После смерти Завоевателя Джем немедленно взялся за оружие и заявил свои претензии на трон, к чему благосклонно относился его отец. Однако престолонаследие у османов во все большей мере начинало зависеть от власти янычар, и они предпочли Баязида как более выражающего традиции гази. Пользуясь определенной официальной и народной поддержкой, янычары резко выступили против последнего великого визиря Завоевателя, Караманлы Мехмеда-паши, и его политики. Джем, который поддерживал его, был губернатором Карамана со столицей в Конье, лишь наполовину дальше отстоящей от Стамбула, чем Амасья, где губернатором был Баязид. Но Баязид при поддержке оппозиции умудрился первым достичь столицы.
Здесь он обещал янычарам требуемые ими подарки и уступки и тем самым гарантировал свое восхождение на трон.
Янычары, ожидая прибытия Баязида, тем временем установили над столицей свой контроль. Здесь, тайно сговорившись во дворце с некоторыми чиновниками, они умертвили великого визиря, пронеся затем на копье его голову по улицам города. Затем они перехватили и посадили на колья эмиссаров, которых визирь направил к Джему. В благодарность Баязид дал обещание отказаться от непопулярной практики его отца проводить девальвации и вернуть земли, которые тот забрал под наделы их частным владельцам и религиозным учреждениям. В общем, Баязид был склонен пересмотреть политику своего отца и вернуться к политике, проводившейся его дедом Мурадом II.
Однако Джем был боец и не хотел сдаваться. Подняв восстание против Баязида, при поддержке войска из Карамана, также тюркских племен Тавра, он захватил Бурсу, где провозгласил себя султаном. В Бурсе Джем отчеканил собственные деньги, заставил читать публичную молитву в свою честь и правил восемнадцать дней. Он предложил своему брату разделить империю между ними, причем Баязид правил бы в Европе, а Джем – в Азии. Но войска Баязида выступили против Джема под командованием Гедика Ахмеда-паши, лучшего из командиров янычар, который ради этой цели отменил возобновление своей кампании против Италии из Албании.
Он нанес поражение Джему в двух последовательных кампаниях, каждый раз упуская возможность взять его в плен, но заставив удалиться в изгнание. Сначала Джем бежал с турецкой территории на территорию мамлюков, через Алеппо и Дамаск и из Иерусалима в Каир, где его гостеприимно встретил и оказал покровительство Каитбай, мамлюкский султан Египта. Затем Джем совершил паломничество к святым местам Мекки и Медины. Вернувшись с помощью своего покровителя в Анатолию, он вновь собрал вокруг себя своих сторонников в Карамане, но был вновь разбит, когда армия бросила его перед Ангорой, и он бежал в Киликию.
Баязид, взяв примирительный тон, предложил Джему значительные по своим размерам доходы государства Караман, которыми управлял как губернатор, если брат добровольно удалится в Иерусалим. «Империя, – настаивал Баязид, – это невеста, которая не может быть поделена между соперниками». Но на этот раз Джем предпочел искать покровительства у рыцарей ордена святого Иоанна в Иерусалиме и рыцарей-госпитальеров на Родосе, где он был принят с императорскими почестями его великим магистром д’Обюссоном. Позднее был подписан договор, согласно которому Баязид выплачивал рыцарям ордена ежегодную стипендию в сорок тысяч золотых монет, выделяемую столь долго, сколько его брат будет находиться под их опекой.
Хотя Джем в первый момент не полностью осознал это, забота рыцарей о нем по существу была политической по своим мотивам. В руках христианского мира он был драгоценным заложником против османской агрессии. Его покровители, сначала во Франции, а затем в Ватикане и Риме, были на самом деле его тюремщиками, выжидающими подходящий момент, чтобы спустить этого «брата турка» с цепи на своего, теперь уже страшного общего врага. Он объявился, чтобы быть использованным в качестве залога в дипломатических интригах соперничавших христианских правителей. В конце концов он внезапно скончался в Неаполе, возможно, будучи отравленным – во что многие не без основания верили – папой Борджиа назло королю франков и с молчаливого согласия своего собственного брата, султана, который в конце концов мог сослаться на закон о братоубийстве как на легальное основание любого подобного преступления.
При всех своих миролюбивых намерениях Баязид, как до, так и после смерти Джема, был неумолимо вовлекаем в маневры европейской дипломатии. В практику европейских государств вошло использовать друг против друга в Италии угрозу поддержки со стороны турок. Османская империя была теперь фактором, с которым нужно было считаться не только на суше, но и на Средиземном море. Баязид, исполненный решимости положить конец всем авантюрам крестоносцев, продолжал наращивать турецкий флот, как это первым начал делать его отец. Баязид стремился с помощью программы массового строительства кораблей достичь господства своего флота на Средиземном море. Он решил возобновить войну с Венецией, когда его наземные и морские силы последовательно овладели Лепанто, Модоном, Короном и Наварино в Греции. Баязид предложил помощь Милану и Неаполю, от монарха которых он надеялся добиться уступки Отранто. Но пока Баязид не решился пересечь Адриатику, ибо Венеция могла рассчитывать на военно-морскую поддержку французов, испанцев и португальцев.
В 1503 году между султаном, венецианцами и этими различными союзниками был подписан мирный договор, который главным образом подтвердил существующий статус-кво. Но война снизила морскую мощь Венеции к выгоде турецкого флота, который после того стал осуществлять активные рейды не только на восточные, но и на западные берега Средиземноморья. Здесь их приветствовали как «морских гази» мусульмане Испании и Северной Африки. В то же самое время Баязид в больших масштабах поощрял торговую и экономическую экспансию своей империи, выгодно торгуя с купцами итальянских государств и поощряя иммиграцию в свои владения новых групп евреев, которых в конце XV века изгоняли из Испании.
В этот промежуток времени у турок возникли проблемы в Азии с тюркскими кочевниками, теми самыми беспокойными соплеменниками, которые с незапамятных времен скитались по пограничным областям Анатолии и которые теперь, благодаря подстрекательству из-за сирийской и персидской границ, находились в состоянии нарастающего мятежа против центральной власти. В ходе шести последовательных ежегодных военных операций турки сражались за господство над ними против сил мамлюкского султана в Сирии, и мирное соглашение было в конце концов достигнуто только ценой пограничных уступок мамлюкам со стороны турок.
Недовольство тюрок возникло из-за введения по мере развития империи власти централизованной администрации, которая стремилась установить над ними контроль и обложить их налогом, ограничивая их предшествующую племенную автономию и защищая оседлое сельскохозяйственное население от их разрушительных набегов. Носившие красные шапки, известные с тех пор как кызылбаши, или «красноголовые», они были религиозными еретиками. Их интеллектуальным и политическим вдохновителем был Исмаил, новый правитель, который провозгласил себя шахом Персии в 1502 году. Унаследовав амбиции Узун Хасана и племенные связи, Исмаил последовал его примеру, ища союза с Венецией, и сам возглавлял набеги на турецкую территорию. Тем временем мятежные силы кызылбашей, действуя от его имени, стали проникать в Анатолию настолько далеко, что дошли до стен Бурсы, где великий визирь Баязида Али-паша погиб в сражении. Исмаил утверждал, что он является прямым потомком пророка по линии зятя Мухаммеда Али, и провозгласил официальной религией государства шиизм – ответвление ислама, на котором основывалась законность претензий Али на халифат и к которому (с его мистическими и интуитивными характеристиками) народ Персии был особенно привязан. Суннитский же ислам, который поддерживал претензии рода Омейядов и был господствующей верой исламского общества, стал с тех пор известен как «ортодоксальный».
