Святой Престол вполне устраивало «федеральное» решение будущей Югославии, но в гораздо более свободной федерации, чем старалась навязать федерация Тито. Торэн, выражавший мнение Ватикана, считал, что «статус нации» не всегда должен обретать государственный статус. Чтобы увязать все этнические и национальные проблемы, предпочтительнее избрать социально-этнический принцип составных частей федерации, которым предоставлено как можно больше возможностей для принятия решений на локальном уровне. Но когда армия Югославской федерации, состоящая главным образом из сербов, атаковала хорватских националистов в Вуковаре (город на хорватско-сербской границе) в сентябре 1991 г., Ватикан рассудил, что федеральная армия стала агрессором против одной из частей югославского населения. Из-за того, что Европейское Сообщество (ЕС) не «назвало агрессора» и не остановило нападение на братьев-югославов, создалось впечатление, что независимость Словении и Хорватии — единственный способ для прекращения войны. 13 января 1992 г. Святой Престол послал уведомление правительствам Хорватии и Словении с признанием их независимости, которую они провозгласили 25 июня 1991 г., а затем приостановили до тех пор, пока ЕС вело переговоры. Попытавшись найти мирное решение, они в конце концов снова объявили о своей независимости 23 декабря, перед тем как обратиться за разрешением на допуск в ЕС в качестве независимых государств. В уведомлениях Святого Престола указывалось, что на основе предварительных дипломатических контактов такое признание возможно в связи с уверениями Хорватии и Словении, что новые правительства будут демократическими и станут уважать права национальных меньшинств.
Православный Патриарх Сербский Павел направил лидерам православных Церквей всего мира письмо, в котором говорилось, что «истоки конфликта в Югославии, на Балканах и не только в этом регионе являются результатом настойчивости, с которой Римская Церковь рассматривает Балканы, населенные в основном людьми православной веры, как миссионерскую территорию». Об агрессии федеральной армии в письме Патриарха не упоминалось. Президент Франции Франсуа Миттеран также выражал сожаление, ссылаясь на прохорватский альянс между Иоанном Павлом II и германским канцлером Гельмутом Колем, и трижды говорил архиепископу Торэну, что Святой Престол, признав Хорватию и Словению, несет ответственность за развал Югославии. Торэн, который каждый раз объяснял, что агрессия федеральной армии сделала независимость способом, который может остановить войну, был хорошо осведомлен о традиционном французском альянсе с Сербией и считал, что досада Миттерана отчасти вызвана именно этим.
Через некоторое время появилось подтверждение того, что независимость Хорватии и Словении помогла окончить войну в этих республиках, хотя в Словении гораздо раньше, чем в Хорватии. Насилие, сопутствующее дезинтеграции Югославии, не прекращалось, а место этнического кровопролития переместилось в Боснию и Герцеговину. Два года спустя, в 1994 г., Иоанн Павел, который мог задаться вопросом, разумно ли было признавать независимость Словении и Хорватии (поскольку быстрое решение этой проблемы не позволило югославской армии, состоящей в основном из сербов, осуществлять агрессию в раздробленной федерации), попытается проявить частную инициативу, чтобы собрать для диалога все партии, участвующие в продолжающемся конфликте.
Продвижение вперед должно было быть сделано по всей посткоммунистической Европе. 25 марта 1992 г. Иоанн Павел полностью реорганизовал польскую иерархию, учредив тринадцать новых епархий, подняв восемь епархий до ранга архиепископств, объявил Лодзь архиепископством без викарного управления, поменял очертания архиепископских «провинций», перевел четырнадцать епископов на новые должности глав епархий, назначил семь новых епископов и перевел четырнадцать вспомогательных (запасных) епископов. Папа также изменил характер служебных обязанностей Примаса Польши, который при кардиналах Вышыньском и Глембе ассоциировался с рангом президента польской Конференции епископов. Исторически Польским Примасом был архиепископ Гнезнинский; Гнезно было объединено с Варшавским архиепископством «персональным союзом» — единым человеком, который служил архиепископом как Гнезнинским, так и Варшавским. Иоанн Павел разорвал этот «персональный союз» и назначил нового архиепископа Гнезнинского. (Им стал Хенрик Музинский, епископ Вроцлавский, лидер польских епископов в еврейско-католическом диалоге.) Кардиналу Глембу как «Хранителю реликвий святого Адальберта» было позволено сохранить титул «Примаса Польши» пожизненно. Глемб, конечно, остался архиепископом Варшавским.
Канонические определения и средневековые титулы не имели большого значения. Значительные перестановки были попыткой привести польскую епископальную структуру в соответствие с Ватиканом II и облегчить новую евангелизацию. Живой польский католицизм требовал больше епископов, особенно в условиях демократии. Должность Примаса после пребывания на ней кардинала Глемба станет особенно почетной, но нельзя допустить, чтобы Примас являлся президентом национальной Конференции епископов. Польские епископы могут выбрать свое руководство, как любая другая национальная конференция епископов. Это, как предполагалось, сможет взрастить более настойчивый в проповеди Евангелия польский епископат.
Пастырская забота о страждущих всегда была знаком служения священника Кароля Войтылы и отражением его христианского гуманизма. 13 мая 1992 г., в одиннадцатую годовщину его собственного спасения от рук убийцы, Иоанн Павел объявил, что Церковь всего мира станет отмечать 11 февраля — праздник Мадонны Лурдской — как Всемирный день страждущих. В Риме этот день с тех пор отмечается папской мессой за страждущих в соборе Святого Петра в присутствии больных, сидящих и лежащих на колясках и каталках вокруг главного алтаря — гробницы святого Петра, окруженной бронзовым балдахином работы Бернини. В конце службы, во время которой Иоанн Павел часто говорит о болезнях как о части человеческого предназначения и призыва к углублению веры, свет в соборе приглушают. Десять тысяч свечей, зажженных внутри красных и оранжевых подсвечников в форме тюльпанов, поднимаются над головами всеми присутствующими, пока «Лурдский псалом» исполняется на множестве языков.
В начале 1990-х гг. дипломатия Иоанна Павла была сфокусирована не только на Европе. 21 сентября 1992 г. Святой Престол после 132 лет разрыва восстановил полные дипломатические отношения с Мексикой. Политика правящей политической партии Мексики с 1979 г. заметно изменилась. Оказали свое влияние и два визита Иоанна Павла в эту страну в 1979 и 1990 гг. Через демонстрацию народной поддержки Церкви, которую правительство не могло игнорировать, мексиканский католицизм был снова включен в текущую историю нации. За этим последовали признание Церкви как института, играющего общественную роль, и конституционная реформа и «новый путь мышления» в диалоге между политическими и церковными лидерами, которые теперь могли быть включены в решение общих задач в области образования и социальных служб. Антиклерикализм все еще оставался проблемой в некоторых частях мексиканского общества, но защита Иоанном Павлом религиозной свободы как основы гуманитарных прав привела к значительному сдвигу в межконфессиональных отношениях.
Через два месяца после восстановления дипломатических отношений Иоанн Павел причислил к лику святых двадцать пять мучеников Мексиканской революции, убитых между 1914 и 1937 гг. Для Мексиканской Церкви прошлое было теперь открыто так же, как и будущее.
