Гистон – белок, который упаковывает ДНК в эукариотических клетках; основные белки хроматина, осуществляющие конденсацию ДНК; формируют хроматин; их ацетилирование играет роль в эпигенетической регуляции генов.
ГМО – генетически модифицированный организм, на который распространяется законодательство, регулирующее технологии рекомбинантных ДНК. Сельхозкультуры, используемые в производстве пищевых продуктов должны соответствовать жестким регуляторным нормам.
Гнотобиотические мыши – мыши с неестественной микробиотой кишечника, которых используются как модель в исследованиях и выращиваются в стерильных условиях. Этим лабораторным мышам прививают инородную фекальную микробиоту или определенные виды бактерий и используют в исследованиях функций микробиома.
Горизонтальный перенос генов (ГПГ или HGT) или латеральный перенос генов (ЛПГ или LGT). Важная роль вирусов или фагов в переносе генов из одной клетки или организма в другую/другой. Любой геном состоит из генов других видов организмов, которые приобретаются за счет ГПГ.
Дисбиос – дисбаланс микроорганизмов в кишечнике вследствие заболевания.
ДНК – первичный генетический материал в большинстве организмов, состоящий из дезоксирибонуклеотидов, в большинстве случаев, двухцепочечные, известные как двойная цепочка, характеризуются стабильностью; некоторые вирусы содержат одноцепочечные ДНК или РНК в качестве первичного генетического материала.
Домен PDZ – белковый модуль, выявленный в некоторых опухолевых супрессорах, который связывается с гидрофобным концом аминокислотных фрагментов; такой PDZ-связывающий фрагмент есть у Src, и, если он мутирует, Src теряет контакты с белками, имеющими домен PDZ, и клетка становится метастатической. Аббревиатура PDZ: P для PSD95 (постсинаптическая плотность), D – для крупных дисков у дрозофил и Z для замыкающих контактов – все эти три белка являются супрессорами опухоли.
ЕС – Европейский союз, рамочные программы которого направлены на поддержку мультицентровых научно-исследовательских программ.
Зооноз, зоонозы – вирусы, передаваемые от животных человеку; это наиболее частый источник вирусов, негативно влияющих на человека; зачастую вирусы являются возбудителями заболеваний у человека, но не у животного-«хозяина»; в процессе коэволюции вирус может утрачивать свою болезнетворность. Так, зоонозно передались человеку от животных ВИЧ, вирус гриппа, Эболы, коронавирус атипичной пневмонии (SARS) и т.д. Некоторые из этих вирусов могут передаваться от человека человеку, что повышает риск инфицирования.
Иммунная система – защита клеток и организма от внедрения патогенов; в мире РНК она включает сайленсерные или siРНК; в мире ДНК включает рестрикционные эндонуклеазы CRISPR/Cas9; в мире белков – интерферон и IgG (иммуноглобулины); все иммунные системы используют РНКаза-подобные молекулярные «ножницы», подвижные (транспозируемые) элементы с их ферментами играют важную роль в создании и диверсификации иммуноглобулинов (антител).
Институт бактериофага им. Элиава
[23] – институт микробиологии и вирусологии (Тбилиси), основанный в 1930 г. Феликсом Д’Эрелем и Георгием Элиава, деятельность которого была направлена на фаготерапию. Институт функционирует и в настоящее время, повышая значение фаготерапии, особенно в лечении диабетической стопы.
Интрон – слово, образованное из словосочетания «интрагенные участки», которое обозначает промежуточные участки между экзонами; гены состоят из экзонов и интронов; интроны являются не белок-кодирующими, отсутствуют в вирусах; только экзоны обусловливают образование белков; РНК-транскрипты генов процессируются путем сплайсинга, который приводит к удалению интронов, в силу чего появляется большое количество комбинаций экзонов, которые очень распространены в организме человека, обеспечивая в высшей степени выраженную комбинаторную сложность. Специальные группы – это самосплайсирующиеся интроны, удаляемые самокатализирующимися рибозимами; имеют большое число шпилько-петлеобразных структур у грибов, растений, простейших и бактерий; возможно, эволюционно они родственны сплайсосомам.
Интроны группы II – крупные каталитические самосплайсирующиеся РНК и мобильные ретроэлементы, которые кодируют обратную транскриптазу, интрон-кодируемый белок, колонизируют геномы бактерий и органелл (митохондрии и хлоропласты), являются предшественниками обратной транскриптазы.
Каталитическая активность. Белки с каталитической активностью относятся к ферментам; РНК с каталитической активностью – к рибозимам и часто к вироидам; и те, и другие ускоряют химические реакции, могут быть использованы повторно.
«Катастрофа ошибок» – слишком высокая частота ошибок в популяции реплицирующихся молекул (например, частота мутаций РНК молекул), которая имеет пагубные последствия. Кроме того, это явление может рассматриваться как предложенная Манфредом Эйгеном терапия, предусматривающая создание условий, при которых число ошибок при репликации вирусов оказывается слишком большим и приводит к их гибели.
Клеточный цикл – время существования клетки, включающее в себя дупликацию генома или синтез ДНК (S-фазу), рост и деление (митоз или M-фазу).
Кодон – триплет, состоящий из трех нуклеотидов, кодирующих одну аминокислоту; триплетов больше, чем аминокислот («принцип избыточности»); «кодирующая ДНК или РНК» означает, что с них может осуществляться трансляция в белок, а с некодирующих ДНК/РНК – не может.
Колд-Спринг-Харбор (Cold Spring Harbor) – лаборатория, издательство и место проведения конференций; находится недалеко от Нью-Йорка; на базе данной лаборатории проводятся симпозиумы по количественной биологии.
Ламарктизм – наследование приобретенных качеств, заявленное ботаником и философом Жаном Батистом Ламарком.
ЛБ – лимфома Буркитта. Также см. ВЭБ (EBV)
Литическая фаза – разрушение бактерии-хозяина фагом, который лизирует бактерию-хозяина в силу стресса и других факторов среды, вызывает дерепрессию и продуцирует большое количество потомков – вирусных частиц. Противоположностью разрушению является «лизогенная фаза», при которой фаговая ДНК интегрируется, становясь постоянной или устойчивой.
Метагеном – сумма всех геномов организма, любого образца, экосистемы, канализационных стоков, фекалий, легких и т.д.
Метастаз – опухолевая клетка, выходящая за пределы клеточной массы опухоли и размещающаяся на других участках организма; рост переместившихся клеток приводит к развитию опухоли в других локациях; поздняя стадия рака.
Механизм сайленсинга siРНК. Малая регуляторная или сайленсорная РНК возникает из информационной мРНК или вирусных двухцепочечных РНК-интермедиатов путем процессинга и расщепления при помощи фермента Drosha (молекулярных «ножниц»); она экспортируются из ядер, далее подвергается обработке при помощи RISC, и получается двухспиральная цепочка примерно из 22 нуклеотидов, затем происходит удаление одной цепочки РНК, а другая связывается в РНК-мишени с соответствующей последовательностью, расщепляет ее и таким образом прекращает трансляцию и экспрессию белка, обуславливая сайленсинг или полное выключение какого-либо гена. Известны два эффекта сайленсинга – во-первых, транскрипционный сайленсинг гена (ТСГ), действующий на промотор путем РНК-индуцированного метилирования, а во-вторых, посттранскрипционный сайленсинг гена (ПТСГ), при котором происходит связывание siРНК с транскрибированной мРНК гена и ее расщепление, что приводит к сайленсингу генной экспрессии и прекращению трансляции.
