Несмотря на это, объем полномочий губернаторов при талибах существенно сократился. Из-за скудности провинциального бюджета они не были способны осуществлять значительные экономические проекты или помогать беженцам, возвращавшимся из Ирана и Пакистана, что еще значительнее уменьшало их роль в политике и в обществе. Мулла Омар также держал их под контролем и не позволял им укореняться. Он постоянно менял их и посылал на войну в качестве командующих.
После поражения в Мазари-Шарифе в 1997 году командиры-гильзаи начали роптать на то, что с ними не советуются при принятии военных или политических решений, хотя большую часть бойцов дают именно гильзаи. В Мазари-Шариф талибы потеряли около 3000 своих лучших воинов, 3600 были взятье в плен, а десять человек из высшего руководства убиты или захвачены. Поэтому талибы были вынуждены вербовать новых рекрутов из гильзаев Восточного Афганистана, но при этом талибы не были готовы поделиться с ними властью или включить их в состав Кандагарской Шуры. А гильзаи все меньше хотели быть пушечным мясом и сопротивлялись набору.
Военная структура Талибана окутана еще большей секретностью. Главой вооруженных сил является Мулла Омар, хотя его роль и положение ясно не обозначены. Ему подчиняются начальник генерального штаба и начальники штабов армии и ВВС. Существует как минимум четыре дивизии и танковый дивизион в Кабуле. Однако нет никакой ясной воинской организации с иерархией офицеров и командиров, а командиры частей постоянно меняются местами. Например, командование экспедиционного корпуса Талибана в Кундузе — единственное соединение, оставшееся на севере после разгрома 1997 года, — сменялось не менее трех раз за три месяца, а больше половины состава корпуса было отозвано, переброшено в Герат и заменено на менее опытных пакистанских и афганских бойцов. Военная Шура — рыхлый орган, отвечающий за планирование и принимающий тактические решения, но лишенный, по всей видимости, права принимать стратегические решения. Вопросы военной стратегии, основные кадровые назначения и распределение ресурсов для наступления — все это решает Омар.
Кроме всеобщей воинской повинности, введенной Талибаном, отдельные командиры из некоторых районов, заселенных пуштунами, лично отвечают за вербовку людей, выплату им жалования и обеспечение их всем необходимым. Необходимые для этого деньги, горючее, продовольствие, транспорт, оружие и боеприпасы они получают у Военной Шуры. Состав частей постоянно обновляется, поскольку одни члены семьи сменяют других, давая им возможность уезжать домой в длительные отпуска. Регулярная армия талибов никогда не превосходила 25–30 тысяч человек, хотя это число могло быть быстро увеличено перед очередным наступлением. В то же самое время студенты пакистанских медресе, которые к 1999 году составляли около 30 процентов живой силы талибов, также служили очень недолго, после чего возвращались домой, и на их место приходили новые рекруты. И все-таки этот хаотичный способ комплектования не давал возможности создать регулярную дисциплинированную армию. Этим талибы отличались от Масуда, располагавшего 12–15 тысячами отменного войска.
Сами по себе талибы походили на лашкар, или традиционное племенное ополчение, часто встречающееся в истории пуштунов. Лашкар быстро собирается по приказу монарха, или для зашиты территории племени, или для участия в междоусобной войне. Вступающие в ополчение — добровольцы, они не получают никакого жалования, но имеют право на долю во всякой добыче, взятой у врага. Напротив, у талибов мародерство было запрещено, и вначале при захвате новых городов они демонстрировали превосходную дисциплину, хотя после поражения в Мазари-Шарифе это было уже не так.
Большинство бойцов Талибана не получали жалования, и командир сам решал, платить или не платить своим людям, когда они уезжали домой в отпуск. Жалование получали только те, кто были профессиональными солдатами, набранными из бывшей армии коммунистов. Эти пуштуны — танкисты, артиллеристы, летчики и механики — были простыми наемниками и служили всякому, кто стоял у власти в Кабуле.
Некоторые члены Военной Шуры также исполняли обязанности министров, что создавало еще больший хаос в кабульской администрации. Так, министр здравоохранения мулла Мохаммад Аббас был заместителем командира экспедиционного корпуса, попавшего в ловушку на севере после поражения в Мазари-Шарифе. Затем он был отозван и послан в Герат для организации нового наступления и, наконец, вернулся в Кабул после шестимесячного отсутствия, что привело в полное отчаяние работавшие с ним благотворительные учреждения ООН. Мулла Эхсанулла Эхсан, управляющий Центральным Банком, командовал элитным отрядом из 1000 кандагарцев, вследствие чего уделял совсем немного внимания финансовой работе, и погиб в Мазари-Шарифе в 1997 году. Мулла Абдур Разак, губернатор Герата, попавший в плен в Мазари-Шарифе в 1997 году и впоследствии освобожденный, руководил военными операциями по всей стране начиная с 1994 года. Почти все члены Кандагарской и Кабульской Шуры, кроме инвалидов, принимали участие в боях и занимали командные должности.
В каком-то смысле это придавало замечательную гибкость иерархии талибов, поскольку ее вожди были одновременно и генералами, и администраторами и находились в постоянном контакте с бойцами. Но тем не менее администрация талибов, особенно в Кабуле, сильно страдала от этого. Когда министр на фронте, его министерство не принимает никаких решений. Из-за этой системы ни один министр не мог приобрести достаточно профессиональных навыков или оказывать покровительство своим близким. Мулла Омар мигом послал бы слишком могущественного министра обратно на фронт. Но в итоге страна оказалась без правительства, а руководство движения не имело понятного распределения обязанностей среди своих членов.
Избыточная закрытость талибов была большим препятствием, для завоевания политического доверия в городах, у иностранной прессы, благотворительных организаций и международного сообщества. Даже после взятия Кабула талибы отказались объявить, как они собираются устроить народное представительство или способствовать экономическому развитию. Настойчивые требования талибов признать их законным правительством страны в отсутствие понятно устроенных органов власти лишь увеличивали сомнения международного сообщества в их способности управлять государством. Пресс-секретарь Кабульской Шуры, Шер Мохаммад Станакзай, относительно любезный и говорящий по-английски пуштун-гильзай из провинции Логар, учившийся в Индии на полицейского, был лицом Талибана для благотворительных организаций и иностранных корреспондентов. Но все быстро поняли, что Станакзай не имеет никакой реальной власти и не может даже попасть на прием к Мулле Омару, чтобы передать послание и получить ответ. Вследствие этого его работа потеряла всякий смысл, поскольку благотворительные организации даже не знали, доходят ли их слова до Муллы Омара.
Талибы увеличили путаницу, устроив чистку кабульского чиновничества, нижние слои которого оставались на своих местах с 1992 года. Талибы заменили всех таджиков, узбеков и хазарейцев среди старших чиновников пуштунами, независимо от квалификации последних. В результате потери квалифицированных кадров министерства практически прекратили работать.
Работа в министерствах была организована совершенно неописуемым образом. Независимо от того, насколько серьезным было военное или политическое положение, правительственные учреждения в Кабуле и Кандагаре работали всего по четыре часа в день, с 8 утра до полудня. Затем талибы устраивали перерыв для молитвы и долгую сиесту. Потом начинались продолжительные собрания и ночные совещания. На столах у министров не было никаких бумаг, а в правительственных учреждениях не было посетителей. В то время, когда сотни кадровых талибов и чиновников участвовали в движении за отращивание длинных бород у мужской части населения, в министерствах никто не отвечал ни на какие запросы. Население больше ничего и не ожидало от них, а в отсутствие какого-либо народного представительства в городах Талибан стал представляться скорее оккупационной властью, а не администрацией, желающей завоевать доверие населения.