Первые признаки надвигающегося урагана обнаружились вечером 1 ноября 1841 года. В этот день Бернс записал в дневнике «…Я все более буду уставать из-за того, что время обманывает мои надежды». Эта запись оказалась последней в его личных бумагах. Вечером его помощник и друг, хорошо осведомленный кашмирец Мохан Лал, предупредил его, что ближайшей ночью на него будет совершено покушение. Многие афганцы считали ответственным за оккупацию Афганистана именно Бернса, обманувшего Дост-Мухаммеда демонстрацией своих добрых чувств к нему. Враждебность к Бернсу усугубляло и его «неравнодушие» к афганкам. Как пишет в своих воспоминаниях русский доктор Иван Лаврович Яворский, с «последствиями донжуанства первых англичан, во главе которых стал известный Бернс» ему приходилось сталкиваться в Кабуле и спустя почти сорок лет, в 1878–1879 годах.
Бернс с несколькими офицерами жил в самом центре Кабула, рядом с Чорсу — одной из главных улиц столицы в большом двухэтажном доме с внутренним двором, окруженным стеной. Мохан Лал считал это жилище слишком уязвимым и предлагал срочно перебраться в безопасное место, в северную часть города, где размещались английские и индийские солдаты. Однако Бернс был уверен в своих силах и, зная, что крупные английские и индийские подразделения находятся всего в двух километрах, не внял совету друга. Правда, он все-таки отдал приказ сипаям усилить на ночь охрану дома.
Однако основные силы англичан были далеко от города. Поначалу британские войска занимали крепость Бала Хиссар, но по просьбе Шуджи, который был против нахождения войск в Бала Хиссаре из-за близости казарм к его гарему, Макнотон согласился перевести солдат из безопасного укрытия за крепостными стенами в наспех построенный полевой лагерь. Укрепленный лагерь был сооружен под Кабулом, на старой дороге, ведущей в Кохистан, в пяти километрах к северу от городских стен и в девяти к северо-востоку от Бала Хиссара. Казармы лагеря, называемые «кантонмент», были торжественно открыты в августе 1841 года. Сам лагерь, получивший название Шерпурский, представлял собой прямоугольник — два километра в ширину и три в длину — окруженный глинобитным валом с шестью бастионами. Одни ворота выходили на Кохистанскую дорогу, другие — к высотам Сиях Санг и Бала Хиссару, а внутри в живописном беспорядке расположились солдатские казармы и офицерские домики. Но место для лагеря с самого начала было выбрано неудачно, а его фортификационные укрепления оказались, по сути, чисто символическими. Среди военных он даже получил название «глупости на равнине».
И вот вечером 1 ноября у дома Бернса начала собираться толпа, возглавляемая теми, кого Бернс по разным причинам успел настроить против себя. Поначалу дело ограничивалось лишь гневными выкриками, но подстрекатели постарались, чтобы все разраставшаяся толпа узнала о расположенном как раз рядом с резиденцией Бернса гарнизонном казначействе. Народ все прибывал и, горя желанием осадить гнездо неверных, вскоре уже не нуждался в подстрекательстве. Однако Бернс все еще верил, что сможет уговорить афганцев разойтись по домам, и приказал сипаям не стрелять, а в качестве единственной меры предосторожности послал связного в казармы с просьбой на всякий случай прислать подкрепление. Затем он вышел на балкон и попробовал вступить с разгневанной толпой в переговоры.
Узнав об угрожающей Бернсу и его товарищам опасности, Макнотон немедленно созвал совет. На совете также присутствовали адъютант Эльфинстона майор Тэн, капитан Грант и капитан Белью. Они стали обсуждать, что следует и что можно предпринять в такой ситуации, однако обсуждение это быстро переросло в спор между Макнотоном и командующим гарнизоном генералом Уильямом Элфинстоном. Секретарь Макнотона капитан Джордж Лоуренс предложил, пока еще есть время, послать в старый город два полка, вызволить Бернса, рассеять толпу и захватить главарей. Но от него просто отмахнулись. «Мое предложение с самого начала сочли чистым безумием», — писал он впоследствии. Макнотон с Элфинстоном продолжали спорить, а ситуация у дома Бернса тем временем быстро ухудшалась. Старый и больной генерал, которому было уже не до боев, не хотел и не мог действовать — он мог лишь возражать другим. Но и Макнотон, беспокоясь не столько о спасении Бернса, сколько о политических последствиях использования войск против горожан, оказался не более решительным.
В конце концов сочли за лучшее направить к Бала Хиссару пехотную бригаду и только после консультации с Шуджей решить, что делать. Около крепости выяснилось, что шах уже отправил в город отряд сарбазов во главе со своим сыном Фетх Джаном и визирем Осман-ханом с приказом разогнать мятежников и спасти Бернса. Шах настаивал, что его гвардейцев для этих целей вполне достаточно, и не разрешил англичанам вмешиваться.
Тем временем положение все еще пытавшегося перекричать обезумевшую толпу Бернса становилось все более критическим. К нему на балкон вышли еще два офицера — его заместитель майор Уильям Броудфут и офицер индийской армии, Чарльз Бернс, приехавший в Кабул на встречу со старшим братом. Кэй впоследствии писал: «Становилось очевидным, что без применения силы одними уговорами и полумерами ничего уже не добиться. Возбуждение афганцев все возрастало. Небольшая кучка мятежников превратилась в огромную озлобленную толпу. Казначейство шаха застило всем глаза, и сотни кабульцев, даже тех, кто не испытывал до тех пор особой враждебности к британцам, устремились к месту, где хранились сокровища, способные мигом решить проблемы их полуголодного существования». Несмотря на растущую ярость толпы, Бернс, уверенный в скором появлении помощи, все еще удерживал сипаев от применения оружия.
Но вот несколько наиболее рьяных мятежников подожгли конюшни и вновь присоединились к толпе, вскоре после чего из толпы раздался выстрел. Майор Броудфут схватился за грудь и упал. Его поспешно втащили в дом, где сразу же убедились в том, что он мертв. Бернс вернулся на балкон и, пытаясь в последний раз спасти ситуацию, пообещал толпе, если она сейчас же разойдется, раздать крупную сумму денег. Однако было уже поздно, толпа поняла, что английское золото очень скоро достанется ей и так. Бернс, исчерпав все свои возможности, но так и не видя приближающейся помощи, вероятно решив, что гонец не дошел до цели и помощи ждать нечего, приказал сипаям стрелять в толпу. Но его решение запоздало. Дом уже горел, и бушующая толпа ринулась ко входу, не обращая внимания ни на пожар, ни на стрельбу. Бернс с братом поняли, что настал их последний час, и Чарльз решил прорываться.
Мохан Лал, чьи предупреждения Бернс проигнорировал, сидел на крыше соседнего дома и в ужасе наблюдал за происходящим. Он уже ничем не мог никому помочь. «Лейтенант Чарльз Бернс спустился в сад и там застрелил человек шесть, прежде чем его самого разорвали на куски», — записал он впоследствии. Как погиб сам сэр Александр, он не видел, поскольку часть толпы как раз рванулась к дому, на крыше которого он находился, и Мохан Лал был вынужден бежать. Существует версия, что Мохан Лал попытался выбраться из дома через сад, но его схватили и опознали. За него, однако, вступился Мухаммед Заман-хан и спрятал в своем гареме неподалеку.
Также существует несколько версий смерти Бернса, впрочем, ни одна из них не подтверждена показаниями надежных свидетелей. Одни рассказывали, что Бернс вышел к толпе с черной повязкой на глазах, чтобы не видеть, от кого последуют удары, и через несколько секунд был «разорван разъяренной толпой на куски». Другие говорили, что в дом проник некий предатель и на Коране поклялся, что, если Бернс переоденется в афганскую одежду, он проведет его через толпу. Понимая, что терять нечего, Бернс согласился, но, как только он вышел из дома, афганец торжествующе закричал: «Братья, вот Искандер Бернс!» И разъяренная толпа изрубила его на куски длинными афганскими кинжалами.
