9 апреля вооруженные отряды «Национального общества» вошли в Македонию, а на границе с Фессалией произошли стычки. 17 апреля Турция объявила Греции войну. Верный своей политике натравливания христианских народов Ближнего Востока друг на друга, султан добился нейтралитета Болгарии и Сербии, дав большие взятки их епископам, коммерческим агентам и школам в Македонии. Австро-российская нота, посланная балканским государям, предупреждала их, чтобы они не вмешивались в войну. Так рассеялась надежда на то, что христиане выступят против Турции единым фронтом, и на ринге осталось всего два бойца. Тридцатидневная война стала непрерывной цепью греческих поражений. Греческий военно-морской флот, превосходивший турецкий по мощи, на который возлагалось так много надежд, не сделал ничего, кроме бомбардировки Превезы, не принесшей городу особого вреда. Он захватил также корабль с грузом овощей в Санти-Каранте и еще судно британского члена парламента, симпатизировавшего Турции.
Это бездействие флота, несомненно, объяснялось влиянием великих держав. Бомбардировка Смирны или Салоников привела бы к гибели греков, проживавших в этих городах; турецкие острова можно было бы захватить без особого труда, что и сделали итальянский и греческий флоты в 1912 году. Это помогло бы Греции заключить мир на более выгодных условиях. Таким образом, Греция лишилась одного из самых сильных своих помощников (то есть флота).
На суше боевые действия велись в Фессалии и Эпире. В Фессалии Эдхем-паша, турецкий командующий, после жестокого сражения за перевал Мелуна и упорной битвы в Ревени завладел Ларисой, откуда войска короля бежали, объятые паникой; в Эпире сражение у Пенте Регадии («Пяти колодцев»), расположенной между Артой и Яниной, где греки в 1854 году дважды разгромили турок, спасло Янину. В этой битве погиб Климент Харрис, британский филэллин.
Турецкое наступление в Фессалии вызвало возмущение в Афинах. Разъяренная толпа двинулась ко дворцу, который никто не охранял; королю удалось сохранить за собой трон только благодаря быстрому вмешательству Деметриоса Раллиса, политика-демократа, который создал в Аттике свою партию и стал самым влиятельным лидером оппозиции и идолом Афин. Повторилась античная сцена, когда Клеон потребовал отдать ему власть; 29 апреля Раллис был назначен премьер-министром.
На следующий день полковник Смоленски, «герой Ревени», сражавшийся добровольцем за свободу Греции в 1868 году и ставший единственным офицером, прославившим свое имя в этой войне, отбросил турок, предпринявших атаку на Велестино, связанную с легендой об Алкестисе. Но во второй битве ему пришлось отступить. Местом одного разгрома греков стало классическое поле в Фарсале, а второго – неизвестная деревушка Грибово в Эпире. Кульминация наступила 17 мая, когда произошло сражение у Домокоса, где итальянец Фратти возродил героические традиции Санта-Розы, как Харрис – память о Байроне. Путь туркам к перевалу Фурка, а оттуда – в Ламию был открыт.
Когда весть об этом дошла до столицы, афинян охватила паника; королевская семья не осмеливалась появляться на улицах; королевские ливреи были изменены, а вместо портретов монарха в витринах магазинов появился портрет Смоленски. Но тут в дело вмешались державы; 19 мая в Эпире и 20-го в Фессалии было подписано перемирие, и за полковником Вассосом, который уже покинул Крит, последовали все его люди.
4 декабря в Стамбуле был подписан мирный договор, по которому турки ушли из Фессалии и во второй раз отдали ее Греции, за исключением одной деревни и определенных стратегических пунктов, которые подвели границы Турции очень близко к Ларисе. Греция должна была заплатить контрибуцию в размере 4 миллионов турецких фунтов и подчиниться Международной комиссии контроля за «сбором и уплатой денег, достаточных для обслуживания ссуды, взятой ради выплаты контрибуции, и других национальных долгов».
На заседаниях этой комиссии присутствовало по одному делегату от шести держав, и правительственные монополии на соль, нефть, спички, игральные карты, бумагу для сигарет и наксианский корунд, табак и пошлины на марки, а также пошлины на импорт, взимавшиеся в Пирее, стали клеймиться в пользу правительства.
На следующий год турецкие войска ушли из Фессалии, а с ними – почти все оставшиеся там землевладельцы; от этой короткой второй оккупации Фессалии турками осталась лишь одна серия турецких почтовых марок. Вскоре здесь, как и в Халкисе, лишь немногие уцелевшие мечети – самые красивые погибли в огне – напоминали путешественнику о том, что на этой земле почти пять веков проживали турки.
Ситуация на Крите долго тревожила дипломатов Европы. На поиски губернатора острова у них ушло полтора года. Эту должность предлагали швейцарскому федеральному консулу, люксембургскому полковнику и черногорскому министру, но ни один из них не прошел. А тем временем Германия покинула Европейское сообщество, пытавшееся решить проблему Крита, а за ней ушла и Австро-Венгрия. Армии четырех оставшихся держав, при поддержке кораблей своих военно-морских сил, которыми командовал итальянский адмирал Каневаро, заняли прибрежные города. Британцы заняли Кандию (Ираклион), русские – Ретимнон, французы – Ситию и островок Спиналонга, итальянцы – Иерапетру, а все четыре совместно – Ханью. В эти места согнали мусульман; особенно много их скопилось внутри кордона в Кандии. Открытые пространства остались в руках христиан. Была созвана миграционная ассамблея под председательством Сфакианакиса, которая стала выпускать указы, скрепленные печатью Миноса. Решение критского вопроса ускорила атака на британцев в бухте Кандии и убийство их вице-консула 6 сентября 1898 года. Адмиралу Ноэлю удалось достичь того, чего так долго не могли добиться дипломаты; главари были повешены, и через два месяца после трагедии в Кандии последний турецкий полк покинул Крит; только в форте на островке в заливе Суда остались еще турецкие солдаты.
26 ноября представители четырех держав-защитниц собрались в Афинском дворце и предложили принцу Георгу (сыну короля Георга I) занять на три года пост верховного комиссионера Крита под властью султана. Каждая страна обещала выделить новому правительству по 40 тысяч фунтов на первые расходы. Это предложение было принято благодаря влиянию царя Николая II, которому принц Георг спас жизнь, когда на него было совершено покушение в Японии. 21 декабря 1898 года новый правитель Крита высадился в Суде.
Через пять дней уехали адмиралы; и хотя войска четырех держав еще оставались на Крите, верховный комиссионер стал единственным ответственным правителем острова. Его представители в Риме под руководством адмирала Каневаро, ставшего итальянским министром иностранных дел, сформировали критский Ареопаг, в котором по-прежнему обсуждались дела острова. Принц управлял Критом восемь лет, хотя первоначально планировалось назначить его всего лишь на три года. Первые пять лет его правления на острове царил мир. Популярный среди христиан, он пытался завоевать любовь и у мусульман; совершая паломничество в монастырь Аркадион, он также посещал и главную мечеть в Ханье. Ему удалось добиться даже того, что сфакиотские вожди сложили оружие.
Для составления конституции была создана смешанная комиссия под руководством Сфакианакиса; и в 1899 году первая Ассамблея автономного Крита, в состав которой вошло 138 христиан и 50 мусульман, собралась, чтобы обсудить ее проект. В соответствии с этой конституцией принц назначил пять «советников» (один из них был мусульманином), хотя ему было разрешено назначить десять членов палаты депутатов. Этот орган должен был избираться раз в два года, но стал собираться ежегодно. Сфакианакис, сыгравший столь важную роль в освобождении своей страны, удалился от дел. «Впервые за 1900 лет, после римского завоевания Метелла, – писал один афинский журнал, – Крит получил совершенно независимое правительство».