В 1594–1597 годах иезуиты и францисканцы плели серьезные интриги друг против друга, вовлекая в них и придворных Хидэёси. Речь шла прежде всего о привилегиях проповедования в новых провинциях в центре и на востоке страны и о том, чтобы одновременно настроить против своих соперников Хидэёси и его окружение. При этом испанские священники совершили грубейшую ошибку – они попытались говорить с японцами с позиции силы, чего никогда не позволяли себе их более прозорливые португальские коллеги, которые, в конце концов, были представителями совсем маленькой страны-метрополии, хоть и владевшей огромной империей. В полном соответствии с довольно распространенными взглядами на всех азиатов как на варваров, уважающих лишь силу и признающими лишь страх, испанские миссионеры в порыве полемики пригрозили японским придворным тем, что могучая испанская армия и флот с Филиппин могут начать вторжение в Японию, причем испанцев поддержат местные христиане-японцы. Осуществления подобных планов и боялись самые дальновидные японские политики, в том числе и сам Хидэёси. Они явно занимались сбором информации, пытаясь (в том числе и с помощью посольств) узнать, насколько их страхи перед чужеземцами, которые, владея смертоносным оружием, могут подвергнуть японцев участи жителей Филиппин (с которыми японцы поддерживали определенные торговые связи), имеют под собой почву.
Конечно, данные разведки не могли быть точными, на их восприятие сильно влияли личные симпатии или антипатии людей из окружения стареющего диктатора (в том числе фанатичных буддистов – врагов христианства, таких как лечащий врач Хидэёси Сякуин Дзэнсо или знаменитый полководец Като Киёмаса), и, вероятнее всего, испанские угрозы были блефом. Япония тех лет – не Филиппины, не Мексика и не Перу, и крайне сложно представить себе какого-нибудь нового Кортеса или Писарро во главе нескольких сотен или даже нескольких тысяч солдат (а больше Испания, занятая постоянными войнами в Европе, не могла бы выделить для гипотетической рискованной дальневосточной экспедиции), завоевывающего страну с населением большим, чем население самой Испании, на защиту которой могли встать сотни тысяч воинов-самураев, знакомых со всеми основными европейскими военными новинками. Однако Хидэёси не мог знать этого наверняка и решил перестраховаться. В конце концов, его сильно разозлил и донос, в котором сообщалось о пьяном португальском моряке, кричавшем с борта корабля об адских муках, ожидающих Хидэёси (уже серьезно болевшего) после смерти, если он не сделает христианство единственной религией в Японии.
Как бы то ни было, Хидэёси в начале января 1597 года в бешенстве приказал запретить исповедание христианства в стране, а также под страхом смерти изгнать миссионеров и прекратить всяческую деятельность иностранных миссий в Японии.
Церкви подлежали уничтожению повсеместно, даймё под страхом казни запрещалось укрывать священников – на сей раз, в отличие от событий десятилетней давности, поблажек не планировалось. В том, что правитель намерен образцово покарать непокорных его воле, вскоре убедились как проповедники, так и жители городов и сел Японии, в том числе главного оплота католицизма – Нагасаки. Даймё-буддисты, дождавшиеся реванша, с радостью разрушали христианские храмы, в том числе в Киото (хотя падре Органтино – единственному – позволили легально остаться в стране), некоторые даймё-христиане начали отрекаться от своей веры или заколебались, их подданным запретили креститься. Репрессивная машина заработала на полную мощность. Было казнено около 80 миссионеров (около половины всех, находившихсях в стране в то время) и немалое число новообращенных японцев. Венцом отвратительной серии доносов, сведения счетов и запугиваний стала печально известная жестокая казнь шести испанских францисканцев, трех португальских иезуитов и 17 японских католиков, схваченных в Киото. Их зверски изуродовали и провезли для устрашения далеко на юг, через города Осака, Хёго, Окаяма и Симоносэки, подвергая пыткам и издевательствам, до Нагасаки, где они были распяты на крестах 5 февраля 1597 года на одной из площадей города. Нагасаки был избран местом показательной расправы именно потому, что воспринимался многими как настоящее «гнездо христианства». Впервые крест – давно известный в Японии символ – стал орудием казни, которым он был на Западе. По легендам, ходившим в среде новообращенных японцев, казненных запрещалось хоронить в течение 80 дней, но все это время тела не разлагались и «походили на спящих ангелов». Впоследствии площадь в Нагасаки, где были казнены 26 христиан, обросла легендами о чудесах, стала местом тайного паломничества японских христиан. Здесь в промежутке между гонениями в начале XVII века даже был сооружен памятный крест, обсаженный деревьями. Сегодня на этом месте находится один из парков многострадального города, ставшего мишенью атомного оружия.
Впрочем, репрессии и на этот раз длились недолго – 18 сентября 1598 года старый, сломленный неудачами своей авантюрной Корейской кампании и, как поговаривали, совсем утративший адекватное восприятие реальности Хидэёси умер, передав власть пятилетнему сыну Хидэёри и регентскому совету из пяти великих даймё – Укита Хидэиэ, Маэда Тосииэ, Мори Тэрумото, Уэсуги Кагэкацу и Токугава Иэясу. Не меньшую роль в это время играли два выдвиженца Хидэёси – Кониси Юкинага и Исида Мицунари, главный враг будущего сёгуна Иэясу. Что интересно – трое из регентов принадлежали к принявшим христианство фамилиям (Укита, Маэда и Мори), хотя и были не из числа самых стойких приверженцев новой веры. Зато таковым точно можно считать Кониси Юкинага, ветерана Корейской кампании, которому прочили великое будущее, в отличие от интригана и не блиставшего на поле боя мастера чайной церемонии Исида Мицунари. По иронии судьбы, Мицукари стал главным военачальником так называемой Западной армии, выступившей под знаменами защиты прав малолетнего Хидэёри против посягательств со стороны самого могущественного из даймё – Токугава Иэясу, собравшего под знамена своей, Восточной, армии также многих известных князей, в том числе и некоторых христиан из родов Курода и Хосокава (именно в ходе этого конфликта погибла упомянутая выше Грация Хосокава). В последовавшей за этим междоусобной войне, завершившейся грандиозной битвой при Сэкигахара 21 октября 1600 года, христианские лозунги не играли заметной роли, хотя обращает на себя внимание значительный перевес в количестве даймё-христиан в стане Западной армии, потерпевшей поражение в результате отсутствия единства в ее рядах и открытого предательства. Между прочим, впервые (но не в последний раз) в истории Японии христианство стало ассоциироваться с делом проигравшей стороны, что обеспечивало ему не только негативное отношение со стороны победителей, но вместе с этим и определенное сочувствие (называемое специфическим японским термином хоганбиики – сочувствие к проигравшему, продиктованное искренностью его помыслов и намерений) – со стороны простых японцев. Впрочем, до окончательной социальной маргинализации христианства и превращения учения Христа в символ отчаянного сопротивления правящему режиму еще оставалось немало лет, и первый сёгун из новой династии Токугава, Иэясу, провозглашенный полноправным правителем Японии в 1603 году, в начале своего правления фактически не применял антихристианские законы Хидэёси (не отменяя их официально), желая заручиться поддержкой всего населения, в том числе и христианского, населявшего остров Кюсю и западную часть Хонсю. При дворе нового сёгуна снова появились португальские и испанские проповедники, причем произошло это, похоже, еще в период борьбы с Западной коалицией князей. Вообще, складывается впечатление, что во время нового витка нестабильности и междоусобиц христианская миссия в определенной степени вернула утраченные в последние годы правления Хидэёси позиции. Этому могла способствовать как симпатия простых японцев, не видевших конца и края раздорам и прислушивавшихся к проповедям чужеземцев, обещавших спасение, так и позиция противоборствующих сторон в гражданской войне, заинтересованных в торговле с «южными варварами».