1787 года в Декабре месяце посвящён он во Иеродиакона Преосвященным Виктором, Епископом Владимирским и Муромским. Приняв сие священное служение, он усугубил ревность и усердие к Господу Богу и к Святой Его Церкви, так что в продолжении трёх лет со времени посвящения в сию степень, то находился он в чину чреды у поздней литургии, то служивал в ранних литургиях по разным храма обители, и после каждой службы занимался, то приведением в порядок Священной утвари, то попечением о чистоте олтаря. Усердие его к храма Божиим было столь велико, что часто целые дни препровождал в оных, следуя гласу Пророка: Изволих приметатися в дому Бога моего паче (Псал. 83, 11). Он там упражнялся в Богомыслии и чтении Божественных книг, и оттуда поучаяся Божественному разуму, собирал в ковчег сердца своего сокровище духовное.
Имея ум, очищенный от страстей, он неоднократно удостоивался духовных видений.
Будучи Иеродиаконом, он имел уже пустынную келлию, в разстоянии от монастыря в пяти верстах. В неё хаживал он для уединённой нощной молитвы, днём же всегда находился в монастыре.
1793 года Сентября 2-го дня посвящён он в Иеромонаха Преосвященным Феофилом, Епископом Тамбовским и Пензенским, при Строителе Пахомии. По получении новой благодати Духа Святаго, он ещё с большею любовию стал подвизаться ради Господа Бога, полагая восхождения к Нему в сердце своём. Принося Богу безкровную жертву, он вместе с сим приносил и самого себя в жертву живу, святу, благоугодну Богови, словесное служение (Рим. 12, 1).
От непрестаннаго в церкви стояния, Отец Серафим получил опухоль в ногах. По причине каковой болезни, а более, по склонности к уединённой жизни и по любви к совершенному безмолвию, он начал просить у Настоятеля Иеромонаха Пахомия благословения на жизнь пустынную или отшельническую, в подражание древним пустынножителям. Получив от Настоятеля благословение, удалился в пустынную свою келлию в 1794 году осенним временем.
По вступлении в жизнь отшельническую, телесныя его упражнения состояли в возделывании гряд для саждения картофеля и других овощей, также в приготовлении дров для топления келлии. Чрез каковое трудолюбивое упражнение, и болезнь, бывшая в ногах миновалась. Душу же насыщал он чтением Священнаго Писания Ветхаго и Новаго Завета, Иоанна Лествичника, Василия Великаго, Ефрема Сирина, Добротолюбия и творений прочих Святых Отцев, очищая чрез сие мысль свою на Боговидение и творя её зерцалом Духа Святаго. Правилом его в пустыне было: каждый день прочитывать по нескольку зачал из Евангелия и Апостола, и исправлять по Церковному Уставу весь порядок службы неопустительно без всякой перемены; в ночное время много занимался молитвою и поклонами; сон его был весьма короткий. Накануне какого-либо праздника или воскреснаго дня всегда приходил он в монастырь, где слушал вечерню, всенощное бдение и в самый праздник приобщался Святых Тайн у ранней литургии. После литургии до вечерни принимал в монастырской своей келлии приходивших к нему, пользы ради душевной, братию; старшим из них давал полезные советы, а младшим делал отеческия наставления. Во время же вечерни, взяв хлеба на неделю, возвращался в отшельническую свою келлию. Он имел обычай всегда приходить в обитель на первую неделю Святаго Великаго поста; во всю оную седмицу до субботы он ничего не вкушал, да и пищи приносить не приказывал. Живя в пустыне, такою объят он был любовию к воздержанию, что просил у Настоятеля благословения питаться одним картофелем и другими овощами, которые он сам садил у келлии своей; и после того питался три года одним картофелем, овощем и снитью. Некоторые из послушников обители хотели было с ним вместе жить; но не могши понести пустынной жизни и великих его трудов, возвращались паки в обитель.
Простираясь к вящему подвигу, он возымел ревность стоять на камне, в подражание Преподобному Симеону Столпнику. Камней, на которых он стоял, было два, — один находился в его келлии, другой в лесу на половинном разстоянии от обители к его келлии. Образ стояния его был таковый: на одном камне, что был у него в келлии, стоял он с утра до вечера, сходя с него только для принятия пищи, какую приносил ему усердствовавший к нему брат из монастыря; на другом же стоял с вечера до утра с воздетыми горе руками, взывая к Господу Мытаревым гласом: Боже, милостив буди мне грешному. В таковом подвиге он находился тысячу дней и тысячу ночей; от чего всё тело его изменилось, волосы сделались на голове подобны войлоку, а в ногах получил болезнь, которая продолжалась до самой его кончины. Подвиг сей проходил он так тайно, что в продолжение его стояния никто не знал о сём. В последствии же времени открылся он о том некоторым из братии. Один брат, будучи поражён удивлением о таковом его подвиге, возразил старцу, что это превосходит силы человеческия; Старец же, указав ему на пример Симеона Столпника, присовокупил: сей подвижник благочестия сорок семь лет стоял на Столпе, а мои труды похожи ли на его подвиг? Тогда оный брат спросил старца: конечно, в этом подвиге для тебя ощутительна была помощь укрепляющей благодати? Иначе не достало бы сил человеческих, отвечал Старец; внутренне подкреплялся и утешался я тем небесным даром, который снисходит свыше от Отца Светов, и, помолчав, присовокупил: когда умиление есть, то с нами Бог.
В продолжение пустыннаго его жития, приходящим к нему из монастыря братиям, для посещения и принятия пользы от его советов, давал он иногда наставления, сообразный требованию каждаго, а иногда, желая сохранить безмолвие, от приходящих удалялся, или, ничего не говоря, падши ниц на землю, не вставал до тех пор, пока пришедшие к нему оставляли его в любезном для него безмолвии. Исконный враг, Диавол, не терпя видеть таковых доблественных подвигов Старца, делал ему разныя искушения, особенно ночью, во время молитвы, такое сильное делал нападение, что поднимал его на воздух, ударял об пол так сильно, что ежели бы не помощь Божия подкрепляла его, то от таковых ударов и кости могли бы сокрушиться. А потому он тем, кои требовали его совета для прохождения жизни пустынной, говаривал, что живущему в пустыне должно быть как бы распятому на кресте, и что в монастыре живущие борются с противными силами, как бы с голубями, а в пустыне, как со львами и леопардами.
Но сколько ни старался Диавол воспрепятствовать доблестному сему подвижнику в его течении и удалить от жизни уединённой, однако все усилия его остались тщетны: ибо таковыми искушениями ничего успеть не мог; напротив, сам от него был побеждён, и принуждён был со стыдом отступить от него, не произведши изменения в трезвении ума его.
Но когда Диавол не мог сам по себе причинить твёрдому отшельнику никакого вреда: то употребил на сие орудием злых людей. 1804 года 12-го Сентября пришли к Старцу три человека из соседних крестьян. Он был в это время в своём огороде. Крестьяне приступили к нему и требовали от него денег, говоря, что к тебе ходят мирские люди и носят деньги. Он им отвечал, что я ни от кого ничего не беру; но они, не поверяя его словам, положили вынудить требуемое насильственным образом. Один из них сначала ударил его в голову так крепко, что у него пошла из уст и ушей кровь, — потом били его смертельно и, связав ему руки и ноги, притащили его в сени его келлии, где до тех пор били, пока сочли его уже умершим. По таковом бесчеловечном поступке они осматривали всё у него в келлии и, не нашедши ничего, кроме скудных съестных припасов, удалились. От сих смертельных ударов он едва мог придти в чувство и кое-как развязать себя. На другой день весь израненный с большим трудом пришёл в обитель во время литургии. Он был весь окровавлен, волосы его были смяты и смешаны с сором, руки избиты, уста запеклись кровию и несколько зубов было выбито. Увидев его братия в таком жалком положении, ужаснулись и спрашивали, что с ним случилось? Он просил их позвать к себе Строителя и Казначея, которым всё случившееся с ним объявил. Строитель Исайя и Казначей очень о сём сожалели. После того узнаны были те крестьяне, которые его избили; но он, простя их, упрашивал Настоятеля, чтоб и он никакого с них взыскания за сие не делал; в противном случае лучше он соглашался, чтоб его из обители выслали, нежели им какое-либо оскорбление нанесли. Так он был незлобив и отпутал обиды врагам своим! По некотором времени, предстательством Божия Матери, как он о сём открыл одному из братии, получил он от тех причинённых ему побоев исцеление. После сего просил он у Настоятеля позволения паки возвратиться в свою отшельническую келлию. Настоятель, по совету братии, уговаривал его остаться навсегда в монастыре, опасаясь подобных случаев; но он отвечал, что не страшится таких нападений; ибо решился претерпевать все оскорбления, какия бы ни случились, подражая Мученикам, страдавшим за Господа нашего Иисуса Христа. Настоятель, видя твёрдость его духа, оставил его при его желании, и он возвратился в свою пустынную келлию.