«Хирю», последний авианосец соединения Нагумо, поврежденный накануне, тоже вот-вот должен был пойти на дно. После атаки пикирующих бомбардировщиков «Энтерпрайза» машины «Хирю» отказали, и в 21.33 авианосец остановился. Его крен увеличился до 15?, и 5 июня в 2.30 уцелевшим морякам было приказано покинуть корабль. Однако адмирал Ямагути и командир корабля капитан 1 ранга Томео Каку остались на борту гибнущего авианосца. Штаб пытался убедить Ямагути покинуть «Хирю», но адмирал, которого все называли преемником Ямамото, отказался. Перед тем как команда покинула корабль, адмирал обратился к ней с небольшой речью. Он заявил: «Как командир дивизии авианосцев я целиком и полностью отвечаю за гибель «Сорю» и «Хирю». Я решил оставаться на борту до конца. Но я приказываю всем вам покинуть корабль и продолжать вашу верную службу его величеству императору».
Командир дивизиона эсминцев, прикрывавшего авианосец, поднялся на борт гибнущего корабля, чтобы убедить двух офицеров покинуть «Хирю». Однако он вернулся на свой флагманский эсминец один. В 5.05 он приказал двум эсминцам потопить «Хирю» торпедами. Приказ был выполнен. Раздались несколько взрывов, корабль вздрогнул от удара, но пока не тонул. Наконец в 8.20 «Хирю» ушел под воду, унося с собой 416 человек, двое из которых были привязаны на мостике.
Приказ оставить «Хирю» не дошел до машинного отделения. В течение ночи температура там значительно повысилась, так как на палубе наверху бушевал пожар, но с мостика не поступало никаких приказов. Время от времени механики лили воду на потолок, чтобы снизить температуру. Когда люди в машинных отделениях № 1 и № 4 начали терять сознание, уцелевшие собрались в отделении № 2. Никто ничего не знал о судьбе механиков отделения № 3. Рано утром 5 июня 67 человек сумели пробиться на полетную палубу авианосца. Так как «Хирю» начал тонуть, 39 человек нагрузили водой и пивом спасательный вельбот и спустили его на воду. Вместо паруса они подняли одеяло и отправились в плавание, надеясь добраться до Уэйка или Маршалловых островов.
Их одиссея закончилась через 2 недели. 4 человека умерли, прежде чем вельбот был замечен американской базой гидросамолетов «Баллард». Один из японцев скончался на борту «Балларда», но 4 офицера и 30 матросов машинной команды «Хирю» были спасены.
Пятый авианосец был потоплен уже после боя. Получив приказ капитана 1 ранга Букмастера, экипаж покинул «Йорктаун», однако авианосец не только не перевернулся, а почти выровнялся без помощи людей. После эвакуации команды крейсера и эсминцы бросили авианосец и пошли на восток, подальше от японцев. В 18.00 адмирал Флетчер отправил один эсминец, чтобы тот держался рядом с «Йорктауном» и потопил авианосец, если его попытаются захватить японцы. Утром 5 июня командир эсминца радировал в Пирл-Харбор, что, по его мнению, корабль еще можно спасти. Потом наблюдатели эсминца заметили пули, вспенивающие воду между двумя кораблями, а затем и человека, машущего им с палубы авианосца. Оказалось, что на «Йорктауне» остались двое раненых, брошенных умирать в лазарете. Один – который скончался вскоре после спасения – сумел выползти наверх и открыл огонь из пулемета, чтобы привлечь к себе внимание. Адмирал Нимиц, внимательно следивший за ходом боя, приказал еще одному эсминцу, буксиру и тральщику идти на помощь авианосцу. Если бы имелся большой буксир или крейсер, который смог бы буксировать «Йорктаун», тот несомненно был бы спасен. Однако 5 июня прибыл только маленький тральщик «Вирео». В 14.26 с него на авианосец завели буксирный трос, но тральщик смог лишь развернуть авианосец против встречного восточного ветра. 2 эсминца, прибывшие чуть позднее, высадили на авианосец аварийную партию, которая расклепала якорные цепи, чтобы облегчить корабль. Тем временем, в 150 милях от собственного корабля капитан 1 ранга Букмастер сформировал на борту эсминца «Хамманн» спасательную партию из 29 офицеров и 141 матроса. «Хамманн» и еще 2 эсминца помчались навстречу еле ползущему «Йорктауну». 6 июня в 14.00 они нашли авианосец. Вскоре прибыл еще один эсминец, и теперь «Йорктаун» прикрывали в общей сложности 6 эсминцев.
Капитан 1 ранга Букмастер и его люди, вернувшиеся на корабль, потушили единственный еще горящий пожар и начали контрзатопление, чтобы выровнять крен. Они сбрасывали в воду самолеты и оборудование, чтобы облегчить корабль. «Хамманн» стоял у борта «Йорктауна», обеспечивая подачу электроэнергии, а остальные эсминцы кружили вокруг авианосца, прикрывая его от атак подводных лодок. Казалось, «Йорктаун» все-таки будет спасен.
Помешали этому адмирал Ямамото и вице-адмирал Нагумо. Покинув горящий «Акаги», Нагумо перенес флаг на легкий крейсер. Вечером 5 июня он приказал гидросамолету крейсера произвести разведку в западном секторе. Самолет сообщил, что «Йорктаун» брошен командой и дрейфует. Получив это донесение, адмирал Ямамото направил подводную лодку I-168 добить авианосец. I-168 была одной из подводных лодок дозора, развернутого слишком поздно, чтобы принять участие в бою. Лодка успешно проникла внутрь завесы эсминцев вокруг «Йорктауна», приблизилась к нему на расстояние 600 ярдов и описала круг вокруг авианосца. 6 июня в 13.30 подводная лока выпустила 4 торпеды. Одна прошла мимо. Две проскочили под килем «Хамманна» и попали в авианосец, четвертая попала в эсминец. Взрывом торпеды «Хамманн» переломило пополам, и через 4 минуты он затонул. Из 241 человека экипажа погиб 81, а еще несколько моряков скончались позднее от ран.
3 эсминца бросились за I-168, а 2 начали поднимать из воды моряков «Хамманна». Командир подводной лодки капитан-лейтенант Яхати Танабэ легко ушел от преследователей, и I-168 осталась цела. «Вирео» отдал буксирный трос и снял спасательную партию с авианосца.
«Йорктаун» упрямо держался на плаву, и капитан 1 ранга Букмастер собирался на следующее утро возобновить спасательные работы. Однако ночью крен авианосца начал быстро увеличиваться. 7 июня в 6.00 «Йорктаун» затонул. Присутствовавшие при этом эсминцы приспустили флаги.
Post mortem
Когда все 4 японских авианосца вышли из строя, адмирал Ямамото, находившийся со своим соединением дальше к западу, приказал всем крейсерам и линкорам приготовиться к ночному бою с американскими кораблями. Он все еще имел больше артиллерийских кораблей, чем американцы. У Ямамото также имелись 2 легких авианосца – с его собственным соединением и Соединением вторжения вице-адмирала Кондо. Однако 5 июня в 2.55, опасаясь сокрушительных атак американских самолетов, Ямамото скомандовал общее отступление. За несколько минут до этого он отменил приказ 4 крейсерам и 2 эсминцам Соединения вторжения обстрелять Мидуэй. (Единственным японским кораблем, который обстрелял Мидуэй ночью 5/6 июня, была подводная лодка I-168, которая выпустила по острову целых 6 снарядов из палубного орудия.) Когда крейсера и эсминцы уходили от острова, был замечен перископ американской подводной лодки. Командир отряда приказал немедленно изменить курс, однако один из крейсеров не разобрал сигнал и врезался в другой крейсер. 2 поврежденных крейсера в сопровождении 2 эсминцев медленно потащились прочь. 2 других крейсера дали полный ход и тотчас скрылись.
Еще до того как занялся рассвет 5 июня, с Мидуэя на поиски японских кораблей были подняты в воздух все исправные летающие лодки PBY «Каталина». Следом за ними взлетели 12 бомбардировщиков ВВС В-17 «Летающая Крепость», чтобы атаковать обнаруженные цели. Одна из «Каталин» заметила поврежденные крейсера, и «Крепостям» было приказано атаковать их. Однако В-17 не нашли противника и вернулись на Мидуэй. При этом 2 «Крепости» были вынуждены сесть на воду из-за нехватки бензина. Это были единственные В-17, потерянные за весь бой. Затем с Мидуэя взлетели 6 «Доунтлессов» и 6 «Виндикейторов» морской пехоты, чтобы атаковать те же самые крейсера. В 8.05 они обнаружили японские корабли. Зенитный огонь был таким плотным, что ни одна из бомб в цель не попала. Однако один SB2U был подбит зенитным огнем и врезался в крейсер.
