Тридцатичетырехлетний Эрнан де Сото выдвинул свою кандидатуру на это место, выразив готовность заплатить Альмагро за эту привилегию огромную сумму в золоте и серебре. Сото сумел оценить выгодность данного положения, и, хотя он был очень богат, у него имелись планы когда-нибудь начать управлять своим собственным королевством. Может быть, ему посчастливилось бы обнаружить какую-нибудь туземную империю к югу или востоку от Инкского государства? В случае занятия должности заместителя командующего Сото имел бы веские основания просить короля о предоставлении ему собственного губернаторства. Но Альмагро отклонил кандидатуру Сото, выбрав вместо него воина по имени Родриго Оргоньес, который за последние пять лет делам и доказал свою верность Альмагро.
Между тем перед Манко Инкой стояли свои собственные серьезные проблемы, которые только обострялись в результате борьбы испанцев за контроль над Куско. Поскольку испанцы открыто демонстрировали, кто в действительности управляет городом, престиж Манко постепенно подрывался. Хуже того, в макиавеллистском мире инкской политики начали циркулировать слухи о том, что некоторые родственники Манко жаждут заполучить императорский трон.
Теоретически можно было ожидать, что его главным соперником может стать его родной брат Паулью; тот был примерно того же возраста, что и Манко, и ему каким-то образом удалось избежать казни во время оккупации со стороны северной армии. Но с того момента, как Писарро определил Манко правителем, Паулью присягнул на верность своему брату. Манко был настолько уверен в Паулью, что, когда отправлялся в военные походы на север, он предоставлял Паулью императорские полномочия в Куско. Как только Манко возвращался, Паулью немедленно освобождал это место. Но Манко питал подозрения по отношению к своему двоюродному брату Паскаку и своему единокровному брату Аток-Сопе. Слухи о том, что Паскак замышляет утвердить на троне вместо Манко Аток-Сопу, циркулировали в среде инкской аристократии. Даже иноземная оккупация не смогла нарушить инкскую традицию плести династические интриги.
Осознавая, что соперничество между инкскими элитами может создать обстановку нестабильности в его новом королевстве, Писарро попытался положить конец борьбе за власть, сведя две инкские стороны за столом переговоров. Однако попытка эта оказалась неуспешной, более того, Манко в приватной обстановке попросил Альмагро помочь ему избавиться от враждебной инкской группировки. За год до этого Манко и Альмагро провели достаточно много времени вместе, участвуя в военных походах, и там они сильно сдружились. Хотя Альмагро и был всецело занят подготовкой экспедиции на юг, он согласился помочь молодому императору. Чем больше он помогал бы Манко, тем более тот должен был быть ему обязанным.
Альмагро послал несколько человек убить единокровного брата Манко, Аток-Сопу. Обнаружив, что в доме Аток-Сопы темно, наемные убийцы пробрались в его спальню и там убили претендента на инкский трон. Однако убийство Аток-Сопы только усилило раскол в семействе Манко — теперь противоборствующие группировки начали организовываться сообразно с линией разлома в испанской среде. Манко и его брат Паулью объединились с Альмагро; а противоположная инкская группировка установила союзничество с Писарро.
Атмосфера враждебности сгустилась до такой степени, что однажды ночью Манко, опасаясь возмездия за убийство своего брата, бежал из своего дома и попросил убежища во дворце Альмагро. Последний спрятал его в своей спальне. Когда испанские сторонники противоположной инкской фракции узнали о том, что Манко покинул свой дом, «они шумной толпой отправились грабить его дом, нанеся ему большой ущерб, — и никто не мог остановить их». По слухам, Манко настолько боялся быть убитым той ночью, что спрятался прямо под кроватью Альмагро.
2 июля 1535 г. Диего де Альмагро покинул Куско с испанским отрядом, состоявшим из 570 кавалеристов и пехотинцев. Также вместе с ним отправились 12 000 инкских носильщиков. Диего намеревался исследовать и осуществить завоевание южной части Инкской империи, ведь ему вскоре предстояло стать губернатором этой области. В знак дружеского расположения Манко предоставил не только носильщиков — он также велел Паулью и его верховному жрецу Вильяку Уму сопровождать Альмагро. Оба они, очевидно, пользовались широкой поддержкой среди южных вождей. Губернатор Франсиско Писарро и испанские энкомендеро вышли проводить экспедицию: многие чувствовали, что ныне пути двух групп расходятся навсегда. Двое бывших партнеров пожелали друг другу удачи, после чего Альмагро со своим отрядом покинул инкскую столицу.
С уходом отряда Альмагро из Куско исчезла большая часть обнищавших испанцев: там остались только местные жители и наиболее богатые испанские энкомендеро. Вскоре после этого Писарро также покинул Куско, в его планы входило продолжить закладку испанских городов вдоль побережья. Он рассчитывал, что его королевство будет продолжать экспортировать в Испанию золото и серебро в обмен на произведенную там продукцию — для этого нужны были города и порты. Кроме того, в случае необходимости приморские поселения можно было усилить военно-морским подкреплением. Города же, расположенные вдали от побережья, — такие как Куско, Хауха и Кахамарка, — в случае военной опасности могли оказаться в изоляции.
Бывший вице-губернатор Эрнан де Сото ныне также готовился покинуть Инкскую империю. Лишившись возможности стать заместителем Альмагро во время его экспедиции, Сото покинул Куско вместе с караваном, груженным золотыми и серебряными слитками, намереваясь на ближайшем корабле отправиться в Испанию. Энергичный кавалерийский офицер, который провел испанское войско через Анды, теперь должен был покинуть Перу навсегда. Оказавшись в Испании, Сото использует свою долю инкских сокровищ для получения королевской лицензии на завоевание малоизвестной области Флориды. Сото надеялся обнаружить там Индейскую империю, подобную тем, которые уже открыли Кортес и Писарро, и стать затем ее губернатором. Но восемь лет спустя, после продолжавшегося три года похода, охватившего территории таких современных штатов, как Флорида, Южная Каролина, Теннесси, Алабама, Арканзас, Оклахома, Джорджия и Миссисипи, Сото, у которого к тому времени полностью истощились припасы, умер от лихорадки на берегу реки Миссисипи. Ему было сорок два года.
После того как город покинули Франсиско Писарро, Альмагро, Сото и большинство новоприбывших испанцев, Куско остался в руках Манко Инки и двух младших братьев Писарро, Хуана и Гонсало. Хотя двадцатичетырехлетний Хуан Писарро имел репутацию крайне импульсивного человека, он пользовался популярностью среди рядовых конкистадоров. Великолепный всадник, Хуан стал капитаном в двадцатидвухлетнем возрасте, вместе с Сото он проехал по территории Перу во главе кавалерийского отряда. В отсутствие Сото и Альмагро Франсиско назначил Хуана новым коррехидором, или вице-губернатором города.
Будучи на год младше Хуана и на тридцать пять лет младше своего брата Франсиско, Гонсало Писарро был высоким, элегантным, очень красивым молодым человеком и имел репутацию ловеласа. Двадцатитрехлетний Гонсало был также «превосходным всадником и… великолепным стрелком из аркебузы», — писал историк XVI в. Агустин де Сарате. Хотя он был неграмотным, «он умел хорошо изъясняться. Правда, его язык был отмечен преизрядной вульгарностью».
