Так, в 1890 году, несмотря на недовольство России, но с одобрения Солсбери, Стамболову удалось добиться от сюзерена, пригрозив ему провозгласить независимость княжества, двух бератов, позволявших назначить двух первых болгарских епископов Македонии на кафедры Охрида и Ускюба (Скопье). Напрасно возмущался константинопольский патриарх, напрасно требовал, чтобы болгарское духовенство носило особое облачение как знак раскольничества; напрасно он велел закрыть все болгарские православные храмы в Турции. В 1894 году в Болгарии появились два новых епископа; в качестве награды за соблюдение нейтралитета во время греко-турецкой войны 1897 года болгары получили новые уступки.
Назначение сербского епископа в Ускюбе в 1902 году разделило славян, а протест валахов против сдачи Фессалии Греции был компенсирован в Македонии. В 1905 году турки поддержали пропаганду валахов. И вправду, стоило только Греции выступить против Порты, как болгары и валахи получили от этого выгоду. Все это происходило потому, что последние, которые в результате быстрого решения македонского вопроса получили бы меньше, но потеряли бы больше всех, были, подобно евреям, весьма заинтересованы в сохранении Турецкой империи. В Македонии, как и везде, турецкая власть означала плохое руководство делами, а из реформ, обещанных в 23-й статье Берлинского договора, не была проведена ни одна.
Греко-турецкая война 1897 года показалась идеалистам прекрасной возможностью объединить всех христиан Балканского полуострова в борьбе против общего врага. Но из-за их взаимной зависти и столкновения амбиций, а также в результате австро-российского соглашения, направленного на сохранение статус-кво, и устранения от борьбы двух великих держав, наиболее заинтересованных в сохранении своего влияния на Балканском полуострове, македонский вопрос так и остался нерешенным.
Не прошло, однако, и двух лет, как Македонский комитет, заседавший в Софии и выразивший свою программу в трех словах: «Македония для македонцев», отправил в январе 1899 года специальную памятную записку державам, в которой предлагал создать автономную провинцию Македония со столицей в Салониках. Ею должен был управлять генерал-губернатор, «принадлежащий к преобладающей нации», назначаемый на пять лет. Полагали, что этой нацией будет болгарская; авторы записки надеялись, что автономная Македония под властью болгарского губернатора станет шагом вперед на пути к «большой Болгарии» Сан-Стефанского договора. Однако из этой затеи ничего не вышло, и Македонский конгресс в Женеве ничего не дал. Это объяснялось внутренними разногласиями и тем, что всем заправляла партия действий. Болгарские отряды пересекли границу, и начался конфликт с Турцией. Однако вскоре выяснилось, что турки были не единственной мишенью комитета. В 1900 году один из его эмиссаров застрелил в Бухаресте румынского профессора, который был редактором газеты, поддерживавшей требования Румынии к Македонии. Румынское правительство, спорившее с Болгарией из-за одного островка на Дунае, потребовало наказать членов комитета. Великие державы и Порта поддержали это требование, и Борис Сафаров, президент этой организации, был арестован, а с ним – и ее руководство. Суд, однако, оправдал террористов. На него оказало давление общественное мнение Болгарии, поскольку в ее школах, армии и прессе заправляли македонцы.
После этого в комитете произошел раскол: экстремисты под руководством Сафарова выступали за силовые методы, а умеренные члены – за легальные способы борьбы, а также пропаганду и просвещение людей. Первые прекрасно понимали, что европейская пресса проявляет интерес к балканским народам только в том случае, если они режут друг другу глотки или убивают какого-нибудь иностранца. Весь мир узнал о существовании македонского вопроса только после того, как банда политических преступников захватила мисс Стоун, американскую миссионершу.
А тем временем Старая Сербия сделалась ареной албанских разборок, кульминацией которых стало убийство Молла Зекко, лидера движения за автономную Албанию, которого боялся сам султан, всегда бывший патроном Албании и стремившийся его умиротворить.
Положение было столь серьезным, что султан назначил Хилми-пашу генеральным инспектором Македонии, а мусульмане и христиане пришли к общему мнению, «что провинции Турции в Европе нельзя оставлять в их нынешнем плачевном положении».
Австро-Венгрия и Россия, две наиболее заинтересованных в решении этого вопроса страны, придерживались того же мнения; их министры иностранных дел встретились в Вене и в феврале 1903 года представили проект реформ для трех македонских вилайетов: Салоников, Монастира (ныне Битола) и Косово, который был поддержан и другими державами. В этом документе султану предлагалось назначить генерального инспектора на определенное число лет и реорганизовать жандармерию с помощью иностранных офицеров. Она должна была включать в себя христиан и мусульман, в зависимости от того, сколько людей этих вероисповеданий проживает на территории этих районов; установить отдельный бюджет для каждого из трех вилайетов. Оплата местной администрации должна была зависеть от доходов этих вилайетов.
Султан принял австрийско-русский проект реформ, но их результатом стало только усиление беспорядков. Косовские албанцы, подозревая, что турки хотят лишить их свобод, подняли восстание, убили русского консула в Митровице и захватили послов султана в Ипеке (Пече); другой русский консул был застрелен жандармом в городе Монастир (Битола).
Болгарские банды, несмотря на то что македонские комитеты были распущены болгарским правительством, взрывали железнодорожные мосты, подбрасывали бомбы на пароходы и заминировали Османский банк в Салониках. Греков терроризировали болгарские комитетчики и грабили турецкие иррегулярные войска. Турки захватили Крушево, большой город сторонников патриарха, и велели его обитателям заплатить выкуп; когда последние принесли его, то «турков окутало облако золотой пыли, и они не увидели» болгарский квартал, и он остался неразграбленным.
Все эти события чуть было не спровоцировали новую турецко-болгарскую войну. Положение болгарского правительства было крайне тяжелым. Почти половину населения Софии составляли македонские иммигранты и беженцы, которых во всей стране было не менее 150 тысяч, и заговор военных только ухудшил ситуацию. Пока князь Фердинанд пытался успокоить своего сюзерена, назначив премьер-министром туркофила генерала Петрова, Австрия и Россия в октябре 1903 года выпустили второй вариант своего плана реформ, который получил название Мюрцштегская программа, по месту ее подписания в Австрии.
Согласно этому плану, принятому султаном, австрийские и русские гражданские агенты должны были работать под руководством Хилми-паши, а реорганизация жандармерии была поручена иностранному генералу, которому должны были помогать военные офицеры держав, разделив между собой Македонию на отдельные районы. Реформа административных и юридических институтов страны должна была проходить при участии христианского населения.
Командовать жандармерией было поручено Гиоргису, итальянскому офицеру, а позже его сменил другой итальянец – граф ди Робилант.
Все державы, за исключением Германии, посылали в Македонию небольшой контингент офицеров, который через некоторое время был немного увеличен. Македония была разделена на пять полицейских секторов. Британии досталась Драма, богатый район, почти целиком заселенный помаками, французам – Сере, итальянцам – Монастир (Битола), австрийцам – Ускюб, а русским – Салоники. Большая часть вилайета Косово, самая беспокойная, и часть Монастира были исключены из этого деления. Соглашение между Болгарией и Турцией о борьбе с вооруженными бандами, заключенное в 1904 году, помогло значительно улучшить ситуацию в Македонии, а британский комитет сделал многое для ослабления напряженности.