Осенью 1939 года ячейка коммунистической партии в Ноксвилле пришла в упадок в результате массового выхода ее членов из-за пакта между Гитлером и Сталиным. Хиски сотрудничал с Фрэнсисом Мартином, организатором секции коммунистической партии, стараясь возродить ее дух. Одним из его достижений стала ширма, названная Мирный совет Ноксвилла. Это шумное предприятие, которое привлекло к себе не больше десяти или пятнадцати человек, суровее осуждало ось Даунинг-стрит/Уолл-стрит, как он ее называл, чем нацистско-фашистскую ось. Вплоть до момента, когда Гитлер вторгся в Россию в июне 1941 года, Мирный совет Ноксвилла не хотел принимать участия в этом сомнительном империалистическом конфликте. Когда же напали на Россию, все изменилось. Некоторые студенты Хиски, вовлеченные в его деятельность, вспоминают, что в заявлениях от имени Мирного совета Ноксвилла он использовал все характерные тогдашние словечки сталинистов — от «фашистских тварей» до «дзайбацу». Хиски уговорил одного студента послать деньги в нью-йоркское издательство «Интернэшнл паблишерс» в уплату за дюжину экземпляров книги Хьюлетта Джонсона (по прозвищу «красный декан Кентербери») о России, под тем предлогом, что у него самого в тот момент не было денег. Когда книги прибыли, преподаватель химии возместил студенту расходы, дал ему бесплатный экземпляр, а остальные распространил между друзьями.
Кларенс Фрэнсис Хиски добивался того, чтобы студенты подписались на журнал «Ин фэкт»; часто, если кто-то из любимых учеников ссылался на недостаток средств, Хиски сам платил за бесплатную пробную подписку, а потом тактично осведомлялся, не продлил ли ее тот. Он щедро раздавал собственные экземпляры коммунистического журнала «Нью мэссис» и ученикам, и коллегам. Часто они с Маршей Сэнд Хиски приглашали студентов к себе домой на обед и политическую дискуссию. Некоторые студенты восхищались доктором Хиски, не всегда разделяя его взглядов; они называли его вызывающим. Другие посмеивались над ним, называя «раскаленным докрасна», бескомпромиссным радикалом. Так же разделились и его коллеги на факультете. Несколько преподавателей университета Теннесси пытались сохранить отношения с Хиски, не вмешивая в них политику, так как он был компетентным химиком, который любил долгие прогулки и шахматы. За исключением одного или двух сочувствующих, остальные считали, что от него можно ждать неприятностей.
По-прежнему не скрывая коммунистических взглядов, Кларенс Хиски приехал в Нью-Йорк осенью 1941 года, чтобы поступить на работу преподавателем химии в Колумбийском университете. Через год по просьбе доктора Гарольда Юри, лауреата Нобелевской премии, он поступил в Лабораторию сплавов Колумбийского университета, где проводили совершенно секретные работы от исследований тяжелой воды до разработки газо-диффузионного метода разделения урана-235. Газо-диффузионный процесс был лишь одним из полдесятка процессов получения урана-235, которые испытывались там. Оказавшись в конце концов наилучшим вариантом, его стали испытывать на базе огромной установки K-25 в Оук-Ридже, штат Теннесси.
Кларенс Хиски имел какое-то отношение к газо-диффузионному процессу, хотя отнюдь не являлся специалистом международного класса, как Клаус Фукс. Если отвлечься от безответственной болтовни о том, что якобы существует один-единственный наиважнейший «секрет» атомной бомбы, очевидно, что такая сравнительно отсталая страна, как Россия, могла сэкономить значительные лабораторные усилия, деньги и время, если бы узнала, какой именно из полдесятка процессов сочли самым верным такие более передовые страны, как США.
Американцы, которые никак не могут простить британцам того, что они доверились Фуксу вопреки его коммунистическому прошлому, возможно, к своему неудовольствию, узнают, что в отчете армейской разведки США от 1942 года Хиски называется активным коммунистом. К тому времени он был главой отдела, работавшего в Лаборатории сплавов, то есть руководителем команды технических специалистов числом до сорока мужчин и женщин. В его команду входили выпускники разных университетов с более-менее левыми взглядами, молодые люди из университета Висконсина, которых он уловками пристроил на работу в Колумбийском. Хиски был глубоко включен в расширение и стимулирование государственной программы исследований. Если бы его вырвали оттуда, это плохо сказалось бы не только на членах его команды, но и на коллегах и начальниках, которые ручались за него.
В мае 1943 года большая часть персонала Лаборатории сплавов переехала в Чикаго. Группа Хиски уехала не раньше лета. В Чикаго жалованье Хиски составляло около 9 тысяч долларов в год, почти вдвое против самой высокой суммы, которую когда-либо платили Клаусу Фуксу. Он был сравнительно важной фигурой в научной иерархии «Манхэттенского проекта».
Марша Сэнд Хиски не поехала с мужем в Чикаго. После того как доктор Хиски получил там жилье, его посетила Мириам Шервуд, молодой техник, работавшая с ним в Колумбийском университете в Нью-Йорке. Она хочет найти работу в «Металлургическом проекте», сказала она. Ее усилия не сразу увенчались успехом, но она все равно осталась в Чикаго. Через некоторое время Хиски признался коллегам, что собирается развестись с Маршей и жениться на Мириам.
Политически Хиски казался наглее, чем когда-либо. Он хвастал, что дружит с важным руководителем компартии из Южного Чикаго. Он говорил техникам, работавшим на него, что они поступили бы «умно», если бы вступили в Федерацию архитекторов, инженеров, химиков и техников, которая вела организационную работу в Аргоннской национальной лаборатории. ФАИХТ представляла собой отделение коммунистической партии, которое играло большую роль и на Восточном, и на Западном побережье, подбирая среди американцев помощников для советской сети по атомному шпионажу. Хиски и другой ученый-атомщик организовали в Чикаго Школу Авраама Линкольна, под вывеской которой проводилась партийная линия. Хиски убедил более дюжины ученых и техников из проекта, включая друзей и подчиненных, пройти курсы по таким предметам, как русский язык.
К тому времени все, что делал Кларенс Фрэнсис Хиски, находилось под пристальным, но секретным вниманием контрразведки. Как сообщил высокопоставленный армейский офицер, связанный с чикагским проектом, которому несколько лет спустя разрешили дать анонимные показания перед комиссией конгресса, Хиски перешел из подозреваемых в категорию тех, кто уже не просто вызывал подозрения.
«Мы были убеждены, что он подрывной агент, — сказал военный. — Да, подрывной агент. Тогда встал вопрос, что делать с Хиски. У нас возникали проблемы с учеными, когда нам приходилось кого-нибудь переводить. Кто-то, кажется, полковник Лэнсдейл [полковник Джон Л. Лэнсдейл-младший], нашел в досье Хиски, что он получил звание младшего лейтенанта в корпусе подготовки офицеров запаса в колледже. Каким-то чудом он не отказался от звания, и мы обратились к генерал-адъютанту и попросили его призвать Хиски на действительную службу. Поднялся большой шум, что мы сделали это нарочно и тому подобное, и мы перевели Хиски, кажется, на проект Кэнол, по-моему, где-то в Канаде, в службу снабжения, где он пересчитывал дырявые подштанники…»
В этом переводе есть один любопытный момент: еще раньше, в 1943 году, когда Хиски был подозреваемым, в его досье сделали пометку о том, что его нельзя призывать на военную службу. Это решение пришлось отменить; его отменили, и 13 апреля 1944 года доктору Хиски велели собраться и надеть военную форму. Он и его друзья выразили протест. Вот как растрачиваются научные кадры, заявляли они. Сам Хиски жаловался на то, что ему не верят и считают неблагонадежным, что довольно близко соответствовало истине.