Когда испанцы осознали тяжесть сложившейся ситуации, они немедленно пустили в ход карательные акции против повстанческого движения, готовые до конца отстаивать свои привилегированные позиции на вершине сформированной социальной пирамиды Перу. Эрнан и Гонсало Писарро немедленно выступили из Куско во главе большого кавалерийского отряда, направившись в область обитания мятежного племени Лупака. Переправившись на плотах вместе с лошадьми через озеро Титикака, испанцы наголову разгромили туземцев, взяли в плен и затем убили вождя племени Лупака, а его деревню сожгли дотла.
Испанцы также двинулись в северном направлении — Гонсало Писарро возглавил кавалерийский отряд из 70 человек, направившийся в сторону Кольяо. В результате яростного сражения против союза племен консора, покона и чича испанский кавалерийский отряд вновь вышел победителем, убив тысячи индейцев. Неожиданным успехом этой кампании явилась сдача инкского генерала Тисо, самого блестящего полководца в войсках Манко.
Для того чтобы подавить очаг восстания в Кунтисуйю, лежащей к юго-западу от Куско, Франсиско Писарро направил еще один испанский отряд, дополнительно укомплектованный туземными союзниками. Целью этой экспедиции было выявить местонахождение и уничтожить Вильяка Уму и его армию. Несмотря на то что этой кампании суждено было продлиться восемь долгих месяцев и у нее были свои взлеты и падения, в конечном итоге испанцам удалось вынудить Вильяка Уму сдаться.
Хотя подчиненный Манко генерал Илла Тупак продолжал контролировать большую область на севере вблизи Хаухи, и его сил сражаться хватило бы еще на долгий период, испанцы не замедлили направить на север мощную волну террора, посылая один за другим карательные отряды в мятежные провинции. Например, в плодородной долине, примыкающей к Кордильере-Бланкае, в ущелье Уайласе, примерно в 400 милях к северо-западу от Куско, местные туземцы убили двух энкомендеро. Городской совет Лимы направил кавалерийский отряд под командованием капитана Франсиско де Чавеса, чтобы потребовать возмещения. Чавес со своим отрядом провел в этом районе три месяца, совершая рейды на туземные деревни, кроша на куски их жителей и предавая огню их дома и поля.
Проводящие свои карательные рейды испанцы не делали различий между мужчинами, женщинами и детьми. «Война была настолько жестокой, что, опасаясь, что все они будут убиты, индейцы запросили мира», — писал Сьеса де Леон. Но прежде чем объявить свою карательную кампанию завершенной, Чавес — классический эстремадурец из родного города Писарро, Трухильо, — убил более 600 младенцев в возрасте до трех лет.
В южном направлении, в области Уануко, индейцы также ответили на призывы Манко, убив несколько испанцев. Вскоре и в этот регион был отряжен кавалерийский отряд. По ходу дела испанцам довелось войти в один инкский город, Тарму, отстоявший на расстоянии 100 миль к югу от места их назначения: это был мирный город, не поднимавший восстания. Тем не менее испанцы провели там семь месяцев, «поедая местную кукурузу и овец [лам и альпак], отбирая у местных жителей все их золото и серебро, забирая их жен… многих индейцев заковывая в цепи и превращая их в рабов, и… крайне жестоко обращаясь с ними и выведывая пытками [у индейских вождей) [местонахождение] их золота и серебра». Конечно, разграничения между такими понятиями, как «завоевание», «умиротворение», «оккупация», «требование возмещения» и «совершение набегов», истончились настолько, что стали почти неразличимы; все эти лозунги дня приводили местных жителей в трепет.
В апреле 1539 г., по ходу того как карательная кампания на севере продолжалась, руководители испанцев, Франсиско, Эрнан и Гонсало Писарро, собрались в Куско, чтобы обсудить свои планы дальнейших действий в плане завоевания Перу. Ввиду осложнений, вызванных казнью Альмагро, Франсиско полагал, что для Эрнана лучше всего будет вернуться в Испанию и попытаться восстановить свою репутацию. Франсиско исходил из того, что к этому времени у Эрнана накопилось уже слишком много врагов и кто-нибудь из них обязательно шепнет нужное слово королю, в результате чего тот начнет действовать против Эрнана и против всей семьи Писарро. Если же Эрнан возьмет с собой только что составленную хронику событий, живописующую его героические деяния во время индейской осады, и плюс к этому новую партию золота для Карла, то, по мнению Франсиско, у его брата будут веские аргументы для короля.
Гонсало же, которому к этому времени исполнилось двадцать семь лет, считал этот план негодной идеей. По его мнению, для Эрнана лучше всего было бы оставаться в Перу — с оружием наготове. В Испании он оказался бы во власти своих врагов, и никто из его семьи не смог бы помочь ему там. Эрнан на это «сердито ответил, что Гонсало еще мальчик и не знает короля». В любом случае Эрнан уже принял решение: он вернется в Испанию и встретится там с королем. После того как вопрос касательно казни Альмагро будет улажен, Эрнан попросит у короля о дополнительных милостях.
В день отбытия Эрнана Франсиско Гонсало и еще небольшая группа конкистадоров проехали вместе с ним небольшое расстояние за пределы города и потом спешились, чтобы попрощаться. Эрнан обнял обоих своих братьев, после чего высказал Франсиско свои мысли о потенциальной опасности сторонников Альмагро: они участвовали в чилийском походе, а затем сражались против Писарро, в результате чего лишились всего. Педро Писарро писал:
«Эрнан Писарро, покидая своего брата-маркиза, сказал ему: „[Ты знаешь], что я уезжаю в Испанию и что, кроме Бога, мы все зависим только от тебя. Я говорю это, поскольку участники чилийского похода ведут себя очень непочтительно. Если бы я оставался здесь, бояться было бы нечего (и он говорил правду, поскольку они очень боялись его). Сдружитесь с ними, давайте немного еды тем, кто выкажет такое желание, [но] не позволяйте [даже] небольшому количеству тех, кто не выражает никаких желаний, собираться вместе на расстоянии менее чем 50 лье от того места, где вы находитесь, поскольку в противном случае… они обязательно убьют вас“… Эрнан Писарро произнес эти слова громко, и мы все слышали их, и, обняв маркиза, он отправился в путь».
Эрнан взял с собой караван золота и серебра для короля, письма и просьбы, составленные Франсиско для короля, и длинный список энкомьенд, которые Эрнан желал заполучить лично. Глядя на весь этот объемный багаж своего брата, ни Франсиско, ни Гонсало не думали о том, что Эрнана они видят в последний раз.
До отъезда Эрнана три брата условились об одном: Манко Инка должен быть уничтожен. До тех пор, пока мятежный император остается в живых, он ставит под угрозу власть Писарро над Перу. Так, вскоре после отъезда Эрнана Гонсало Писарро начал организовывать экспедицию с целью захватить или уничтожить Манко Инку. Шпионы уже доложили Писарро о том, что Манко расположился в местечке, называемом Вилькабамба; оно запрятано в густых лесистых местах в низинах, и там император находится под защитой лучников из племени антис. Единственным средством тут было отследить перемещение инкского императора в его укрытие и там — подобно ядовитому вредителю — уничтожить его.
Будучи на тридцать четыре года моложе Франсиско и на одиннадцать лет моложе Эрнана, Гонсало Писарро прибыл в Перу, когда ему было всего двадцать лет, и он всегда находился несколько в тени своих старших братьев. В отличие от своего брата Хуана, который был на год старше его, Гонсало получил чин капитана не ранее начавшихся боевых действий во время осады Куско, и то лишь потому, что смерть Хуана предоставила ему такую возможность. Однако во время осады Гонсало выказал себя одним из лучших защитников города. Высокий, чернобородый и поразительно красивый, Гонсало был превосходным наездником и исключительно метким стрелком — как из лука, так и из аркебузы. Также он был баснословно богат; как и его братья, Гонсало получил значительную долю золота и серебра во время дележа в Кахамарке и Куско.
