Тогда коммунисты ударили по Нанкину. Очевидец рассказывает: «Мирные переговоры между вице-президентом Ли Цзунжэнем и китайскими коммунистами неожиданно прервались в среду <20 апрелях В ту же ночь с другого берега Янцзы велась сильная бомбардировка». 22 апреля началась эвакуация. Очевидец вспоминает: «Самолеты летали над нашими головами целый день, перевозя партийных и правительственных чиновников и тех, кто хотел улететь и мог найти деньги на билет… Мы очень боимся, что начнутся беспорядки и грабежи». На следующий день коммунисты взяли город.
Ли Цзунжэнь бежал в свою вотчину — в Гуйлинь (провинция Гуаней), а гоминьдановское правительство заранее, еще 5 февраля, переехало в Кантон. Т. В. Сун еще 24 января уехал в Гонконг. Оттуда в мае он отплывет в Париж, а в начале июня, как и Кун Сянси с женой, переберется в Штаты. (10 июня 1949 года торговая палата Шанхая потребует от гоминьдановского правительства вернуть Т. В. Суна и Кун Сянси в Китай для предания их суду по обвинению в коррупции, махинациях на китайской фондовой бирже и монополизации того, что они именовали «нормальные торговые каналы», но к их требованию никто не прислушается.) В марте же 1949 года Чана покинул Сунь Фо, сын Сунь Ятсена. Вместе с женой он уехал в Гонконг, а в 1951 году он, как и Т. В. Сун до него, переберется во Францию, а затем — в США.
Все развалилось, и Чан принял решение вновь взять власть в свои руки. 25 апреля он в последний раз посетил могилу любимой матери. Долго стоял, склонив голову и шепча слова прощания, после чего навсегда покинул Сикоу. В тот же день он уехал в портовый город Нинхай, расположенный к югу от города Нинбо. Там его ждал военный корабль, на котором он в сопровождении Цзинго отправился в Шанхай, чтобы взять на себя его оборону. Но крупнейший мегаполис страны пал 27 мая, когда 2-я и 3-я полевые армии коммунистов под командованием Лю Бочэна, Дэн Сяопина и Чэнь И (не путать с гоминьдановским губернатором Тайваня Чэнь И — их имена пишутся разными иероглифами) в течение недели разгромили двухсоттысячную гоминьдановскую группировку, защищавшую город.
Чан не увидел падения Шанхая. Еще в начале мая он отплыл из осажденного города на Пескадорские острова в Тайваньском проливе, а оттуда в конце мая — на Тайвань. Понимая, что война на материке подходит к концу, он решил выяснить, можно ли закрепиться на острове, о котором написал в дневнике, что «очень хочет сделать его провинцией трех народных принципов». Новым губернатором Тайваня Чан Кайши еще в конце декабря 1948 года назначил преданного ему генерала Чэнь Чэна, который, с одной стороны, в начале 1949-го инициировал аграрную реформу, снизив арендную плату с 50–70 процентов до 37,5 процента и освободив крестьян от долгов, а с другой — 19 мая 1949-го ввел на острове военное положение, чтобы пресечь подрывную деятельность коммунистов. В мае того же года Чан получил письмо от старого друга, генерала Ведемейера, советовавшего ему именно на Тайване создать «базу для <дальнейших> операций, а также наиболее эффективное правительство, стремящееся укрепить благосостояние жителей острова».
В июне Чан Кайши приехал в Кантон, где организовал Верховный политический комитет Гоминьдана из одиннадцати человек, который сам возглавил (заместителем его стал Ли Цзунжэнь). Этот комитет по сути дела заменил правительство. Во главе же Исполнительной палаты формально встал генерал Янь Сишань (также вошедший в Верховный политический комитет). После этого Чан опять отправился на Тайвань, откуда 10 июля совершил поездку на Филиппины, чтобы договориться с тамошним президентом о совместном отражении коммунистической опасности. Он получил поддержку, по крайней мере устную. И через несколько дней вновь был в Кантоне, где 16 июля на совместном заседании Политического и Постоянного комитетов ЦИК Гоминьдана был создан новый орган власти — Чрезвычайный верховный совет, также во главе с Чан Кайши (заместитель — Ли Цзунжэнь).
Но ни Чан, ни Ли, ни остальные члены обоих комитетов уже не могли спасти Гоминьдан. Войска компартии устремились на юг мощным потоком.
21 июля 1949 года Чан вновь улетел в Тайбэй, где 1 августа в Цаошане основал свою новую штаб-квартиру. А через неделю опять отправился в зарубежную поездку — на этот раз в Южную Корею, чтобы и с местным президентом обсудить вопрос о совместной борьбе с коммунизмом, и получил от него заверение в безусловной поддержке. После этого в речи по случаю четвертой годовщины освобождения Тайваня от японских колонизаторов Чан заявил, что «Формоза предназначается для того, чтобы быть оплотом сопротивления планам русского империализма, и уже является таким оплотом».
На материке же ситуация ухудшалась с каждым днем. 23 августа Чан прибыл в Кантон, созвал срочное военное совещание, а через два дня вылетел в Сычуань, где посетил Чунцин и Чэнду, а затем, в середине сентября, опять улетел в Кантон, чтобы руководить его обороной. К тому времени, в начале сентября, гоминьдановское правительство вновь, как и во время Второй мировой войны, перебралось в Чунцин. Чан же уехал из Кантона (в Сямэнь, провинция Фуцзянь) только в самом конце сентября и уже оттуда вновь улетел в Тайбэй.
Между тем 1 октября 1949 года в Пекине, на центральной площади Тяньаньмэнь, Мао Цзэдун провозгласил образование Центрального народного правительства Китайской Народной Республики. На следующий день это правительство признал Советский Союз, разорвавший дипломатические отношения с Чан Кайши. Некоторые западные журналисты считали, что Чан тут же объявит войну СССР, но этого, конечно, не произошло. Чан просто заявил, что «третья мировая война уже началась».
14 октября Кантон пал, а 14 ноября Чан прилетел в Чунцин из Тайбэя, но, как оказалось, только для того, чтобы уже в конце ноября бежать в Чэнду — последний оплот сопротивления в материковом Китае. 5 декабря Чан Кайши дал интервью представителям печати, заявив, что «борьба на территории Китая будет продолжена любой ценой, независимо ни от каких жертв», но 7 декабря национальное правительство Китая из Чэнду перебралось на Тайвань, в город Тайбэй. Правда, не в полном составе. Президент Китая Ли Цзунжэнь выехал из Гуаней в США под предлогом лечения от гастрита. «Лечиться» он будет 15 лет и в 1965 году, накануне «культурной революции», получив прощение от Мао Цзэдуна, вернется в Китай. Скончается Ли Цзунжэнь в Пекине 30 января 1969 года от пневмонии.
Оглядываясь назад, один из архитекторов американской политики в Китае Джон Картер Винсент, глава отдела Дальнего Востока в Госдепе в 1945–1947 годах, писал: «Мы не могли спасти Китай для Чан Кайши… Историческая трагедия заключается в том, что усиление коммунизма совпало с полным разложением националистического правительства. Революция была неизбежна. Мы старались сделать ее либеральной, но шансы были не на нашей стороне». О том же в сентябре 1952 года писал и Трумэн: «Падение Чан Кайши было делом рук его самого. Его полевые генералы сдавали коммунистам технику, которую мы ему давали, и использовали его собственные армии и вооружение для его свержения. Только американская армия в два миллиона человек могла бы спасти его, но это была бы Третья мировая война». «Китай потерпел поражение из-за слабости Национального правительства», — подтвердил Трумэн через четыре месяца в своем «Прощальном обращении» к нации перед тем, как сложить с себя обязанности президента.