После интенсивных воздушных налетов на каждый из 3 аэродромов Крита было сброшено 2000 – 3000 парашютистов. В течение всего первого дня шли ожесточенные бои, и лишь на второй день немцам удалось захватить один из аэродромов. За неделю немцы перебросили по воздуху на Крит большую часть обеих дивизий, вынудив англичан эвакуировать те войска, которые еще можно было спасти. Крит пал 1 июня.
На море тоже шли жестокие бои. На первой стадии операции корабли Королевского Флота не пропустили на остров ни одного вражеского солдата, хотя немцы и пытались провести несколько конвоев, состоящих из мелких суденышек. Адмирал Каннингхэм не мог использовать для защиты Крита свой единственный авианосец «Формидебл», так как после 4 месяцев боев его истребительная эскадрилья сократилась до 4 «Фулмаров». Однако английские линкоры, крейсера и эсминцы мужественно сражались под небом, полностью контролируемым немецкой авиацией. Они помешали немецким войскам попасть на остров морем и эвакуировали 16500 английских, австралийских и новозеландских солдат. В ходе битвы за Крит погибли 2000 английских солдат и 1828 моряков. 12000 английских и более 2000 греческих солдат попали в плен. Королевский флот потерял 3 крейсера и 6 эсминцев потопленными. 2 линкора, 6 крейсеров, 7 эсминцев и авианосец «Формидебл» были повреждены.
«Формидебл» вступил в бой 25 мая, имея на борту 12 «Фулмаров». В этот день авианосец вышел из Александрии вместе с 2 линкорами и 9 эсминцами. На следующий день с «Формидебла» взлетели 4 «Альбакора» и 4 «Фулмара», чтобы атаковать главную немецкую авиабазу на острове Карпатос (Скарпанто). Разумеется, 8 самолетов было совершенно недостаточно, чтобы вывести из строя крупный аэродром. А вскоре после этого английские корабли попали под ответную воздушную атаку. «Фулмары» встретили атакующих, однако 20 пикирующих бомбардировщиков прорвались к кораблям. «Формидебл» получил 2 попадания 1000-фн бомбами. Бронированная полетная палуба спасла авианосец от гибели, однако он был серьезно поврежден и вечером ушел обратно в Александрию, оставив флот без истребительного прикрытия. Потери экипажа были совершенно незначительными – 11 убитых и 7 раненых. Пикирующие бомбардировщики, атаковавшие «Формидебл», входили в состав Stukageschwader 1 майора Вальтера Эннекеруса. Именно эти самолеты ранее повредили «Илластриес».
На следующий день было принято решение эвакуировать Крит.
После 10 дней упорных боев немецкие воздушные силы захватили остров и вывели из строя второй английский авианосец. Немцы потеряли 4000 человек убитыми и 2600 ранеными. Погибли 170 транспортных самолетов и большая часть планеров. Более 3000 убитых и 2000 раненых пришлись на долю парашютно-десантной дивизии и частей поддержки XI авиакорпуса. Эти потери обученного личного состава были так велики, что немцы больше никогда не высаживали воздушных десантов с подобным размахом.
Крит стал победой немцев и одновременно победой воздушной мощи над морской. Ранее все острова захватывались не иначе, как десантом с моря. Теперь Люфтваффе одолели Королевский Флот и одержали дорогостоящую, но несомненную победу. Однако больше никогда и никто не пытался высадить воздушный десант на остров, прикрываемый большими силами флота противника.
Падение Крита поставило Александрию в пределы досягаемости немецкой авиации, однако немцы так и не воспользовались этой возможностью. Для них обладание Критом не стало первым шагом наступления на Суэц и далее в Среднюю Азию. Скорее, это был заключительный аккорд кампании на Балканах. Именно балканская кампания и вторжение на Крит вынудили Гитлера перенести начало вторжения в Россию с середины мая на конец июня. Но эта задержка сломала намеченный график наступления, и немцам пришлось столкнуться с ужасной русской зимой.
Еще до окончания боев на Крите немцы начали перебрасывать авиацию с греческих аэродромов на север, готовясь к русской кампании. Х авиакорпус, ранее направивший свои самолеты в Северную Африку для поддержки войск Роммеля, теперь покинул Сицилию, чтобы участвовать в боях в Эгейском море и на востоке Средиземного моря. Мальта получила передышку от непрерывных немецких воздушных атак. Английские эсминцы, подводные лодки и морская авиация снова начали использовать остров в качестве базы, что поставило под угрозу морские коммуникации Оси, идущие из Италии в Северную Африку. С июля 1941 года с Мальты начали действовать бомбардировщики Королевских ВВС, которые проводили дневные атаки итальянских конвоев. С этого момента и до самого конца войны ни один конвой не сумел пройти, не попав под удар англичан.
Обсуждение результатов боев за Крит и ситуации в Восточном Средиземноморье заставило поднять вопрос о реорганизации системы командования. Во время операции все немецкие силы на суше, на море и в воздухе были объединены под командованием генерала Люфтваффе. Его штаб находился в Афинах, в непосредственной близости от района боевых действий.
В отличие от простой и эффективной немецкой системы командования, английская была сложной и ненадежной. Армия и ВВС на Крите имели собственных командующих, которые были подчинены соответствующему командующему родом войск на Средневосточном театре, штаб которого находился в Египте. Командующий флотом (адмирал Каннингхэм) обычно находился на корабле. Все трое командующих родами войск на этом театре сносились через свои министерства в Лондоне с Военным кабинетом и получали распоряжения оттуда. Еще больше осложняло ситуацию то, что командующий новозеландскими войсками на Крите связывался со своим правительством в Веллингтоне, когда считал необходимым, и получал приказы оттуда. Наконец премьер-министр Уинстон Черчилль часто посылал директивы командующему войсками на Крите, когда считал, что его влияние и темперамент могут оказаться полезны.
Во второй половине 1940 года и весной 1941 года Северная Африка была единственным театром, где армии союзников (английские!) сражались с войсками Оси. Поэтому особенно возросло значение проводимых через Средиземное море конвоев. Уход Х авиакорпуса из Сицилии дал возможность спасти Мальту, а спасение Мальты обеспечило конечную победу союзников в Северной Африке.
Хотя немецкие воздушные налеты на Мальту прекратились, требовалось наладить снабжение острова, чтобы поддержать силы гарнизона и гражданского населения. Требовалось также отражать воздушные налеты итальянцев и продолжать действия против вражеского судоходства в центральной части Средиземного моря. С середины января до середины мая 1941 года англичане потеряли на Мальте 32 самолета в воздухе и столько же на земле. За этот же период немцы потеряли 62 самолета, а итальянцы – 15. Без авианосцев для обеспечения воздушного прикрытия и дальней разведки Средиземноморский флот не мог проводить транспорты из Александрии на Мальту, поэтому вся тяжесть снабжения острова легла на Соединение Н.
После утомительной охоты за «Бисмарком» ему дали отдохнуть до 13 июня. В этот день «Арк Ройял» и «Викториес» под прикрытием линейного крейсера и 6 эсминцев пошли на восток. Авианосцы имели на борту 48 истребителей «Харрикейн» Королевских ВВС для Мальты. 15 июня 4 двухмоторных бомбардировщика из Гибралтара встретили авианосцы в море и повели «Харрикейны» к Мальте. 3 истребителя были потеряны во время перелета, но остальные 45 стали желанным пополнением поредевших эскадрилий.