За одиннадцать дней до окончания Святого Года стареющий восьмидесятилетний чехословацкий кардинал Франтишек Томашек пригласил Иоанна Павла посетить в 1985 г. город Велеград в Моравии, где планировалось большое торжество по случаю 1100-й годовщины со дня смерти святого Мефодия. Выступившие в поддержку визита студенты были жестоко избиты сотрудниками органов государственной безопасности. Правительство Чехословакии поначалу отказало Иоанну Павлу в возможности присутствовать на этом юбилее, однако празднества в Моравии обозначили начало нового подъема движения сопротивления в Католической Церкви Чехословакии.
За две недели до официального завершения Святого Года, в Пасхальное воскресенье 22 апреля 1984 г., Папа Иоанн Павел II объявил о серьезных изменениях персонального состава Римской Курии. Так, например, кардинал Бернарден Гантен, бывший президент комиссии «Справедливость и мир» стал префектом Конгрегации по делам епископов; кардинал Роджер Эчегари был отозван из своего епископата в Марселе и назначен преемником Гантена на посту президента комиссии «Справедливость и мир». Кардинал Эдуардо Пиронио был перемещен из Конгрегации по вопросам религии, где его заменил архиепископ Джером Хамер, бывший помощник кардинала Ратцингера в Конгрегации доктрины веры, в Совет понтификата по вопросам мирян. Недавно назначенный архиепископ Альберто Бовоне получил должность Секретаря Конгрегации доктрины веры, а архиепископ Фрэнсис Аринзе был перемещен из Нигерии, чтобы возглавить Секретариат по делам нехристиан. Старый друг Иоанна Павла архиепископ Анджей Дескур, который все никак не мог поправиться от перенесенного в октябре 1978 г. сердечного приступа, стал почетным президентом Комиссии понтификата по вопросам социальных коммуникаций, а на смену ему пришел американец Джон Фоули, недавно назначенный архиепископом и долгое время являвшийся редактором епископальной газеты в Филадельфии.
Назначение кардинала Гантена на один из наиболее влиятельных постов в Церкви показывало, что Иоанн Павел, с одной стороны, лично доверяет ему, а с другой — вообще отдает предпочтение и оказывает поддержку молодым церквам в Африке. Гантен полностью разделял точку зрения Папы на развитие Церкви и всего мира и был готов работать ради дальнейшей поддержки епископов, строго относиться к их назначению и всемерно содействовать укреплению периферийных епископатов. Кроме того, вверенная ему Конгрегация несла полную ответственность за регулярное посещение епископами Ватикана, что должно было происходить один раз в пять лет.
Через две недели после окончания Святого Года Иоанн Павел II вылетел в Южную Корею в двадцать первое по счету пастырское паломничество и второе в Азию. После непродолжительной остановки для дозаправки самолета в Фэрбенксе, штат Аляска, где он провел торжественную мессу, Папа 3 мая 1984 г. прибыл в Сеул. Посетив Кванджу, Тэгу, Пусан и колонии прокаженных в Сорокодо, он председательствовал в Сеуле на первой в истории Церкви канонизации за пределами Рима. Тогда были канонизированы сто три корейских мученика, погибших за веру в середине XIX в., включая Эндрю Кима Тэгона, первого коренного корейского священника, и Пола Чонг Хасанга, светского миссионера. На следующий день Иоанн Павел вылетел в Порт-Морсби, что в Папуа — Новой Гвинее, где продемонстрировал свои лингвистические познания, прочитав проповедь на пиджин. Паломничество протяженностью в 23 тысячи миль было завершено однодневным пребыванием на Соломоновых островах и двухдневным — в Бангкоке. Это было самое продолжительное путешествие Папы Римского за весь период его понтификата.
В следующем месяце Иоанн Павел вылетел в Швейцарию с шестидневным визитом. Главной целью этой поездки было обращение к участникам Всемирного Совета Церквей (ВСЦ), с которым Папе предстояло выступить 12 июня в штаб-квартире ВСЦ в Женеве. После приезда Папы Павла VI в Женеву в 1969 г. ВСЦ испытывал серьезные трудности. Его Комиссия по вопросам веры и порядка по-прежнему продолжала весьма серьезные теологические изыскания и тщательно готовила главное международное исследование под названием «Крещение, Евхаристия и Служба». Именно политика — связи между странами Востока и Запада, а также их отношение к странам «третьего мира» — стала причиной резкой критики Всемирного Совета Церквей. Русская Православная Церковь и ее участие в ВСЦ и прежде всего приспособленческая позиция центрального офиса ВСЦ в Женеве сделали ВСЦ совершенно глухим к требованиям верующих христиан в коммунистических странах. Ассамблея ВСЦ 1983 г. в Ванкувере (Британская Колумбия) так и не решилась осудить вторжение советских войск в Афганистан и приняла резолюцию, которая являлась хрестоматийным примером поиска морального равенства между советской оккупацией этой страны и западной поддержкой сопротивления афганского народа.
В «третьем мире» широко распропагандированная ВСЦ «Программа борьбы с расизмом» всячески воодушевляла и поощряла революционную борьбу против правящих режимов в Родезии и Южной Африке. В 1982 г. Центральный комитет ВСЦ назвал Австралию, Бразилию, Канаду, Чили, Колумбию, Гватемалу, Мексику, Новую Зеландию, Парагвай, Филиппины, Пуэрто-Рико и Соединенные Штаты Америки в числе стран, где происходит нарушение прав этнических меньшинств. Вместе с тем ВСЦ отказался осудить уничтожение сандинистами Никарагуа индейских деревень племени мискито на Атлантическом побережье и их насильственное выселение из родных мест.
Обращение Иоанна Павла подчеркнуло особое значение теологического диалога, необходимого для создания «несовершенного, но тем не менее реально существующего единства между нами». Требование христианского единства, по словам Папы, является результатом не схоластических переговоров, а вполне конкретных дел, историческим выражением единства, которое уже давно существует между христианами благодаря их общему обряду крещения. Это поддерживает «откровенное и дружественное» убеждение католической Церкви, что «руководство епископа Рима гарантирует единство и верность апостольской традиции и вере Святых Отцов». «Быть в сообществе с епископом Рима» означает быть в сообществе со всеми христианами и с самим Христом, жаждавшим единства для всей Церкви. Это было главной трудностью для всех членов ВСЦ, заключил Иоанн Павел, но если экуменическое движение действительно руководствуется Святым Духом, то все сложные вопросы могут быть решены общими усилиями всех последователей Христа.
Обсуждая «роль общины в экуменическом движении», Иоанн Павел постоянно подчеркивал необходимость соблюдения религиозных свобод, которые сами по себе не занимают подобающее место в последней повестке дня ВСЦ. Папа также отстаивал точку зрения, что христианские сообщества не должны «поддерживать насилие» как средство достижения социальных перемен. Не упоминая о спорах ВСЦ по поводу «справедливости и мира», Иоанн Павел предложил альтернативное видение деятельности Церкви в мире, построенное на «защите человека, его достоинства, его свободы, его неотъемлемых прав, а также права на полноценный смысл жизни».
Оставшиеся дни визита в Швейцарию были самыми трудными. Президент Швейцарской федерации протестантских церквей не мог поднять экуменический дух собравшихся, предполагая, что совместная молитва всех верующих будет бессмысленной без совместного обряда Евхаристии. Иоанн Павел попытался собрать всех швейцарских католических епископов и убедить их в необходимости более энергичного руководства делами Церкви, но все было безрезультатно. Его защита осознанного неприятия военной службы и призывы к более открытой и справедливой политике по отношению к иммигрантам так и не получили благожелательного отклика со стороны швейцарцев. Таким образом, наряду с Австрией и Германией Швейцария сохраняла враждебность по отношению к Иоанну Павлу II.
