Через два часа от взлетно-посадочной полосы аэродрома «Офира» оторвался Boeing 707, на борту которого разместился штаб операции. Самолет был выкрашен в традиционные бело-голубые израильские цвета авиакомпании EL AL и совершал, казалось, обычный гражданский рейс. Как уже было упомянуто, за штурвалом самолета находился командующий ВВС Израиля генерал-майор Бени Пелед. Учитывая исключительную важность и сложность поставленной перед авиацией задачи, генерал-майор не мог себе позволить остаться в стороне. С началом высадки десанта первый Boeing 707 должен был вновь подняться в небо и на протяжении всего хода наземной операции курсировать над озером Виктория в районе аэропорта «Энтеббе».
Через несколько минут с той же взлетно-посадочной полосы аэродрома «Офира» в воздух поднялся второй Boeing 707, на борту которого разместился военно-полевой госпиталь. Оба самолета должны были совершить длительный 6-часовой перелет вдоль Красного моря, прижимаясь к берегам Саудовской Аравии, затем пролететь через всю территорию Эфиопии и ровно в 22:30 совершить посадку в кенийском международном аэропорту Найроби.
Последними, примерно через час после вылета первого самолета, аэродром Шарм-эль-Шейха тайно покинули четыре военно-транспортных самолета, на борту которых разместился сводный десант и боевая техника. За штурвалом первого Lockheed C-130 Hercules сидел командир 131-й эскадрильи «Желтая птица» подполковник Йошуа Шани. Самолеты были настолько перегружены, что казалось, ни один из них не сможет оторваться от взлетно-посадочной полосы. Один из пилотов даже пошутил: «Мы в Уганду полетим или поедем?» Им предстояло проделать длинный путь, пролетев над Красным морем на высоте не более 30 метров от воды, избегая радаров египетских, саудовских и суданских ПВО. Затем авиагруппа должна была взять курс на Джибути, свернуть на Найроби, пролетев западнее Сомали и над эфиопским районом Огаден, после чего направиться на юго-запад через Восточно-Африканский рифт и озеро Виктория.
Самолеты поднялись в воздух, взяв курс на Восточную Африку до того, как правительство Израиля приняло окончательное решение. В любой момент десантную эскадрилью могли развернуть назад. То, что разрешение на силовое решение кризиса с заложниками не было получено, знали и те, кто находился на борту военно-транспортных самолетов. У каждого в душе, хоть это и не обсуждалось, таилась слабая предательская надежда, что операцию отменят. Десантников можно было понять. Люди летели в неизвестность. Никто не знал, что их ожидало в самом центре континента, за 4 тысячи километров от родных границ. Каждый из спецназовцев имел за своими плечами многолетний опыт проведения специальных операций в глубоком тылу противника. Каждый из них прекрасно понимал, что в случае катастрофы помощи ожидать было неоткуда, а попасть в плен к угандийским дикарям в военной форме было намного ужаснее, чем оказаться в руках палестинских террористов или в застенках арабских спецслужб. Все без исключения знали, что в случае пленения их одного за другим начнут рвать на куски, скармливая африканским крокодилам. Поэтому рассчитывать приходилось только на собственные силы и тех, кому посчастливится остаться в живых.
Как правило, спецподразделения учитывают любые ситуации. В Энтеббе в случае провала единственная надежда на спасение находилась за кенийской границей, до которой нужно было еще пробиться. (Все понимали ничтожность шанса, что кому-нибудь удастся пройти почти 180 километров под огнем преследователей, унося на себе раненых и трупы своих товарищей. Даже в такой безвыходной ситуации ни у кого не могло возникнуть и мысли оставить в Уганде своих погибших, не говоря уже о раненых.) Топливные баки джипов и бронетранспортеров были залиты до отказа. Несмотря на строжайший запрет, спецназовцы на свой страх и риск прятали дополнительные канистры и бочки с горючим, которого в случае отступления должно было хватить до кенийской границы. Кроме того, в комплект каждого джипа и бронетранспортера было вложено несколько подробных карт Уганды.
Только когда эскадрилья самолетов с десантом находилась в воздушном пространстве Эфиопии, специальная комиссия смогла наконец-то добиться одобрения всех членов правительства и оппозиции, включенной в коалицию, и дать «зеленый свет» на начало антитеррористической операции. В далекую Кению было отправлено краткое телефонное сообщение, которого так ждал полковник Эхуд Барак: «…Тесть Аврамеле точно будет на бар-мицве…»
Услышав это сообщение, полковник Барак понял, что разрешение на военную операцию получено и самолеты с десантом уже находятся на пути в аэропорт «Энтеббе».
Несмотря на нервный мандраж, неизменный спутник спецопераций, и предательский страх, пожиравший изнутри каждого бойца, все как один моментально отключились и погрузились в глубокий сон, после того как радист вышел из кабины пилотов и сообщил десантникам, что операции дано «добро».
Сказывалась накопившаяся усталость, недосыпание и нервное перенапряжение последних дней. Один лишь командир «Сайерет Маткаль» подполковник Йонатан Нетаньяху продолжал бодрствовать. Внешне он был совершенно спокоен, в течение всего полета он просто читал книгу. Хотя перед посадкой на самолет он сказал одному из своих офицеров: «У меня плохое предчувствие. Я не вернусь домой».
Полет до воздушного пространства Эфиопии проходил без видимых осложнений, хотя пилотам пришлось продемонстрировать высочайшее мастерство. Пока самолеты находились в воздухе, были строго запрещены любые радиопереговоры, несмотря на то что нередко расстояние между крыльями составляло считаные метры. Любая, самая незначительная ошибка одного из пилотов могла привести к необратимым трагическим последствиям. Загруженные до предела Lockheed C-130 Hercules были вынуждены прижиматься друг к другу, чтобы в случае обнаружения на радарах авиадиспетчеров и ПВО выглядеть, как большая стая птиц. Первый отрезок маршрута пришлось пройти над водой. Расстояние между многотонными военно-транспортными самолетами и морской гладью порой не превышало двух десятков метров. Сложность перелета можно было сравнить с нейрохирургической операцией. Спустя час после взлета пилоты увидели слева перед собой пугающую своим видом темно-багровую стену. Это была сильная песчаная буря, которая быстро двигалась навстречу эскадрилье со стороны Саудовской Аравии. Вторым неприятным сюрпризом стали советские корабли. Эскадрилье «Желтая птица» пришлось пройти рядом с ними в надежде, что русские из-за песчаной бури не обратят на нее внимания. Так и произошло. Из-за песка в воздухе русские корабли были вынуждены временно отключить радарные установки. Над Эфиопией опасность обнаружения миновала, и самолеты стали набирать высоту. По воспоминаниям израильских пилотов, они чувствовали себя пиратами, летевшими над Африкой без разрешения, чтобы захватить чужой аэропорт.
Бóльшую часть пути погода выступала союзником израильтян. Однако по мере приближения к конечной цели следования десанта метеоусловия заметно ухудшились. На горизонте всё отчетливее стали прорисовываться свинцовые грозовые тучи. На подлете к Уганде самолетам пришлось рассеяться в радиусе полумили, и пилоты были вынуждены в полном одиночестве, рассчитывая только на собственный опыт и мастерство штурманов, пробиваться практически на ощупь сквозь плотную завесу грозового ливня, идя по навигационным приборам. Не могло быть и речи, чтобы попытаться отклониться от маршрута, обойти непогоду стороной или набрать высоту. Запасы горючего в топливных баках и так были на исходе, и в случае дополнительного крюка его определенно не хватило бы для того, чтобы вновь подняться в небо после завершения спасательной операции. В заданном районе перед самой посадкой авиалайнеры должны были вновь соединиться. Одновременная посадка всех четырех военно-транспортных самолетов была залогом успешного исхода операции.