В декабре 1637 года восстание в селах Симабара и островов Амакуса началось, причем во многом преждевременно – планы заговорщиков выдал предатель. Власти арестовали всю родню Сиро Амакуса, кроме его самого и его отца (впоследствии сёгунская администрация безуспешно пыталась шантажировать этим лидеров восстания, а после его подавления все родные и близкие Сиро были казнены). Сложно сказать, насколько серьезными могли быть надежды восставших на помощь иноземцев, – скорее всего, тут мы имеем дело с пропагандой властей. Повторяем – ни один падре или какой-либо другой «южный варвар» участия в восстании в Симабара не принимал.
Число восставших в декабре 1637 года крестьян составило около половины населения Симабара – примерно 40 тысяч человек. После некоторого первоначального успеха, когда ведомые ронинами крестьяне сумели расправиться с ненавистными управляющими поместий и даже разбить несколько самурайских отрядов, они создали свою военную организацию с главнокомандующим Амакуса Сиро, начальником штаба, капитанами и т. д. Не сумев взять Симабара и Нагасаки и понимая, что присоединения горожан к восстанию ждать не доводится, повстанцы покинули острова Амакуса и укрепились в старом заброшенном замке Хара на юге полуострова Симабара. Сюда собрались, по разным данным, от 20 до 50 тысяч человек, из них до 12 тысяч мужчин, способных носить оружие. Среди них было совсем немного самураев-ронинов – по подсчетам А. Морриса, до 200. Скорее всего, это были бывшие самураи князей-христиан, погибших в боях с сёгунатом в предшествующие годы, сторонники Кониси, Хидэёри и т. д.
Повстанцы явно декларировали христианский характер восстания – в конце концов, они впервые за долгое время могли открыто и гордо исповедовать избранную ими религию. Заново укрепленный замок Хара был весь увешан крестами, распятиями, образами святых и белыми знаменами с христианской символикой. Фактически крест стал опознавательным знаком повстанцев – все лодки, перевозившие припасы и самих восставших, имели маленькое распятие, прикрепленное к рулю.
Власти реагировали настолько быстро, насколько позволяло состояние дорог. Уже в январе фактически спровоцировавший восстание своей бессмысленной ретивостью и жестокостью даймё Мацукура отбыл из столицы в свою провинцию с войсками для подавления восстания, размах и характер которого он поначалу недооценил. Верховным главнокомандующим карательными войсками был назначен Итакура Сигэмаса. К февралю 1638 года он сосредоточил у замка Хара до 100 тысяч самураев, тяжелую артиллерию и флот – огромные силы, которые должны были быстро справиться с мятежом. Опустошив деревни Симабара и Амакуса, уничтожив всех, кто не ушел в замок Хара (в том числе маленьких детей), Итакура не добился желаемого – вместо того чтобы испугаться, «подлая чернь» еще больше обозлилась и решила стоять насмерть. Интересно, как сами повстанцы мотивировали свое поведение и причины, вынудившие их восстать, – в письмах, прикрепленных к стрелам, которые часто посылались из замка в лагерь осаждающих, речь шла сугубо о христианских мотивах: невозможности ранее свободно исповедовать христианство, надежде попасть в рай, защищая свою веру, и приверженности своему Пророку, Посланнику Небес Амакуса Сиро, власть которого – не от мира сего и выше власти сёгуна. Такая трактовка знаменитого «Богу Богово, а кесарю – кесарево» не могла не беспокоить власти, решившие преподать урок всем японцам, прежде всего тайным христианам, неимоверно жестоко подавив восстание в Симабара. Восставшие же, прекрасно понимая, что их ждет, по нашему мнению, намеренно не писали об экономических причинах восстания, также сыгравших немалую роль. Готовясь к славной смерти, вряд ли стоило говорить о рисе и налогах.
Решение отступить в замок Хара означало одно – восставшие надеялись только на помощь Небес, осознав невозможность победы и намереваясь подороже продать свои жизни. И это им удалось, несмотря на чудовищное неравенство сил. В первый день японского нового года, 14 февраля 1638 года, восставшие отбили массированный штурм войск сёгуната и достигли небывалого успеха, убив главнокомандующего Итакура. Следующий командующий, князь Мацудайра, мобилизовал колоссальные силы, и к марту замок Хара осаждали от 150 тысяч (по более умеренным оценкам) до четверти миллиона человек, которые вскоре начали страдать от недостатка провианта. Ни уговоры, ни провокации, ни голод, начавшийся в замке Хара к апрелю, не могли заставить восставших сдаться. Попытки вылазок из замка успехом не увенчались, как, впрочем, и обстрел замка правительственной артиллерией, и засылка в замок ниндзя. Сёгун в отчаянии даже обратился к голландцам, имевшим право торговать с Японией, и голландский капитан Кукебакер, похоже, вовсе не желавший войти в историю как пособник убийц христиан (пусть даже и нелюбимых им «папистов», католиков), для проформы сделал со своего корабля несколько бортовых залпов по замку Хара, что особо не повлияло на ход боевых действий. В конце концов 12 апреля начался общий штурм. Он был долгим и кровавым, продолжаясь целых два дня – дольше, чем большинство великих битв в истории Японии. Голодные повстанцы, у которых закончился запас стрел и пороха для аркебуз, отбивались яростно. В последние часы великой осады матери бросались в огонь вместе с детьми, мужчины совершали самоубийства или бросались на мечи врагов. Вряд ли поведение этих героев было сродни христианскому непротивлению злу насилием, но умирали-то они с возгласами «Сантьяго!», «Дзэсусу Кирисуто!» и «Санта Мария!». Даже даймё, участники подавления восстания, отмечали в своих дневниках, как поразил их героизм крестьян, умевших умирать не менее достойно, чем самые отважные самураи…
15 апреля все было кончено. Десятки тысяч голов были представлены чиновникам сёгуната в качестве доказательства победы. Не уцелел никто, кроме бывшего иконописца, друга Амакуса Сиро по имени Ямала Эмонсаку, вовремя перебежавшего в лагерь врага. Сам Сиро погиб, причем существуют десятки версий того, как это произошло. Его голова была опознана и выставлена в Нагасаки.
Фактически восстание в Симабара не привело к улучшению положения крестьян (хотя самые жестокие методы выколачивания налогов и были упразднены), но главное – это было последнее крупное выступление против режима Токугава до самого XIX века. Основная масса отчаянных крестьян-христиан погибла, уцелевшие затаились, часто формально отрекаясь от веры. Вскоре число арестов христиан резко снизилось, что в условиях расцвета всеобщего доносительства могло означать только резкое снижение числа христиан. На Кюсю массово строились синтоистские и буддистские храмы, велась слежка за подозрительными. В конце 1650-х годов близ Нагасаки были осуществлены последние массовые аресты тайных христиан – власти арестовали около 600 крестьян, из которых около 500 были казнены или умерли в тюрьме, а 99 отреклись и были отпущены на свободу. Впрочем, отдельные семьи тайных христиан существовали на Кюсю и гораздо позже – вплоть до отмены антихристианских законов в эпоху Мэйдзи. Так, уже в 1865 году в районе Нагасаки местные власти выявили около 100 тайных христиан, большинство из которых отреклись после пыток от своей веры. Фактически до нового «открытия» Японии в XIX веке христианскую веру пронесли из поколения в поколение члены тайных общин.
После Симабарского восстания сёгунат ужесточил и политику сакоку – закрытости страны, казнив в 1640 году экипаж португальского корабля из Макао, прибывшего в Японию для возобновления торговых контактов. Отныне торговать со страной Ямато позволялось только голландцам, и то в очень ограниченных масштабах и только через порт Нагасаки. Португальским властям в Макао было послано грозное предупреждение: «Даже если сам король Фелипе, или даже сам христианский Бог, или великий Будда нарушит запрет, они заплатят за это своей головой!»