С тем чтобы лучше понять предыдущих правителей этой земли, то есть своих врагов, Толедо вскоре после своего прибытия в Перу серьезно занялся изучением истории инков. Он систематично опрашивал старых туземцев, а также кипукамайоков — специалистов, которые еще умели читать инкские кипу. Обнаружив, что инки создали свою обширную империю посредством завоевательных походов лишь относительно недавно, Толедо заключил, что инкская элита обладала отнюдь не большим правом править многочисленными этническими группами Перу, чем испанцы, которые, таким образом, получали оправдание в плане массированного использования оружия против инков. В итоге Толедо заключил, что единственным решением текущего «инкского вопроса» было уничтожение или нейтрализация все еще продолжавшего править инкского монарха. Испанцы полагали, что это все еще был Титу Куси.
Таковым было положение дел в июле 1571 г., через несколько месяцев после смерти Титу Куси, когда вице-король Толедо направил официального посланника в Вилькабамбу. Посланник прибыл на берега реки Апуримак вместе с группой туземных вождей; четверым из них он поручил переправиться через реку, с тем чтобы договориться о получении разрешения на въезд в королевство. Вожди переправились через реку, но потом все они загадочным образом исчезли. Три недели спустя посланник сделал вторую попытку, направив на другой берег еще двоих туземцев. Но назад вернулся только один из них — раненый, истекающий кровью, он сообщил, что они были атакованы.
Испанцам все виделось так, словно странная завеса безмолвия опустилась на королевство Вилькабамбу; послания от инкского императора более не приходили, испанские посланцы в Вилькабамбу не допускались. Нетерпеливый Толедо направил второго посланника, своего близкого друга Атилано де Анайю, на этот раз с письмом, в котором вице-король обращался непосредственно к Титу Куси:
«Если вы имеете веру и преданность Богу и моему повелителю королю, о чем вы собственнолично заявляли, то покажитесь, дайте свое согласие на встречу с ними [посланниками] и выслушайте то, что им велено передать от имени моего повелителя, Его Величества короля, и от моего имени. В противном же случае у нас, конечно же, рассеются какие бы то ни было иллюзии на ваш счет, и мы будем решать, как нам действовать дальше».
Одновременно Толедо направил письмо королю Филиппу, стремясь разузнать мнение монарха относительно возможности организации неспровоцированной войны против последних остатков инкской империи.
«Ваше Величество, безусловно, понимает, что удобно будет покончить с этим делом раз и навсегда таким образом, чтобы результатом стало обеспечение надежного мира, — в противном же случае все эти дебаты должны будут закончиться войной. Но так или иначе, в провинции Вилькабамбе будет основан город испанцев, чьи [военные] силы [на] границе отныне будут стоять на страже мира… Было бы интересно узнать мнение Вашего Величества… следует ли начинать против него [Титу Куси] войну или нет… [следует заметить, что] если он не хочет появляться и идти с нами на переговоры, то дело войны будет оправдано».
Посланник Анайя прибыл на берег реки Урубамба, к висячему мосту Чукичака, где Гонсало Писарро в свое время сражался с войсками Манко. Углядев на другой стороне туземных воинов, Анайя спросил у них разрешения, можно ли переправиться на другой берег. Воины ответили, что испанец может проехать. Но как только он оказался на другом берегу реки, инки убили его. Инки, очевидно, опасались того, что посланник может выведать о смерти Титу Куси, и таким образом испанцы узнают о том, что ныне королевство находится в ослабленном состоянии.
Для вице-короля убийство Анайи явилось последней каплей. Не желая ждать еще восемь месяцев ответа короля, Толедо вскоре начал приготовления к началу вторжения в инкское королевство и захвату или убийству Титу Куси: вице-король намеревался на этот раз преуспеть там, где провалились две предыдущие испанские экспедиции. К маю 1572 г. Толедо собрал грозное войско, состоявшее из двух подразделений. Первому, насчитывавшему 250 закованных в доспехи испанцев и примерно 2000 их туземных союзников, Толедо приказал войти в королевство Вилькабамбу через мост Чукичака и далее прорываться к столице. Второму отряду, в составе которого было примерно 70 испанцев, он приказал вторгнуться на территорию королевства Вилькабамбы с противоположной стороны — через реку Апуримак, зажав таким образом город в клещи. Толедо решил, что на этот раз у инкского императора не будет шанса бежать.
Где-то в начале июня главный экспедиционный корпус под командованием генерала Мартина Уртадо де Арбьето пересек мост Чукичака и начал продвижение вверх по долине Вилькабамба. Проводниками Арбьето были три конкистадора, которые сражались еще под знаменами Франсиско Писарро, и которым теперь было уже за шестьдесят: Алонсо де Меса, Эрнан Солано и Мансио Сера де Легисамон. Но большая часть войска относилась, конечно, к более молодому поколению: многие из них были владельцами энкомьенд, доставшихся им от отцов-завоевателей. Все они, конечно, были заинтересованы в том, чтобы уничтожить последний оплот инкского сопротивления.
Несмотря на всю храбрость оборонявшихся туземцев, исход битвы был предрешен. Вторгшаяся армия была хорошо оснащена и вооружена и имела решительный настрой. На ее стороне были такие преимущества, как множество пушек, лошадей, аркебуз и мечей. И хотя отряды императора Тупака Амару сами навязывали испанцам сражения, устраивая на конкистадоров засады на опасных долинных тропах, инкам вновь пришлось убедиться в том, что их деревянные булавы, дубинки и даже луки со стрелами совершенно не могут сравниться в боевой силе с испанскими лошадьми и стальным оружием. Для нападавших же главным был только один вопрос: решит ли инкский император бежать — ведь это создаст в будущем вероятность нового этапа войны.
Испанцы в самое короткое время захватили Виткос, город, который некогда разграбил Диего Оргонес и в котором едва не был схвачен Манко Инка. Они затем одолели проход Колпакасу, после чего двинулись вдоль реки Пампаконас, время от времени вступая в стычки с инкскими отрядами. Наконец во вторник, 24 июня 1572 г., в окрестностях столицы Вилькабамбы
«генерал Мартин Уртадо де Арбьето приказал всем испанским воинам разбиться на отряды с их военачальниками во главе, а индейским союзникам — на свои отряды… во главе со своими полководцами… [И] подняв знамена… они двинулись, взяв [с собой] артиллерию… В десять часов утра они вошли в город Вилькабамбу — все пешие, поскольку им пришлось передвигаться по очень труднопроходимой местности, где не было никакой возможности использовать лошадей».
Испанцы обнаружили, что сокрытая от чужих глаз столица ныне лежала в пепле, всеми покинутая. В отчете, позднее представленном испанским генералом вице-королю Толедо, Арбьето указывал, что он и его люди «обнаружили [Вилькабамбу] покинутой; около четырехсот стоявших в городе домов и святилищ находились в нетронутом состоянии. Мы обнаружили, что были сожжены только дома инкских [императоров]… и все… индейцы — воины, равно как и крестьяне, — бежали куда только можно». Летописец Муруа поражался тому, что когда испанцы явились в город, они увидели следующее:
