Отступление союзников из Норвегии в первую неделю июня 1940 года, вкупе с продвижением немцев в Европе, оказало существенное влияние на подводную войну и фактически на весь ход войны. Британия была вынуждена вывести из Норвегии 36 000 солдат союзников. 338 226 солдат Британских экспедиционных сил были эвакуированы из Дюнкерка при героической поддержке с моря. Военная машина нацистов набирала обороты, и премьер-маршал Франции Анри Пэтэн попросил Гитлера о перемирии, чтобы спасти Францию от блицкрига, который уже сокрушил Нидерланды. По условиям оккупации нацисты получили контроль над большей частью береговой линии Франции, а Пэтэн сделал столицей городок Виши оккупированном юго-востоке.
Когда Уинстон Черчилль стал премьер-министром, он предупредил, что Битва за Британию вот-вот начнется. Официально она началась 8 августа, и Королевские ВВС отлично сражались на передовой. Битва за Британию дорого обошлась и подводному флоту. Операции минных заградителей и дозоров на севере простирались вплоть до важного и хорошо защищенного норвежского порта Тронхейм. Весь путь проходил в глубинах Северного моря, от восточного побережья Британских островов, через Английский канал; вскоре они перенесли свои действия на французское побережье и порты Бискайского залива. Еще более долгие патрули были необходимы для того, чтобы своевременно заметить признаки готовящегося вторжения, в то же время нужно было проводить эффективные атаки на вражеский флот.
Кроме того, в защите нуждались идущие из Северной Америки корабли со снабжением, а также британские колониальные государства. Эта задача легла в основном на надводные эскорты, но участие подводного флота также было значительном. Уже испытывавшие недостаток и в личном составе, и в лодках, британские подводные флотилии продолжали нести тяжелые потери уже за месяц до начала Битвы за Британию, когда возможность вторжения немцев еще только казалась вероятной. Лодки, которые продолжали действовать у берегов Норвегии, были особенно уязвимы из-за долгого светового дня, что сокращало возможности для зарядки батарей, возвращения на поверхность или отдыха после атак. По этим причинам, а также из-за увеличения численности немецких подводных лодок, противолодочных морских судов и нападений с воздуха Макс Хортон был вынужден отдать приказ о временном отступлении патрулей из опасных зон у берегов Норвегии, таких как Тронхейм.
Тем не менее он настойчиво продолжал посылать свои корабли на выполнение тайных и специальных операций, таких как высадки агентов, диверсантов, организаторов сопротивления, или для перевозки снаряжения. Например, 4 июля «Си-вульф», под командованием лейтенант-коммандера Стадхольма, высадила на остров Уллерс норвежских морских офицеров для ведения разведки. Через пять дней лодка вернулась, чтобы забрать разведчиков. Впоследствии проводилось множество подобных операций — и не только на побережье Норвегии, а практически на каждом из театров военных действий. Как мы узнаем из отчетов командиров, субмарины использовались для доставки на занятые врагом территории агентов, диверсантов и членов недавно сформированных частей, таких как Специальная Лодочная Служба, САС, и исполнителей специальных операций, а равно и представителей общей разведки. Наконец, подбирали буквально десятки людей, спасавшихся на самых разных суденышках из оккупированных немцами стран. Без помощи британских подводников беженцы никогда не смогли бы пересечь суровые воды Северного моря.
Риск был велик, и с ходом войны он только увеличивался; подобное использование подводных лодок становилось все более частым. По необходимости капитанам субмарин приходилось подходить к берегу порой на опасно близкое расстояние, нередко в пределах досягаемости береговых батарей. Казалось бы, простая задача высадки диверсантов в байдарки, на которых те должны были добираться до берега, например, была связана с необходимостью четверть часа или еще дольше оставаться на поверхности в кишащих немецкими подлодками водах, под огнем надводных кораблей или в зоне частых рейдов противолодочных самолетов. Именно эта составляющая немецкой обороны теперь начинала чинить серьезные препятствия подводному флоту Британии. Несколько лодок одна за другой в июле того же 1940 года затонули или были затоплены своими командами из-за разрушений, причиненных новым оружием — глубинными бомбами, которые сбрасывались с самолетов.
5 июля капитан-лейтенант Питер Бакли на лодке «Шарк», стоявшей на поверхности у восточных подходов к проливу Скагеррак, был неприятно удивлен появлением противолодочного самолета. Он скомандовал экстренное погружение, но слишком поздно, чтобы успешно уклониться от атаки глубинными бомбами. Потоки пулеметного огня обрушились на нос лодки во время ее погружения; лодка едва достигла глубины в 6 метров, когда ее настигла первая бомба, за которой последовали еще четыре или пять. Бакли ушел на такую глубину, на какую только отважился, но повреждения были значительными, и лодка накренилась под углом в 35 градусов. Командир приказал офицерам доложить обстановку, и вскоре стало ясно, что у «Шарк» серьезные затруднения и что придется всплывать. Гирокомпас пришел в неисправность, руль не работа, в кормовую часть поступает вода не действовал гребной электромотор правого борта.
Неконтролируемое погружение продолжалось, и Бакли пришлось использовать остававшийся воздух высокого давления в попытке вернуть «Шарк» на поверхность. Другой возможности спастись не было. Секретные карты и шифровальные книги были подготовлены к уничтожению, а оружие — 3-дюймовая пушка и пулемет Льюиса на мостике — к бою, и все винтовки были розданы команде. Бакли вывел лодку на поверхность под невероятным углом, и места у орудий были заняты немедленно. Очень скоро лодку заметили, и бомбардировка возобновилась. Первая атака была произведена с небольшой высоты; бомбы разорвались справа у кормы, отчего двух человек смыло за борт. Бакли и его команда не сдавались. Они ответили огнем, направляя орудия на нападавшие самолеты до тех пор, пока все члены команды «Шарк», за исключением трех человек, не были ранены. Сам Бакли был тяжело ранен, но продолжал игнорировать предложения сдаться, подаваемые световыми сигналами с одного из гидросамолетов. Над лодкой одновременно кружило около десятка немецких самолетов. Наконец, после долгих пяти часов боя Бакли приказал уцелевшим членам своей команды оставить корабль. В своем последнем рапорте он объяснил, что именно появление четырех Me 109 сделало для команды продолжение боя невозможным:
«Они продолжали обстреливать мостик продольным огнем из пулеметов и пушек. Огонь был опустошительным, и мне казалось очевидным, что наш конец близок, хотя каждый держался на своем посту с потрясающей стойкостью до тех пор, пока не был ранен или убит. Имея много убитых и раненых, я принял тяжелое решение сдаться. Почти всеми нашими жертвами мы были обязаны налету "Mecceршмидтов", и под конец мостик был завален залитыми кровью ранеными вперемешку со стреляными гильзами.
Когда мы остановились минут на 30, один из небольших гидросамолетов сел у нас за кормой. Двое летчиков с него поднялись на борт. Вскоре после этого их самолет отнесло течением, он перевернулся и затонул. Они объяснили, что повредили самолет об одну из лопастей нашего винта во время посадки, но я думаю, что это произошло, вероятно, из-за того, что они плохо сели, но не желали этого признать. Летчик очень нервничал и не хотел снять палец с курка своего “люгера”».
