что сбросил бомбы на авианосец. Он добавил, что, кажется, добился прямого попадания, но не уверен в этом. Но уж совершенно точно – он не утверждал, что потопил авианосец. Немецкое министерство пропаганды сделало это за него. Газеты и журналы в огромных заголовках немедленно объявили о потоплении «Арк Ройяла». Была даже напечатана детская книжка «Как я потопил «Арк Ройял», вероятно, написанная Франке. Главнокомандующий Люфтваффе Герман Геринг прислал ошарашенному пилоту телеграмму с поздравлениями, произвел его в обер-лейтенанты и наградил Железным Крестом.
Немецкое радио теперь часто задавало ехидный вопрос: «Где теперь «Арк Ройял»?» Сначала Адмиралтейство просто игнорировало эту шумиху, но в одно из воскресений, после того как «Арк Ройял» вернулся в порт, американский морской атташе в Лондоне получил приглашение посетить богослужение на корабле. Он написал в своем рапорте, что «Арк Ройял» совершенно невредим.
В Германии часть офицеров, в основном товарищи Франке, сообразили, что именно произошло, и продолжали относиться к пилоту все так же тепло. Другие обвиняли злополучного летчика в намеренном обмане. Через 2 года Франке покончил с собой.
Однако Королевский Флот еще не подозревал, что решительная атака Франке была провозвестником страшных ударов, которые Х авиакорпус еще обрушит на английские авианосцы. В Германии межведомственную борьбу за контроль над морской авиацией выиграл Герман Геринг и включил ее в состав своих Люфтваффе. Когда Германия начала войну, 10-я авиадивизия генерал-лейтенанта Фердинанда Гейслера была единственным соединением Люфтваффе, специально обученным действиям против вражеских кораблей. Сам Гейслер ранее был морским офицером и перешел в авиацию лишь в 1935 году. В сентябре 1939 года в распоряжении генерала Гейслера имелись только 2 авиаполка, насчитывающие около 60 бомбардировщиков Не-111 и несколько новейших Ju-88. Именно самолеты 10-й авиадивизии атаковали «Арк Ройял».