Иеромонах Маркелл, несмотря на свои заслуги, недолго был настоятелем монастыря, что этому послужило, сказать трудно. Возможно, прав монастырский историк, утверждая о недоброжелательности монашествующих Сарова к пришлому руководителю и, как следствие, поступившие в канцелярию Суздальского епископа доносы. (Саровская пустынь с 1751 по 1758 год подчинялась по духовному ведомству Суздальской епархии). Как бы то ни было, но указом от 14 сентября 1751 года Маркелл переведён настоятелем в бедную Нижнеломовскую Успенскую Салалеевскую пустынь, а на его место определён эконом архиерейского дома иеромонах Исаакий
[62].
Пятый по счёту настоятель Саровской пустыни родился в селе Богородицк Кадомского уезда Тамбовской губернии в семье священника Прокопия Емельянова. Просматривая монастырские бумаги, иногда приходится удивляться методу, по которому монастырский делопроизводитель их составлял. Так, например, в отношении Исаакия — имя и отчество его отца мы знаем, а вот мирского имени самого настоятеля пока нигде не обнаружено.
Будучи ещё молодых лет, он вместе со своим отцом пришёл в Саровскую пустынь, где спустя некоторое время пострижен в монашество. 10 мая 1745 года указом Исаакий вызван в Москву, рукоположен в иеромонаха и получил назначение на должность эконома дома преосвященного Порфирия, епископа Суздальского и Юрьевского. И вот иеромонах Исаакий возвращается в Саров и принимается за устроение обители. За хозяйственными хлопотами новый настоятель не обратил внимания, что стал реже бывать на богослужениях, продолжал носить одеяния столичного покрова. А в Сарове «носили платье грубое, полушубки нагольные не крытые, камилавки валеные, чётки ремённые, сапогов не носили, но бахилы кожаные, некоторые всегда надевали лапти... Пища тогда тоже была суровая: репа, брюква, редька и проч.»38.
В Духовную консисторию начинают поступать доносы на настоятеля с указанием на отличие в одежде, хранении монастырской кассы у себя в палатях и даже в рытье подземного хода из кельи.
Если и были какие непорядки, то они были устранены, и на все спорные вопросы даны ответы. Обвинение в копании специального подземного хода попробовал объяснить монастырский летописец при составлении биографии отца Исаакия. «Надобно полагать, что когда копались пещеры, то землю из оных вытаскивали ушатами в три трубы. Из коих на одной сделана глава, а две другие трубы завалены, но и ныне ещё значатся. Вероятно, о. Исаакий келью свою поставил на одной какой-либо из этих труб, что и дало повод зложелателям сделать этот донос»39.
По окончании разбирательства настоятель продолжил работу на пользу обители. В 1753 году получено разрешение и построена водяная мельница на реке Сарме и мельница на Сатисе по дороге в село Аламасово, именовавшаяся в монастыре как Средняя мельница. В этом году по переднему (западному) валу начата кладка каменной стены. Посредине этой стены спланированы Святые врата для встречи высоких гостей, которые приезжали в Саров по старинной почтовой дороге. Рядом с ними разместились ворота для хозяйственных нужд монастыря, а над ними — церковь во имя Николая Чудотворца. По краям откоса стена оканчивалась угловыми башнями. Северная предназначалась для просфорни, а южная для переплётной мастерской.
В 1753 году у соседней Санаксарской пустыни вновь возникли трудности. Настоятель Порфирий, оставшись с одним вдовым попом Александром Семеновым и не считая себя способным хотя бы приостановить упадок монастыря, обратился к епископу с просьбой разрешить ему вернуться в родной Спасо-Евфимьев монастырь. 17 марта последовал указ, разрешающий Порфирию увольнение. Санаксарская пустынь объявлялась приписанной к Саровскому монастырю, и отцу Исаакию вменялось в обязанность направлять в Санаксар одного иеромонаха, монаха и двух трудников для исполнения богослужений40.
К этому моменту Саровская пустынь действительно окрепла, слава её распространялась далеко за пределы епархии. В неё стало приходить много паломников, и около западного рва была выстроена деревянная гостиница для богомольцев.
5 июля 1755 года произошло знаменательное событие — из сибирской ссылки в Саров возвратился отец Ефрем, арестованный вместе с первоначальником. Сразу после ареста иеромонах Ефрем был лишён священнического сана и как простой мирской человек в 1738 году сослан в Орскую крепость, где исполнял обязанности пономаря при местной церкви. Освобождению осуждённого способствовало удивительное событие.
«Однажды случилось убогому пономарю Ефрему, копая землю, открыть богатый клад, и он принёс его военному начальнику, не изъявляя ни малейшего желания получить себе какую-либо часть из приобретённого сокровища. Такое бескорыстие простого пономаря изумило начальство и невольно обратило на него внимание. Узнали, кто был Ефрем и, подняв бывшее о нём дело, открыли совершенную его невиновность. Указом Синода освобождён был страдалец из заточения, и сан священства, по его невиновности в нём не утраченным»41.
Отец Ефрем сразу же активно включился в монастырскую жизнь, во всём помогая настоятелю Исаакию. Общими усилиями в 1756 году закончено строительство Святых ворот с церковью. В 1757-м куплена водяная мельница на реке Сатисе, называвшаяся «Нижнею, или Ждановской». В эти же годы монашествующие построили «Верхнюю» мельницу, более известную как Масленкова, или, более проще, «Маслиха».
Как бы для укрепления православной веры в этом крае Господь начал собирать в стенах Саровского монастыря истинных подвижников благочестия. 3 февраля 1757 года в Саров прибыл монах Феодор (Ушаков)42.
Преподобный отец Феодор Санаксарский родился в 1718 году близ села Романова Ярославской губернии, в родовом дворянском имении Игнатия и Ирины Ушаковых. При святом крещении наречено ему имя Иоанн. После достижения совершеннолетия юношу определили на воинскую службу в гвардейский Преображенский полк, где вскоре за особое усердие Ушакова произвели в сержанты. Но не воинская служба была призванием молодого человека, но как «воина Царя Небесного». Улучив момент, Иоанн покинул полк и, переодевшись в нищенскую одежду, пошёл в поморские леса к берегам Двины, где и укрылся в лесной избушке. Но недолго продолжалась его подвижническая жизнь. Спустя несколько лет после побега беглец был разыскан и доставлен в Санкт-Петербург, а так как Ушаков дезертировал из гвардейского полка, его доставили к императрице Елизавете Петровне. После недолгого разбирательства императрица поняла, что перед ней будущий духовный вождь, и разрешила ему монашеский постриг, что и было совершено в её присутствии 13 августа 1748 года в Александро-Невской лавре. Спустя восемь лет монах Феодор получает долгожданное разрешение на отъезд в Саровскую пустынь.