Эти далёкие, казалось бы, от рабочего посёлка Сарова события оказали на его дальнейшую судьбу очень большое влияние. Правительство страны принимает решение об организации секретного объекта по разработке отечественного ядерного устройства. Требований к месторасположению секретного объекта было много: во-первых, объект должен располагаться в большом лесном массиве, на расстоянии от Москвы не более 500 километров; во-вторых, необходимо наличие материальной базы — оборонный завод № 550 и монастырский комплекс отвечали этим запросам; в-третьих, действующая железнодорожная ветка; в-четвёртых, большое количество воды для технических целей.
Специальная комиссия остановила свой выбор на рабочем посёлке Саров, подходившем по всем показателям. Наличие большой православной обители никого из московских начальников не волновало — всем «приказано» забыть о монастыре Саровская пустынь, преподобном Серафиме Саровском и посёлке под названием Саров
[162].
Секретный объект, или Конструкторское бюро № 11 организовано 9 апреля 1946 года закрытым постановлением Совета министров СССР № 805—327 сс. Начальником секретного объекта назначен заместитель министра транспортного машиностроения Павел Зернов
[163], главным конструктором изделия — профессор Юлий Харитон
[164]. Для обеспечения режима секретности специальным распоряжением Совета министров РСФСР вновь созданному объекту отводилось 100 квадратных километров от территории Мордовского заповедника и 10 квадратных километров от Горьковской области. Спустя некоторое время эти площади увеличились до 231 квадратного километра. Для сравнения: площадь земельных владений Саровского монастыря равнялась 263 квадратным километрам.
17 февраля 1947 года постановлением Совета министров СССР вновь созданный объект отнесён к числу особорежимных предприятий страны, а его территория объявлена закрытой зоной. Не менее секретным постановлением от 17 июля этого года посёлок Саров изымался из административно-территориального подчинения Мордовской АССР и из всех справочных материалов. Рабочий посёлок и огромный лесной массив прячется за колючей проволокой. У посёлка появляются псевдонимы (условные наименования): Шатки-1, Кремлёв, Арзамас-75, Арзамас-16. На его территории начинают функционировать различные номерные базы, конторы и почтовые ящики, стремящиеся таким образом скрыть от посторонних глаз засекреченную организацию. За колючей проволокой, как в заключении, оказались несколько тысяч человек (не считая 10-15 тысяч человек «спецконтингента»), У работников объекта в паспорте стояла одна на всех прописка: Москва, ул. Октябрьское Поле, дом 1, квартира 36. В одной квартире (никогда не существовавшей) «проживало» около четырёх с половиной тысяч человек.
В рабочий посёлок прибыл батальон сапёров и большое количество заключённых, которые занимались прокладыванием просек и возведением двойного рубежа вокруг объекта из колючей проволоки, с обязательной следовой полосой. Во время возведения охраняемого рубежа произошло несколько инцидентов между паломниками и вооружённой охраной. В 1947 году на день памяти преподобного в Саров пришло большое количество паломников. Прошли они по лесной дороге через бывший монастырский кордон Филипповка. В Саров они прошли, но обойдя святые места, стена из колючей проволоки закрыла им обратный путь. Шума было много, но всех богомольцев постарались быстро выпроводить, сказав в напутствии, чтобы больше в Саров не приходили и забыли дорогу.
Второй случай произошёл в этом же году, но на бывшей почтовой дороге, что шла из Темникова через Саров в Арзамас и Ардатов. На этом участке заградительный периметр уже был возведён, и паломники, подойдя к колючей проволоке, вступили в перепалку с солдатским нарядом. Много было людей. Подходили группами по 20, 30 человек. Были среди них и инвалиды. Через колючую проволоку командир заставы пытался объяснить людям, пришедшим из Саратова, Пензы, Тамбова и других городов, о том, что здесь нельзя пройти — запретная зона и следует идти обратно. Но, как вспоминают старожилы: толпа гудит, в наш адрес сыпятся проклятия, кто-то даже оставался ночевать в лесу. Одни уйдут — другие приходят, и так несколько дней.